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- EMDB-10373: CryoEM structure for Turnip mosaic virus (TuMV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10373
タイトルCryoEM structure for Turnip mosaic virus (TuMV)
マップデータCryoEM map for Turnip mosaic virus (TuMV)
試料
  • ウイルス: Turnip mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')
キーワードpotyvirus / virion / helical virus / VIRUS
機能・相同性Potyvirus coat protein / Potyvirus coat protein / viral capsid / Genome polyprotein / Genome polyprotein
機能・相同性情報
生物種Turnip mosaic virus (strain Japanese) (ウイルス) / Turnip mosaic virus (ウイルス)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.2 Å
データ登録者Valle MV / Cuesta R
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesPGC2018-098996-B-I00 スペイン
Spanish Ministry of Science, Innovation, and UniversitiesBFU2015-66326-P スペイン
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Structure of Turnip mosaic virus and its viral-like particles.
著者: Rebeca Cuesta / Carmen Yuste-Calvo / David Gil-Cartón / Flora Sánchez / Fernando Ponz / Mikel Valle /
要旨: Turnip mosaic virus (TuMV), a potyvirus, is a flexible filamentous plant virus that displays a helical arrangement of coat protein copies (CPs) bound to the ssRNA genome. TuMV is a bona fide ...Turnip mosaic virus (TuMV), a potyvirus, is a flexible filamentous plant virus that displays a helical arrangement of coat protein copies (CPs) bound to the ssRNA genome. TuMV is a bona fide representative of the Potyvirus genus, one of most abundant groups of plant viruses, which displays a very wide host range. We have studied by cryoEM the structure of TuMV virions and its viral-like particles (VLPs) to explore the role of the interactions between proteins and RNA in the assembly of the virions. The results show that the CP-RNA interaction is needed for the correct orientation of the CP N-terminal arm, a region that plays as a molecular staple between CP subunits in the fully assembled virion.
履歴
登録2019年10月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年11月13日-
マップ公開2019年11月13日-
更新2024年5月22日-
現状2024年5月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6t34
  • 表面レベル: 0.03
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6t34
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10373.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10373.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 59.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈CryoEM map for Turnip mosaic virus (TuMV)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 250 pix.
= 275. Å		1.1 Å/pix.
x 250 pix.
= 275. Å		1.1 Å/pix.
x 250 pix.
= 275. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03 / ムービー #1: 0.03
最小 - 最大-0.0832917 - 0.14232388
平均 (標準偏差)0.003384128 (±0.013149834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ250250250
Spacing250250250
セルA=B=C: 275.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.11.11.1
M x/y/z250250250
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z275.000275.000275.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ200200200
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS250250250
D min/max/mean-0.0830.1420.003

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Turnip mosaic virus

全体名称: Turnip mosaic virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Turnip mosaic virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Coat protein
    • RNA: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')

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超分子 #1: Turnip mosaic virus

超分子名称: Turnip mosaic virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12230 / 生物種: Turnip mosaic virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa (カブラ)

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分子 #1: Coat protein

分子名称: Coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 19 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Turnip mosaic virus (strain Japanese) (ウイルス)
株: Japanese
分子量理論値: 24.073395 KDa
配列文字列: PRLKSLTSKM RVPRYEKRVA LNLDHLILYT PEQTDLSNTR STRKQFDTWF EGVMADYELT EDKMQIILNG LMVWCIENGT SPNINGMWV MMDGDDQVEF PIKPLIDHAK PTFRQIMAHF SDVAEAYIEK RNQDRPYMPR YGLQRNLTDM SLARYAFDFY E MTSRTPIR ...文字列:
PRLKSLTSKM RVPRYEKRVA LNLDHLILYT PEQTDLSNTR STRKQFDTWF EGVMADYELT EDKMQIILNG LMVWCIENGT SPNINGMWV MMDGDDQVEF PIKPLIDHAK PTFRQIMAHF SDVAEAYIEK RNQDRPYMPR YGLQRNLTDM SLARYAFDFY E MTSRTPIR AREAHIQMKA AALRGANNNL FGLDGNVGTT VENTERHTT

UniProtKB: Genome polyprotein

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分子 #2: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3')

分子名称: RNA (5'-R(P*UP*UP*UP*UP*U)-3') / タイプ: rna / ID: 2 / 詳細: Model of ssRNA as polyU / コピー数: 19
由来(天然)生物種: Turnip mosaic virus (ウイルス)
分子量理論値: 1.485872 KDa
配列文字列:
UUUUU

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 3-31 / 撮影したグリッド数: 1 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 4.0 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: -40.8 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 5.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2) / 使用した粒子像数: 194432
Segment selection選択した数: 444678 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
In silico モデル: Cylinder with the diameter of the filament.
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5odv


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 270
得られたモデル

PDB-6t34:
Atomic model for Turnip mosaic virus (TuMV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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