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- EMDB-10076: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10076
タイトルErythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
マップデータ
試料
  • 複合体: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
    • RNA: x 3種
    • タンパク質・ペプチド: x 49種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding ...negative regulation of translational elongation / ribosomal small subunit binding / large ribosomal subunit / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Type-1 KH domain profile. ...: / Ribosome hibernation promoting factor, long/plastid / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein, C-terminal domain superfamily / Sigma 54 modulation/S30EA ribosomal protein C terminus / Ribosomal protein L31 type B / Ribosome hibernation promoting factor/RaiA / Ribosome hibernation promotion factor-like / Sigma 54 modulation protein / S30EA ribosomal protein / Type-1 KH domain profile. / Ribosomal protein L25, long-form / Ribosomal protein L25, beta domain / Ribosomal protein L25, C-terminal / Ribosomal protein TL5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14, type Z / Ribosomal protein S21, conserved site / Ribosomal protein S21 signature. / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein L31 signature. / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L31 superfamily / Ribosomal protein L31 / Ribosomal protein L16 signature 1. / : / Ribosomal protein L6, conserved site / Ribosomal protein L6 signature 1. / Ribosomal protein L16, conserved site / Ribosomal protein L16 signature 2. / Ribosomal protein L17 signature. / Ribosomal L25p family / Ribosomal protein L25 / Ribosomal protein L36 signature. / Ribosomal protein L28/L24 superfamily / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, N-terminal / Ribosomal protein L32p, bacterial type / Ribosomal protein L25/Gln-tRNA synthetase, anti-codon-binding domain superfamily / Ribosomal protein L28 / Ribosomal protein L35, conserved site / Ribosomal protein L35 signature. / Ribosomal protein L33, conserved site / Ribosomal protein L33 signature. / Ribosomal protein S14/S29 / Ribosomal protein L35, non-mitochondrial / Ribosomal protein L5, bacterial-type / Ribosomal protein L18, bacterial-type / Ribosomal protein L6, bacterial-type / Ribosomal protein L19, conserved site / Ribosomal protein L19 signature. / Ribosomal protein S3, bacterial-type / Ribosomal protein S6, conserved site / Ribosomal protein S6 signature. / Ribosomal protein S19, bacterial-type / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L36 superfamily / Ribosomal protein L36 / Ribosomal protein L20 signature. / Ribosomal protein S7, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S11, bacterial-type / Ribosomal protein S13, bacterial-type / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S20 superfamily / Ribosomal protein S20 / Ribosomal protein S9, bacterial/plastid / Ribosomal protein L27, conserved site / Ribosomal protein L27 signature. / Ribosomal protein S4, bacterial-type / 30S ribosomal protein S17 / Ribosomal protein S5, bacterial-type / Ribosomal protein L14P, bacterial-type / Ribosomal protein L34, conserved site / Ribosomal protein L34 signature. / Ribosomal protein S6, plastid/chloroplast / Ribosomal protein L22, bacterial/chloroplast-type / Ribosomal protein L2, bacterial/organellar-type / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein L35 / Ribosomal protein L35 superfamily / Ribosomal protein L35 / Ribosomal L28 family / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L33 / Ribosomal protein L28/L24 / Ribosomal protein L18 / Ribosomal L18 of archaea, bacteria, mitoch. and chloroplast / Ribosomal protein L33 superfamily / Ribosomal protein L30, bacterial-type / : / Ribosomal protein L16 / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / L28p-like / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein L20 / Ribosomal protein L20, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 ...Large ribosomal subunit protein bL17 / Large ribosomal subunit protein uL15 / Large ribosomal subunit protein bL36 / Small ribosomal subunit protein uS14 / Small ribosomal subunit protein uS11 / Large ribosomal subunit protein uL22 / Large ribosomal subunit protein bL35 / Large ribosomal subunit protein bL27 / Large ribosomal subunit protein bL28 / Small ribosomal subunit protein uS3 / Large ribosomal subunit protein uL14 / Large ribosomal subunit protein bL19 / Small ribosomal subunit protein bS18 / Large ribosomal subunit protein bL33 / Large ribosomal subunit protein uL16 / Small ribosomal subunit protein uS7 / Small ribosomal subunit protein uS17 / Large ribosomal subunit protein bL20 / Large ribosomal subunit protein uL29 / Small ribosomal subunit protein uS10 / Small ribosomal subunit protein uS19 / Small ribosomal subunit protein uS12 / Large ribosomal subunit protein bL25 / 30S ribosomal protein S21 / Small ribosomal subunit protein uS9 / 50S ribosomal protein L32 / Small ribosomal subunit protein uS2 / 30S ribosomal protein S21 / Large ribosomal subunit protein bL31B / Large ribosomal subunit protein uL2 / Ribosome hibernation promoting factor / Large ribosomal subunit protein bL21 / Small ribosomal subunit protein bS6 / Large ribosomal subunit protein bL34 / Large ribosomal subunit protein uL4 / Large ribosomal subunit protein uL24 / Large ribosomal subunit protein uL18 / Large ribosomal subunit protein uL23 / Large ribosomal subunit protein uL5 / Small ribosomal subunit protein uS5 / Large ribosomal subunit protein uL13 / Small ribosomal subunit protein uS4 / Large ribosomal subunit protein uL3 / Large ribosomal subunit protein uL6 / Small ribosomal subunit protein uS15 / Small ribosomal subunit protein bS16 / Small ribosomal subunit protein uS8 / Small ribosomal subunit protein uS13 / Ribosome hibernation promoting factor / Large ribosomal subunit protein uL30 / Small ribosomal subunit protein bS20
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.425 Å
データ登録者Halfon Y / Matozv D / Eyal Z / Bashan A / Zimmerman E / Kjeldgaard J / Ingmer H / Yonath A
資金援助 デンマーク, 2件
OrganizationGrant number国
European Research Council322581
Danish National Research Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: Exit tunnel modulation as resistance mechanism of S. aureus erythromycin resistant mutant.
著者: Yehuda Halfon / Donna Matzov / Zohar Eyal / Anat Bashan / Ella Zimmerman / Jette Kjeldgaard / Hanne Ingmer / Ada Yonath /
要旨: The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit ...The clinical use of the antibiotic erythromycin (ery) is hampered owing to the spread of resistance genes that are mostly mutating rRNA around the ery binding site at the entrance to the protein exit tunnel. Additional effective resistance mechanisms include deletion or insertion mutations in ribosomal protein uL22, which lead to alterations of the exit tunnel shape, located 16 Å away from the drug's binding site. We determined the cryo-EM structures of the Staphylococcus aureus 70S ribosome, and its ery bound complex with a two amino acid deletion mutation in its ß hairpin loop, which grants the bacteria resistance to ery. The structures reveal that, although the binding of ery is stable, the movement of the flexible shorter uL22 loop towards the tunnel wall creates a wider path for nascent proteins, thus enabling bypass of the barrier formed by the drug. Moreover, upon drug binding, the tunnel widens further.
履歴
登録2019年6月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年8月21日-
マップ公開2019年8月21日-
更新2019年8月21日-
現状2019年8月21日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.015
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 表面レベル: 0.015
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6s0x
  • 表面レベル: 0.015
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10076.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10076.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.067 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.015 / ムービー #1: 0.015
最小 - 最大-0.13655575 - 0.32024947
平均 (標準偏差)0.0003317011 (±0.005545874)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 426.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0671.0671.067
M x/y/z400400400
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z426.800426.800426.800
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS400400400
D min/max/mean-0.1370.3200.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta ...

全体名称: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
要素
  • 複合体: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
    • RNA: 23S ribosomal RNA
    • RNA: 5S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L2
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L3
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L4
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L5
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L6
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L13
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L14
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L15
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L16
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L17
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L18
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L19
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L20
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L21
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L22
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L23
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L24
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L25
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L27
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L28
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L29
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L30
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L31 type B
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L32
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L33
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L34
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L35
    • タンパク質・ペプチド: 50S ribosomal protein L36
    • RNA: 16S ribosomal RNA
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S2
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S3
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S4
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S5
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S6
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S7
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S8
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S9
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S10
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S11
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S12
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S13
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S14 type Z
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S15
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S16
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S17
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S18
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S19
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S20
    • タンパク質・ペプチド: 30S ribosomal protein S21
    • タンパク質・ペプチド: Ribosome hibernation promoting factor
  • リガンド: ERYTHROMYCIN A

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超分子 #1: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta ...

超分子名称: Erythromycin Resistant Staphylococcus aureus 70S ribosome (delta R88 A89 uL22) in complex with erythromycin.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#52
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)

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分子 #1: 23S ribosomal RNA

分子名称: 23S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 940.976 KDa
配列文字列: UUAAGUUAUU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG AAGCCGAUGA AGGACGUUAC UAACGACGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG CAUGAGUUAU GUCAUGUUAU CGAUAUGUGA A UACAUAGC ...文字列:
UUAAGUUAUU AAGGGCGCAC GGUGGAUGCC UUGGCACUAG AAGCCGAUGA AGGACGUUAC UAACGACGAU AUGCUUUGGG GAGCUGUAA GUAAGCUUUG AUCCAGAGAU UUCCGAAUGG GGAAACCCAG CAUGAGUUAU GUCAUGUUAU CGAUAUGUGA A UACAUAGC AUAUCAGAAG GCACACCCGG AGAACUGAAA CAUCUUAGUA CCCGGAGGAA GAGAAAGAAA AUUCGAUUCC CU UAGUAGC GGCGAGCGAA AUGGGAAGAG CCCAAACCAA CAAGCUUGCU UGUUGGGGUU GUAGGACACU CUACGGAGUU ACA AAGGAC GACAUUAGAC GAAUCAUCUG GAAAGAUGAA UCAAAGAAGG UAAUAAUCCU GUAGUCGAAA AUGUUGUCUC UCUU GAGUG GAUCCUGAGU ACGACGGAGC ACGUGAAAUU CCGUCGGAAU CUGGGAGGAC CAUCUCCUAA GGCUAAAUAC UCUCU AGUG ACCGAUAGUG AACCAGUACC GUGAGGGAAA GGUGAAAAGC ACCCCGGAAG GGGAGUGAAA UAGAACCUGA AACCGU GUG CUUACAAGUA GUCAGAGCCC GUUAAUGGGU GAUGGCGUGC CUUUUGUAGA AUGAACCGGC GAGUUACGAU UUGAUGC AA GGUUAAGCAG UAAAUGUGGA GCCGUAGCGA AAGCGAGUCU GAAUAGGGCG UUUAGUAUUU GGUCGUAGAC CCGAAACC A GGUGAUCUAC CCUUGGUCAG GUUGAAGUUC AGGUAACACU GAAUGGAGGA CCGAACCGAC UUACGUUGAA AAGUGAGCG GAUGAACUGA GGGUAGCGGA GAAAUUCCAA UCGAACCUGG AGAUAGCUGG UUCUCUCCGA AAUAGCUUUA GGGCUAGCCU CAAGUGAUG AUUAUUGGAG GUAGAGCACU GUUUGGACGA GGGGCCGGUU ACCGAAUUCA GACAAACUCC GAAUGCCAAU U AAUUUAAC UUGGGAGUCA GAACAUGGGU GAUAAGGUCC GUGUUCGAAA GGGAAACAGC CCAGACCACC AGCUAAGGUC CC AAAAUAU AUGUUAAGUG GAAAAGGAUG UGGCGUUGCC CAGACAACUA GGAUGUUGGC UUAGAAGCAG CCAUCAUUUA AAG AGUGCG UAAUAGCUCA CUAGUCGAGU GACACUGCGC CGAAAAUGUA CCGGGGCUAA ACAUAUUACC GAAGCUGUGG AUUG UCCUU UGGACAAUGG UAGGAGAGCG UUCUAAGGGC GUUGAAGCAU GAUCGUAAGG ACAUGUGGAG CGCUUAGAAG UGAGA AUGC CGGUGUGAGU AGCGAAAGAC GGGUGAGAAU CCCGUCCACC GAUUGACUAA GGUUUCCAGA GGAAGGCUCG UCCGCU CUG GGUUAGUCGG GUCCUAAGCU GAGGCCGACA GGCGUAGGCG AUGGAUAACA GGUUGAUAUU CCUGUACCAC CUAUAAU CG UUUUAAUCGA UGGGGGGACG CAGUAGGAUA GGCGAAGCGU GCGAUUGGAU UGCACGUCUA AGCAGUAAGG CUGAGUAU U AGGCAAAUCC GGUACUCGUU AAGGCUGAGC UGUGAUGGGG AGAAGACAUU GUGUCUUCGA GUCGUUGAUU UCACACUGC CGAGAAAAGC CUCUAGAUAG AAAAUAGGUG CCCGUACCGC AAACCGACAC AGGUAGUCAA GAUGAGAAUU CUAAGGUGAG CGAGCGAAC UCUCGUUAAG GAACUCGGCA AAAUGACCCC GUAACUUCGG GAGAAGGGGU GCUCUUUAGG GUUAACGCCC A GAAGAGCC GCAGUGAAUA GGCCCAAGCG ACUGUUUAUC AAAAACACAG GUCUCUGCUA AACCGUAAGG UGAUGUAUAG GG GCUGACG CCUGCCCGGU GCUGGAAGGU UAAGAGGAGU GGUUAGCUUC UGCGAAGCUA CGAAUCGAAG CCCCAGUAAA CGG CGGCCG UAUAACGGUC CUAAGGUAGC GAAAUUCCUU GUCGGGUAAG UUCCGACCCG CACGAAAGGC GUAACGAUUU GGGC ACUGU CUCAACGAGA GACUCGGUGA AAUCAUAGUA CCUGUGAAGA UGCAGGUUAC CCGCGACAGG ACGGAAAGAC CCCGU GGAG CUUUACUGUA GCCUGAUAUU GAAAUUCGGC ACAGCUUGUA CAGGAUAGGU AGGAGCCUUU GAAACGUGAG CGCUAG CUU ACGUGGAGGC GCUGGUGGGA UACUACCCUA GCUGUGUUGG CUUUCUAACC CGCACCACUU AUCGUGGUGG GAGACAG UG UCAGGCGGGC AGUUUGACUG GGGCGGUCGC CUCCUAAAAG GUAACGGAGG CGCUCAAAGG UUCCCUCAGA AUGGUUGG A AAUCAUUCAU AGAGUGUAAA GGCAUAAGGG AGCUUGACUG CGAGACCUAC AAGUCGAGCA GGGUCGAAAG ACGGACUUA GUGAUCCGGU GGUUCCGCAU GGAAGGGCCA UCGCUCAACG GAUAAAAGCU ACCCCGGGGA UAACAGGCUU AUCUCCCCCA AGAGUUCAC AUCGACGGGG AGGUUUGGCA CCUCGAUGUC GGCUCAUCGC AUCCUGGGGC UGUAGUCGGU CCCAAGGGUU G GGCUGUUC GCCCAUUAAA GCGGUACGCG AGCUGGGUUC AGAACGUCGU GAGACAGUUC GGUCCCUAUC CGUCGUGGGC GU AGGAAAU UUGAGAGGAG CUGUCCUUAG UACGAGAGGA CCGGGAUGGA CAUACCUCUG GUGUACCAGU UGUCGUGCCA ACG GCAUAG CUGGGUAGCU AUGUGUGGAC GGGAUAAGUG CUGAAAGCAU CUAAGCAUGA AGCCCCCCUC AAGAUGAGAU UUCC CAACU UCGGUUAUAA GAUCCCUCAA AGAUGAUGAG GUUAAUAGGU UCGAGGUGGA AGCAUGGUGA CAUGUGGAGC UGACG AAUA CUAAUCGAUC GAAGACUUAA U

+
分子 #2: 5S ribosomal RNA

分子名称: 5S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 2 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 36.974945 KDa
配列文字列:
UCUGGUGACU AUAGCAAGGA GGUCACACCU GUUCCCAUGC CGAACACAGA AGUUAAGCUC CUUAGCGUCG AUGGUAGUCG AACUUACGU UCCGCUAGAG UAGAACGUUG CCAGGC

+
分子 #31: 16S ribosomal RNA

分子名称: 16S ribosomal RNA / タイプ: rna / ID: 31 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 498.060031 KDa
配列文字列: AUGGAGAGUU UGAUCCUGGC UCAGGAUGAA CGCUGGCGGC GUGCCUAAUA CAUGCAAGUC GAGCGAACGG ACGAGAAGCU UGCUUCUCU GAUGUUAGCG GCGGACGGGU GAGUAACACG UGGAUAACCU ACCUAUAAGA CUGGGAUAAC UUCGGGAAAC C GGAGCUAA ...文字列:
AUGGAGAGUU UGAUCCUGGC UCAGGAUGAA CGCUGGCGGC GUGCCUAAUA CAUGCAAGUC GAGCGAACGG ACGAGAAGCU UGCUUCUCU GAUGUUAGCG GCGGACGGGU GAGUAACACG UGGAUAACCU ACCUAUAAGA CUGGGAUAAC UUCGGGAAAC C GGAGCUAA UACCGGAUAA UAUUUUGAAC CGCAUGGUUC AAAAGUGAAA GACGGUCUUG CUGUCACUUA UAGAUGGAUC CG CGCUGCA UUAGCUAGUU GGUAAGGUAA CGGCUUACCA AGGCAACGAU GCAUAGCCGA CCUGAGAGGG UGAUCGGCCA CAC UGGAAC UGAGACACGG UCCAGACUCC UACGGGAGGC AGCAGUAGGG AAUCUUCCGC AAUGGGCGAA AGCCUGACGG AGCA ACGCC GCGUGAGUGA UGAAGGUCUU CGGAUCGUAA AACUCUGUUA UUAGGGAAGA ACAUAUGUGU AAGUAACUGU GCACA UCUU GACGGUACCU AAUCAGAAAG CCACGGCUAA CUACGUGCCA GCAGCCGCGG UAAUACGUAG GUGGCAAGCG UUAUCC GGA AUUAUUGGGC GUAAAGCGCG CGUAGGCGGU UUUUUAAGUC UGAUGUGAAA GCCCACGGCU CAACCGUGGA GGGUCAU UG GAAACUGGAA AACUUGAGUG CAGAAGAGGA AAGUGGAAUU CCAUGUGUAG CGGUGAAAUG CGCAGAGAUA UGGAGGAA C ACCAGUGGCG AAGGCGACUU UCUGGUCUGU AACUGACGCU GAUGUGCGAA AGCGUGGGGA UCAAACAGGA UUAGAUACC CUGGUAGUCC ACGCCGUAAA CGAUGAGUGC UAAGUGUUAG GGGGUUUCCG CCCCUUAGUG CUGCAGCUAA CGCAUUAAGC ACUCCGCCU GGGGAGUACG ACCGCAAGGU UGAAACUCAA AGGAAUUGAC GGGGACCCGC ACAAGCGGUG GAGCAUGUGG U UUAAUUCG AAGCAACGCG AAGAACCUUA CCAAAUCUUG ACAUCCUUUG ACAACUCUAG AGAUAGAGCC UUCCCCUUCG GG GGACAAA GUGACAGGUG GUGCAUGGUU GUCGUCAGCU CGUGUCGUGA GAUGUUGGGU UAAGUCCCGC AACGAGCGCA ACC CUUAAG CUUAGUUGCC AUCAUUAAGU UGGGCACUCU AAGUUGACUG CCGGUGACAA ACCGGAGGAA GGUGGGGAUG ACGU CAAAU CAUCAUGCCC CUUAUGAUUU GGGCUACACA CGUGCUACAA UGGACAAUAC AAAGGGCAGC GAAACCGCGA GGUCA AGCA AAUCCCAUAA AGUUGUUCUC AGUUCGGAUU GUAGUCUGCA ACUCGACUAC AUGAAGCUGG AAUCGCUAGU AAUCGU AGA UCAGCAUGCU ACGGUGAAUA CGUUCCCGGG UCUUGUACAC ACCGCCCGUC ACACCACGAG AGUUUGUAAC ACCCGAA GC CGGUGGAGUA ACCUUUUAGG AGCUAGCCGU CGAAGGUGGG ACAAAUGAUU GGGGUGAAGU CGUAACAAGG UAGCCGUA U CGGAAGGUGC GGCUGGAU

+
分子 #3: 50S ribosomal protein L2

分子名称: 50S ribosomal protein L2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 29.827607 KDa
配列文字列: AIKKYKPITN GRRNMTSLDF AEITKTTPEK SLLKPLPKKA GRNNQGKLTV RHHGGGHKRQ YRVIDFKRNK DGINAKVDSI QYDPNRSAN IALVVYADGE KRYIIAPKGL EVGQIVESGA EADIKVGNAL PLQNIPVGTV VHNIELKPGK GGQIARSAGA S AQVLGKEG ...文字列:
AIKKYKPITN GRRNMTSLDF AEITKTTPEK SLLKPLPKKA GRNNQGKLTV RHHGGGHKRQ YRVIDFKRNK DGINAKVDSI QYDPNRSAN IALVVYADGE KRYIIAPKGL EVGQIVESGA EADIKVGNAL PLQNIPVGTV VHNIELKPGK GGQIARSAGA S AQVLGKEG KYVLIRLRSG EVRMILSTCR ATIGQVGNLQ HELVNVGKAG RSRWKGIRPT VRGSVMNPND HPHGGGEGRA PI GRPSPMS PWGKPTLGKK TRRGKKSSDK LIVRGRK

+
分子 #4: 50S ribosomal protein L3

分子名称: 50S ribosomal protein L3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 23.199545 KDa
配列文字列: TKGILGRKIG MTQVFGENGE LIPVTVVEAK ENVVLQKKTV EVDGYNAIQV GFEDKKAYKK DAKSNKYANK PAEGHAKKAD AAPKRFIRE FRNVDVDAYE VGQEVSVDTF VAGDVIDVTG VSKGKGFQGA IKRHGQSRGP MSHGSHFHRA PGSVGMASDA S RVFKGQKM ...文字列:
TKGILGRKIG MTQVFGENGE LIPVTVVEAK ENVVLQKKTV EVDGYNAIQV GFEDKKAYKK DAKSNKYANK PAEGHAKKAD AAPKRFIRE FRNVDVDAYE VGQEVSVDTF VAGDVIDVTG VSKGKGFQGA IKRHGQSRGP MSHGSHFHRA PGSVGMASDA S RVFKGQKM PGRMGGNTVT VQNLEVVQVD TENKVILVKG NVPGPKKGLV EIRTSIK

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分子 #5: 50S ribosomal protein L4

分子名称: 50S ribosomal protein L4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.364504 KDa
配列文字列: ANYDVLKLDG TKSGSIELSD AVFGIEPNNS VLFEAINLQR ASLRQGTHAV KNRSAVSGGG RKPWKQKGTG RARQGTIRAP QWRGGGIVF GPTPRSYAYK MPKKMRRLAL RSALSFKAQE NGLTVVDAFN FEAPKTKEFK NVLSTLEQPK KVLVVTENED V NVELSARN ...文字列:
ANYDVLKLDG TKSGSIELSD AVFGIEPNNS VLFEAINLQR ASLRQGTHAV KNRSAVSGGG RKPWKQKGTG RARQGTIRAP QWRGGGIVF GPTPRSYAYK MPKKMRRLAL RSALSFKAQE NGLTVVDAFN FEAPKTKEFK NVLSTLEQPK KVLVVTENED V NVELSARN IPGVQVTTAQ GLNVLDITNA DSLVITEAAA KKVEEVLG

+
分子 #6: 50S ribosomal protein L5

分子名称: 50S ribosomal protein L5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.460596 KDa
配列文字列:
LKEKFNTEVT ENLMKKFNYS SVMEVPKIDK IVVNMGVGDA VQNSKVLDNA VEELELITGQ KPLVTKAKKS IATFRLREGM PIGAKVTLR GERMYEFLDK LISVSLPRVR DFQGVSKKAF DGRGNYTLGV KEQLIFPEID YDKVSKVRGM DIVIVTTANT D EEARELLA NFGMP

+
分子 #7: 50S ribosomal protein L6

分子名称: 50S ribosomal protein L6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 19.270869 KDa
配列文字列:
SRVGKKIIDI PSDVTVTFDG NHVTVKGPKG ELSRTLNERM TFKQEENTIE VVRPSDSKED RTNHGTTRAL LNNMVQGVSQ GYVKVLELV GVGYRAQMQG KDLILNVGYS HPVEIKAEEN ITFSVEKNTV VKVEGISKEQ VGALASNIRS VRPPEPYKGK G IRYQGEYV RRKEG

+
分子 #8: 50S ribosomal protein L13

分子名称: 50S ribosomal protein L13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.359427 KDa
配列文字列:
MRQTFMANES NIERKWYVID AEGQTLGRLS SEVASILRGK NKVTYTPHVD TGDYVIVINA SKIEFTGNKE TDKVYYRHSN HPGGIKSIT AGELRRTNPE RLIENSIKGM LPSTRLGEKQ GKKLFVYGGA EHPHAAQQPE NYELRG

+
分子 #9: 50S ribosomal protein L14

分子名称: 50S ribosomal protein L14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.157342 KDa
配列文字列:
MIQQETRLKV ADNSGAREVL TIKVLGGSGR KTANIGDVIV CTVKNATPGG VVKKGDVVKA VIVRTKSGVR RNDGSYIKFD ENACVIIRD DKGPRGTRIF GPVARELREG NFMKIVSLAP EVL

+
分子 #10: 50S ribosomal protein L15

分子名称: 50S ribosomal protein L15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.62889 KDa
配列文字列:
MKLHELKPAE GSRKERNRVG RGVATGNGKT SGRGHKGQKA RSGGGVRPGF EGGQLPLFRR LPKRGFTNIN RKEYAIVNLD QLNKFEDGT EVTPALLVES GVVKNEKSGI KILGNGSLDK KLTVKAHKFS ASAAEAIDAK GGAHEVI

+
分子 #11: 50S ribosomal protein L16

分子名称: 50S ribosomal protein L16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.599435 KDa
配列文字列:
MLLPKRVKYR RQHRPKTTGR SKGGNYVTFG EFGLQATTTS WITSRQIESA RIAMTRYMKR GGKVWIKIFP HTPYTKKPLE VRMGAGKGA VEGWIAVVKP GRILFEVAGV SEEVAREALR LASHKLPVKT KFVKREEL

+
分子 #12: 50S ribosomal protein L17

分子名称: 50S ribosomal protein L17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.583523 KDa
配列文字列:
YRKLGRTSDQ RKAMLRDLAT SLIISERIET TEARAKEVRS VVEKLITLGK KGDLASRRNA AKTLRNVEIL NEDETTQTAL QKLFGEIAE RYTERQGGYT RILKQGPRRG DGAESVIIEL V

+
分子 #13: 50S ribosomal protein L18

分子名称: 50S ribosomal protein L18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.992897 KDa
配列文字列:
ISKIDKNKVR LKRHARVRTN LSGTAEKPRL NVYRSNKHIY AQIIDDNKGV TLAQASSKDS DIATTATKVE LATKVGEAIA KKAADKGIK EIVFDRGGYL YHGRVKALAE AARESGLEF

+
分子 #14: 50S ribosomal protein L19

分子名称: 50S ribosomal protein L19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.104381 KDa
配列文字列:
TNHKLIEAVT KSQLRTDLPS FRPGDTLRVH VRIIEGTRER IQVFEGVVIK RRGGGVSETF TVRKISSGVG VERTFPLHTP KIEKIEVKR RGKVRRAKLY YLRSLRGKAA RIQEI

+
分子 #15: 50S ribosomal protein L20

分子名称: 50S ribosomal protein L20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 13.459919 KDa
配列文字列:
PRVKGGTVTR ARRKKTIKLA KGYFGSKHTL YKVAKQQVMK SGQYAFRDRR QRKRDFRKLW ITRINAAARQ HEMSYSRLMN GLKKAGIDI NRKMLSEIAI SDEKAFAQLV TKAKDAL

+
分子 #16: 50S ribosomal protein L21

分子名称: 50S ribosomal protein L21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.354081 KDa
配列文字列:
MFAIIETGGK QIKVEEGQEI FVEKLDVNEG DTFTFDKVLF VGGDSVKVGA PTVEGATVTA TVNKQGRGKK ITVFTYKRRK NSKRKKGHR QPYTKLTIDK INA

+
分子 #17: 50S ribosomal protein L22

分子名称: 50S ribosomal protein L22 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.100087 KDa
配列文字列:
MEAKAVARTI RIAPRKVRLV LDLIRGKNAA EAIAILKLTN KASSPVIEKV LMSALANAEH NYDMNTDELV VKEAYANEGP TLKRFRPQG RASAINKRTS HITIVVSDGK E

+
分子 #18: 50S ribosomal protein L23

分子名称: 50S ribosomal protein L23 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.3801 KDa
配列文字列:
EARDILKRPV ITEKSSEAMA EDKYTFDVDT RVNKTQVKMA VEEIFNVKVA SVNIMNYKPK KKRMGRYQGY TNKRRKAIVT LKEGSIDLF

+
分子 #19: 50S ribosomal protein L24

分子名称: 50S ribosomal protein L24 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.316205 KDa
配列文字列:
HIKKGDNVKV IAGKDKGKEG KVIATLPKKD RVVVEGVNIM KKHQKPTQLN PEGGILETEA AIHVSNVQLL DPKTNEPTRV GYKFVDGKK VRIAKKSGEE IKSN

+
分子 #20: 50S ribosomal protein L25

分子名称: 50S ribosomal protein L25 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.4622 KDa
配列文字列:
ASLKSIIRQG KQTRSDLKQL RKSGKVPAVV YGYGTKNVSV KVDEVEFIKV IREVGRNGVI ELGVGSKTIK VMVADYQFDP LKNQITHID FLAIN

+
分子 #21: 50S ribosomal protein L27

分子名称: 50S ribosomal protein L27 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.409478 KDa
配列文字列:
STKNGRDSES KRLGAKRADG QFVTGGSILY RQRGTKIYPG ENVGRGGDDT LFAKIDGVVK FERKGRDKKQ VSVYAVA

+
分子 #22: 50S ribosomal protein L28

分子名称: 50S ribosomal protein L28 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.499432 KDa
配列文字列:
ASTGNRRSHA LNSTKRRWNA NLQKVRILVD GKPKKVWVSA RALKSGKVT

+
分子 #23: 50S ribosomal protein L29

分子名称: 50S ribosomal protein L29 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 23 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.845942 KDa
配列文字列:
KAKEIRDLTT SEIEEQIKSS KEELFNLRFQ LATGQLEETA RIRTVRKTIA RLKTVARERE IEQSKAN

+
分子 #24: 50S ribosomal protein L30

分子名称: 50S ribosomal protein L30 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 24 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.434487 KDa
配列文字列:
AKLQITLTRS VIGRPETQRK TVEALGLKKT NSSVVVEDNP AIRGQINKVK HLVTVEEK

+
分子 #25: 50S ribosomal protein L31 type B

分子名称: 50S ribosomal protein L31 type B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 25 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.909694 KDa
配列文字列:
MKQGIHPEYH QVIFLDTTTN FKFLSGSTKT SSEMMEWEDG KEYPVIRLDI SSDSHPFYT

+
分子 #26: 50S ribosomal protein L32

分子名称: 50S ribosomal protein L32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 26 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.569565 KDa
配列文字列:
AVPKRRTSKT RKNKRRTHFK ISVPGMTECP NCGEYKLSHR VCKNCGSY

+
分子 #27: 50S ribosomal protein L33

分子名称: 50S ribosomal protein L33 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 27 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.684561 KDa
配列文字列:
RVNVTLACTE CGDRNYITTK NKRNNPERIE MKKYCPRLNK YTLHRET

+
分子 #28: 50S ribosomal protein L34

分子名称: 50S ribosomal protein L34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 28 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 5.252369 KDa
配列文字列:
VKRTYQPNKR KHSKVHGFRK RMSTKNGRKV LARRRRKGRK VLS

+
分子 #29: 50S ribosomal protein L35

分子名称: 50S ribosomal protein L35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 29 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.461992 KDa
配列文字列:
PKMKTHRGAA KRVKRTASGQ LKRSRAFTSH LFANKSTKQK RQLRKARLVS KSDMKRVKQL LAYK

+
分子 #30: 50S ribosomal protein L36

分子名称: 50S ribosomal protein L36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 30 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 4.318422 KDa
配列文字列:
MKVRPSVKPI CEKCKVIKRK GKVMVICENP KHKQRQG

+
分子 #32: 30S ribosomal protein S2

分子名称: 30S ribosomal protein S2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 32 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 25.929135 KDa
配列文字列: MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ...文字列:
MAVISMKQLL EAGVHFGHQT RRWNPKMKKY IFTERNGIYI IDLQKTVKKV DEAYNFLKQV SEDGGQVLFV GTKKQAQESV KSEAERAGQ FYINQRWLGG LLTNYKTISK RIKRISEIEK MEEDGLFEVL PKKEVVELKK EYDRLIKFLG GIRDMKSMPQ A LFVVDPRK ERNAIAEARK LNIPIVGIVD TNCDPDEIDY VIPANDDAIR AVKLLTAKMA DAILEGQQ

+
分子 #33: 30S ribosomal protein S3

分子名称: 30S ribosomal protein S3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 33 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.684201 KDa
配列文字列: GQKINPIGLR VGIIRDWEAK WYAEKDFASL LHEDLKIRKF IDNELKEASV SHVEIERAAN RINIAIHTGK PGMVIGKGGS EIEKLRNKL NALTDKKVHI NVIEIKKVDL DARLVAENIA RQLENRASFR RVQKQAITRA MKLGAKGIKT QVSGRLGGAD I ARAEQYSE ...文字列:
GQKINPIGLR VGIIRDWEAK WYAEKDFASL LHEDLKIRKF IDNELKEASV SHVEIERAAN RINIAIHTGK PGMVIGKGGS EIEKLRNKL NALTDKKVHI NVIEIKKVDL DARLVAENIA RQLENRASFR RVQKQAITRA MKLGAKGIKT QVSGRLGGAD I ARAEQYSE GTVPLHTLRA DIDYAHAEAD TTYGKLGVKV WIYR

+
分子 #34: 30S ribosomal protein S4

分子名称: 30S ribosomal protein S4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 34 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 22.849145 KDa
配列文字列: RFRGSNWKKS RRLGISLSGT GKELEKRPYA PGQHGPNQRK KLSEYGLQLR EKQKLRYLYG MTERQFRNTF DIAGKKFGVH GENFMILLA SRLDAVVYSL GLARTRRQAR QLVNHGHILV DGKRVDIPSY SVKPGQTISV REKSQKLNII VESVEINNFV P EYLNFDAD ...文字列:
RFRGSNWKKS RRLGISLSGT GKELEKRPYA PGQHGPNQRK KLSEYGLQLR EKQKLRYLYG MTERQFRNTF DIAGKKFGVH GENFMILLA SRLDAVVYSL GLARTRRQAR QLVNHGHILV DGKRVDIPSY SVKPGQTISV REKSQKLNII VESVEINNFV P EYLNFDAD SLTGTFVRLP ERSELPAEIN EQLIVEYYSR

+
分子 #35: 30S ribosomal protein S5

分子名称: 30S ribosomal protein S5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 35 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 16.522119 KDa
配列文字列:
EFEERVVTIN RVAKVVKGGR RFRFTALVVV GDKNGRVGFG TGKAQEVPEA IKKAVEAAKK DLVVVPRVEG TTPHTITGRY GSGSVFMKP AAPGTGVIAG GPVRAVLELA GITDILSKSL GSNTPINMVR ATIDGLQNLK NAEDVAKLRG KTVEELY

+
分子 #36: 30S ribosomal protein S6

分子名称: 30S ribosomal protein S6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 36 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.239766 KDa
配列文字列:
MRTYEVMYIV RPNIEEDAKK ALVERFNGIL ATEGAEVLEA KDWGKRRLAY EINDFKDGFY NIVRVKSDNN KATDEFQRLA KISDDIIRY MVIRED

+
分子 #37: 30S ribosomal protein S7

分子名称: 30S ribosomal protein S7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 37 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 17.18183 KDa
配列文字列:
MPRKGSVPKR DVLPDPIHNS KLVTKLINKI MLDGKRGTAQ RILYSAFDLV EQRSGRDALE VFEEAINNIM PVLEVKARRV GGSNYQVPV EVRPERRTTL GLRWLVNYAR LRGEKTMEDR LANEILDAAN NTGGAVKKRE DTHKMAEANK AFA

+
分子 #38: 30S ribosomal protein S8

分子名称: 30S ribosomal protein S8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 38 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.723118 KDa
配列文字列:
TMTDPIADML TRVRNANMVR HEKLELPASN IKKEIAEILK SEGFIKNVEY VEDDKQGVLR LFLKYGQNDE RVITGLKRIS KPGLRVYAK ASEMPKVLNG LGIALVSTSE GVITDKEARK RNVGGEIIAY VW

+
分子 #39: 30S ribosomal protein S9

分子名称: 30S ribosomal protein S9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 39 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 14.312321 KDa
配列文字列:
VEYRGTGRRK NSVARVRLVP GEGNITVNNR DVREYLPFES LILDLNQPFD VTETKGNYDV LVNVHGGGFT GQAQAIRHGI ARALLEADP EYRGSLKRAG LLTRDPRMKE RKKPGLKAAR RSPQFSKR

+
分子 #40: 30S ribosomal protein S10

分子名称: 30S ribosomal protein S10 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 40 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.009742 KDa
配列文字列:
IRIRLKAYDH RVIDQSAEKI VETAKRSGAD VSGPIPLPTE KSVYTIIRAV HKYKDSREQF EQRTHKRLID IVNPTPKTVD ALMGLNLPS GVDIEIKL

+
分子 #41: 30S ribosomal protein S11

分子名称: 30S ribosomal protein S11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 41 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 12.047609 KDa
配列文字列:
NIENGVAHIR STFNNTIVTI TDEFGNALSW SSAGALGFKG SKKSTPFAAQ MASETASKSA MEHGLKTVEV TVKGPGPGRE SAIRALQSA GLEVTAIRDV TPVPHNGCRP PKRRR

+
分子 #42: 30S ribosomal protein S12

分子名称: 30S ribosomal protein S12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 42 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 15.07557 KDa
配列文字列:
PTINQLVRKP RQSKIKKSDS PALNKGFNSK KKKFTDLNSP QKRGVCTRVG TMTPKKPNSA LRKYARVRLS NNIEINAYIP GIGHNLQEH SVVLVRGGRV KDLPGVRYHI VRGALDTSGV DGRRQGRSLY GTKKPK

+
分子 #43: 30S ribosomal protein S13

分子名称: 30S ribosomal protein S13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 43 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 11.99173 KDa
配列文字列:
VDIPREKRVV ISLTYIYGIG TSTAQKILEE ANVSADTRVK DLTDDELGRI REVVDGYKVE GDLRRETNLN IKRLMEISSY RGIRHRRGL PVRGQKTKNN ARTRK

+
分子 #44: 30S ribosomal protein S14 type Z

分子名称: 30S ribosomal protein S14 type Z / タイプ: protein_or_peptide / ID: 44 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 7.186573 KDa
配列文字列:
AKTSMVAKQQ KKQKYAVREY TRCERCGRPH SVYRKFKLCR ICFRELAYKG QIPGVRKASW

+
分子 #45: 30S ribosomal protein S15

分子名称: 30S ribosomal protein S15 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 45 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 10.503135 KDa
配列文字列:
AISQERKNEI IKEYRVHETD TGSPEVQIAV LTAEINAVNE HLRTHKKDHH SRRGLLKMVG RRRHLLNYLR SKDIQRYREL IKSLGIRR

+
分子 #46: 30S ribosomal protein S16

分子名称: 30S ribosomal protein S16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 46 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.99351 KDa
配列文字列:
AVKIRLTRLG SKRNPFYRIV VADARSPRDG RIIEQIGTYN PTSANAPEIK VDEALALKWL NDGAKPTDTV HNILSKEGIM KKFDEQKKA

+
分子 #47: 30S ribosomal protein S17

分子名称: 30S ribosomal protein S17 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 47 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.36686 KDa
配列文字列:
NDRKVYVGKV VSDKMDKTIT VLVETYKTHK LYGKRVKYSK KYKTHDENNS AKLGDIVKIQ ETRPLSATKR FRLVEIVEES

+
分子 #48: 30S ribosomal protein S18

分子名称: 30S ribosomal protein S18 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 48 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.404623 KDa
配列文字列:
THIDYKDTEL LKRFISERGK ILPRRVTGTS AKYQRMLTTA IKRSRHMALL PYVK

+
分子 #49: 30S ribosomal protein S19

分子名称: 30S ribosomal protein S19 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 49 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 9.205604 KDa
配列文字列:
SIKKGPFVDE HLMKKVEAQE GSEKKQVIKT WSRRSTIFPN FIGHTFAVYD GRKHVPVYVT EDMVGHKLGE FAPTRTFKGH

+
分子 #50: 30S ribosomal protein S20

分子名称: 30S ribosomal protein S20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 50 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 8.779096 KDa
配列文字列:
ANIKSAIKRV KTTEKAEARN ISQKSAMRTA VKNAKTAVSN NADNKNELVS LAVKLVDKAA QSNLIHSNKA DRIKSQLMTA N

+
分子 #51: 30S ribosomal protein S21

分子名称: 30S ribosomal protein S21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 51 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 6.24128 KDa
配列文字列:
TVVRKNESLE DALRRFKRSV SKSGTIQEVR KREFYEKPSV KRKKKSEAAR KR

+
分子 #52: Ribosome hibernation promoting factor

分子名称: Ribosome hibernation promoting factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 52 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
分子量理論値: 18.955521 KDa
配列文字列:
IRFEIHGDNL TITDAIRNYI EEKIGKLERY FNDVPNAVAH VKVKTYSNSA TKIEVTIPLK NVTLRAEERN DDLYAGIDLI NNKLERQVR KYKTRINRKS RDRGDQIEII RSKEFSLKPM DSEEAVLQMN LLGHDFFVFT DRETDGTSIV YRRKDGKYGL I QT

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分子 #53: ERYTHROMYCIN A

分子名称: ERYTHROMYCIN A / タイプ: ligand / ID: 53 / コピー数: 1 / 式: ERY
分子量理論値: 733.927 Da
Chemical component information

ChemComp-ERY:
ERYTHROMYCIN A / エリスロマイシン / 抗生剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.6
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 1.076 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

5ngm

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.425 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.0) / 使用した粒子像数: 378309
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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