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万見
- EMDB-10042: SIVrcm intasome in complex with bictegravir -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-10042
タイトルSIVrcm intasome in complex with bictegravir
マップデータMap sharpened with B factor -95
試料
  • 複合体: SIVrcm intasome in complex with bictegravir
    • 複合体: Pol Protein
      • タンパク質・ペプチド: Pol protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Bictegravir
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water
キーワードretroviral integrase / lentivirus / strand transfer inhibior / protein-DNA complex / RECOMBINATION
機能・相同性
機能・相同性情報


exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell ...exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / establishment of integrated proviral latency / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / DNA recombination / aspartic-type endopeptidase activity / symbiont entry into host cell / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain ...Reverse transcriptase connection / Reverse transcriptase connection domain / Reverse transcriptase thumb / Reverse transcriptase thumb domain / Integrase Zinc binding domain / Zinc finger integrase-type profile. / Integrase-like, N-terminal / Integrase DNA binding domain / Integrase, C-terminal domain superfamily, retroviral / Integrase, N-terminal zinc-binding domain / Integrase, C-terminal, retroviral / Integrase DNA binding domain profile. / RNase H / Integrase core domain / Integrase, catalytic core / Integrase catalytic domain profile. / RNase H type-1 domain profile. / Ribonuclease H domain / Reverse transcriptase domain / Reverse transcriptase (RT) catalytic domain profile. / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase) / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Ribonuclease H superfamily / Aspartic peptidase domain superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Cherepanov P / Nans A / Cook N
資金援助 米国, 英国, 2件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM082251 米国
The Francis Crick InstituteFC001061 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: Structural basis of second-generation HIV integrase inhibitor action and viral resistance.
著者: Nicola J Cook / Wen Li / Dénes Berta / Magd Badaoui / Allison Ballandras-Colas / Andrea Nans / Abhay Kotecha / Edina Rosta / Alan N Engelman / Peter Cherepanov /
要旨: Although second-generation HIV integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs) are prescribed throughout the world, the mechanistic basis for the superiority of these drugs is poorly understood. We ...Although second-generation HIV integrase strand-transfer inhibitors (INSTIs) are prescribed throughout the world, the mechanistic basis for the superiority of these drugs is poorly understood. We used single-particle cryo-electron microscopy to visualize the mode of action of the advanced INSTIs dolutegravir and bictegravir at near-atomic resolution. Glutamine-148→histidine (Q148H) and glycine-140→serine (G140S) amino acid substitutions in integrase that result in clinical INSTI failure perturb optimal magnesium ion coordination in the enzyme active site. The expanded chemical scaffolds of second-generation compounds mediate interactions with the protein backbone that are critical for antagonizing viruses containing the Q148H and G140S mutations. Our results reveal that binding to magnesium ions underpins a fundamental weakness of the INSTI pharmacophore that is exploited by the virus to engender resistance and provide a structural framework for the development of this class of anti-HIV/AIDS therapeutics.
履歴
登録2019年6月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年6月12日-
マップ公開2020年2月5日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6rwm
  • 表面レベル: 0.7
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-6rwm
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_10042.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_10042.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 259.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map sharpened with B factor -95
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.08 Å/pix.
x 408 pix.
= 440.64 Å		1.08 Å/pix.
x 408 pix.
= 440.64 Å		1.08 Å/pix.
x 408 pix.
= 440.64 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.08 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.7 / ムービー #1: 0.7
最小 - 最大-3.47062 - 6.352506
平均 (標準偏差)0.0010635093 (±0.17193834)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ408408408
Spacing408408408
セルA=B=C: 440.64 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.081.081.08
M x/y/z408408408
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z440.640440.640440.640
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS408408408
D min/max/mean-3.4716.3530.001

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_10042_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Unsharpened CryoSPARC map

ファイルemd_10042_additional_1.map
注釈Unsharpened CryoSPARC map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Locally filtered autosharpened CryoSPARC map

ファイルemd_10042_additional_2.map
注釈Locally filtered autosharpened CryoSPARC map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_10042_half_map_1.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_10042_half_map_2.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : SIVrcm intasome in complex with bictegravir

全体名称: SIVrcm intasome in complex with bictegravir
要素
  • 複合体: SIVrcm intasome in complex with bictegravir
    • 複合体: Pol Protein
      • タンパク質・ペプチド: Pol protein
    • 複合体: DNA
      • DNA: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
      • DNA: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: Bictegravir
  • リガンド: CHLORIDE ION
  • リガンド: water

+
超分子 #1: SIVrcm intasome in complex with bictegravir

超分子名称: SIVrcm intasome in complex with bictegravir / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3

+
超分子 #2: Pol Protein

超分子名称: Pol Protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

+
超分子 #3: DNA

超分子名称: DNA / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)

+
分子 #1: Pol protein

分子名称: Pol protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: SIVrcm integrase, S119D / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 32.732182 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG DNFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD ...文字列:
GFLDGIEKAQ EEHEKYHNNW RAMAEDFQIP QVVAKEIVAQ CPKCQVKGEA MHGQVDASPK TWQMDCTHLE GKVIIVAVHV ASGYIEAEV LPAETGKETA HFLLKLAARW PVKHLHTDNG DNFTSSAVQA VCWWAQIEHT FGVPYNPQSQ GVVESMNHQL K TIITQIRD QAEKIETAVQ MAVLIHNFKR KGGIGGYSAG ERIIDIIASD LQTTKLQNQI SKIQNFRVYF REGRDQQWKG PA TLIWKGE GAVVIQDGQD LKVVPRRKCK IIKDYGRKDV DSETSMEGRQ EKD

UniProtKB: Pol protein

+
分子 #2: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP...

分子名称: DNA (5'-D(P*GP*CP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*AP*AP*AP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*CP*CP*A)-3')
タイプ: dna / ID: 2 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 9.223995 KDa
配列文字列:
(DG)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DA)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DC)(DC) (DA)

+
分子 #3: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*...

分子名称: DNA (5'-D(*AP*AP*CP*TP*GP*GP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*GP*C)-3')
タイプ: dna / ID: 3 / コピー数: 2 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Simian immunodeficiency virus (サル免疫不全ウイルス)
分子量理論値: 10.134541 KDa
配列文字列:
(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DG)(DT)(DA)(DG)(DA) (DG)(DA)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DC)(DT)(DT) (DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DA)(DA)(DC)

+
分子 #4: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 8 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 4 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: Bictegravir

分子名称: Bictegravir / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: KLQ
分子量理論値: 449.38 Da
Chemical component information

ChemComp-KLQ:
Bictegravir / 阻害剤*YM

+
分子 #7: CHLORIDE ION

分子名称: CHLORIDE ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: CL
分子量理論値: 35.453 Da

+
分子 #8: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 108 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
0.35 MNaClsodium chloride
0.025 MHepes4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
0.005 MMgSO4magnesium sulfate
グリッドモデル: C-flat-1.2/1.3 4C / 材質: GOLD / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: no pretreatment
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-40 / 撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 11769 / 平均電子線量: 55.7 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ab initio, as implemented in CryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 2) / 詳細: Non-uniform refinement as implemented in CryoSPARC / 使用した粒子像数: 149778
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 3次元分類クラス数: 12 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

2b4j

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1ex4

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

1k6y

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-6rwm:
SIVrcm intasome in complex with bictegravir

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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