+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10018 | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Inward-open structure of the ASCT2 (SLC1A5) mutant C467R in absence of substrate | ||||||||||||||||||
マップデータ | None | ||||||||||||||||||
試料 |
| ||||||||||||||||||
キーワード | solute carrier family 1 (SLC1A) one-gate elevator mechanism neutral amino acid exchange membrane proteins cryo-EM / MEMBRANE PROTEIN | ||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glutamine secretion / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-glutamine import across plasma membrane / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane ...glutamine secretion / glutamine transport / L-glutamine transmembrane transporter activity / L-glutamine import across plasma membrane / L-serine transmembrane transporter activity / ligand-gated channel activity / neutral amino acid transport / amino acid transmembrane transporter activity / L-aspartate transmembrane transporter activity / L-aspartate import across plasma membrane / Amino acid transport across the plasma membrane / neutral L-amino acid transmembrane transporter activity / symporter activity / antiporter activity / amino acid transport / RHOJ GTPase cycle / RHOQ GTPase cycle / protein homotrimerization / transport across blood-brain barrier / RHOH GTPase cycle / RAC3 GTPase cycle / RAC1 GTPase cycle / erythrocyte differentiation / basal plasma membrane / melanosome / signaling receptor activity / virus receptor activity / extracellular exosome / membrane / metal ion binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.13 Å | ||||||||||||||||||
データ登録者 | Garaeva AA / Guskov A | ||||||||||||||||||
資金援助 | オランダ, 5件
| ||||||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019 タイトル: A one-gate elevator mechanism for the human neutral amino acid transporter ASCT2. 著者: Alisa A Garaeva / Albert Guskov / Dirk J Slotboom / Cristina Paulino / 要旨: The human Alanine Serine Cysteine Transporter 2 (ASCT2) is a neutral amino acid exchanger that belongs to the solute carrier family 1 (SLC1A). SLC1A structures have revealed an elevator-type ...The human Alanine Serine Cysteine Transporter 2 (ASCT2) is a neutral amino acid exchanger that belongs to the solute carrier family 1 (SLC1A). SLC1A structures have revealed an elevator-type mechanism, in which the substrate is translocated across the cell membrane by a large displacement of the transport domain, whereas a small movement of hairpin 2 (HP2) gates the extracellular access to the substrate-binding site. However, it has remained unclear how substrate binding and release is gated on the cytoplasmic side. Here, we present an inward-open structure of the human ASCT2, revealing a hitherto elusive SLC1A conformation. Strikingly, the same structural element (HP2) serves as a gate in the inward-facing as in the outward-facing state. The structures reveal that SLC1A transporters work as one-gate elevators. Unassigned densities near the gate and surrounding the scaffold domain, may represent potential allosteric binding sites, which could guide the design of lipidic-inhibitors for anticancer therapy. | ||||||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_10018.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-10018-v30.xml emd-10018.xml | 19.7 KB 19.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_10018_fsc.xml | 7.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_10018.png | 93.1 KB | ||
マスクデータ | emd_10018_msk_1.map | 30.5 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-10018.cif.gz | 6.2 KB | ||
その他 | emd_10018_half_map_1.map.gz emd_10018_half_map_2.map.gz | 23.3 MB 23.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-10018 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_10018_validation.pdf.gz | 820.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_10018_full_validation.pdf.gz | 820.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_10018_validation.xml.gz | 12.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_10018_validation.cif.gz | 17.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10018 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-10018 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_10018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 30.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.012 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_10018_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_10018_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: None
ファイル | emd_10018_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | None | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : C467R mutant of ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
全体 | 名称: C467R mutant of ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: C467R mutant of ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A)
超分子 | 名称: C467R mutant of ASCT2 (Alanine Serine Cysteine Transporter 2, SLC1A) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: in absence of substrate |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 172 KDa |
-分子 #1: Neutral amino acid transporter B(0)
分子 | 名称: Neutral amino acid transporter B(0) / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 57.521848 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) |
配列 | 文字列: MVADPPRDSK GLAAAEPTAN GGLALASIED QGAAAGGYCG SRDQVRRCLR ANLLVLLTVV AVVAGVALGL GVSGAGGALA LGPERLSAF VFPGELLLRL LRMIILPLVV CSLIGGAASL DPGALGRLGA WALLFFLVTT LLASALGVGL ALALQPGAAS A AINASVGA ...文字列: MVADPPRDSK GLAAAEPTAN GGLALASIED QGAAAGGYCG SRDQVRRCLR ANLLVLLTVV AVVAGVALGL GVSGAGGALA LGPERLSAF VFPGELLLRL LRMIILPLVV CSLIGGAASL DPGALGRLGA WALLFFLVTT LLASALGVGL ALALQPGAAS A AINASVGA AGSAENAPSK EVLDSFLDLA RNIFPSNLVS AAFRSYSTTY EERNITGTRV KVPVGQEVEG MNILGLVVFA IV FGVALRK LGPEGELLIR FFNSFNEATM VLVSWIMWYA PVGIMFLVAG KIVEMEDVGL LFARLGKYIL CCLLGHAIHG LLV LPLIYF LFTRKNPYRF LWGIVTPLAT AFGTSSSSAT LPLMMKCVEE NNGVAKHISR FILPIGATVN MDGAALFQCV AAVF IAQLS QQSLDFVKII TILVTATASS VGAAGIPAGG VLTLAIILEA VNLPVDHISL ILAVDWLVDR SRTVLNVEGD ALGAG LLQN YVDRTESRST EPELIQVKSE LPLDPLPVPT EEGNPLLKHY RGPAGDATVA SEKESVMHHH HHH UniProtKB: Neutral amino acid transporter B(0) |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 5 mg/mL |
---|---|
緩衝液 | pH: 7.4 詳細: 20 mM Tris pH 7.4, 300 mM NaCl, 0.05% DDM, 0.005% CHS |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 288 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TALOS ARCTICA |
---|---|
温度 | 最低: 90.0 K / 最高: 105.0 K |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-60 / 撮影したグリッド数: 6 / 実像数: 1605 / 平均露光時間: 9.0 sec. / 平均電子線量: 52.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 0.3 µm / 倍率(補正後): 49407 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 49407 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company |