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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-10003 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of wild-type Turnip Yellows Virus | |||||||||
![]() | sharpened map | |||||||||
![]() |
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機能・相同性 | Potato leaf roll virus readthrough protein / Potato leaf roll virus readthrough protein / Luteovirus group 1 coat protein / Luteovirus coat protein / host cell plasmodesma / host cell periplasmic space / viral capsid / structural molecule activity / Readthrough protein P3-RTD![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.08 Å | |||||||||
![]() | Trapani S / Lai Kee Him J / Hoh F / Brault V / Bron P | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: CryoEM structure of Turnip Yellows Virus 著者: Trapani S / Lai Kee Him J / Boissinot S / Reinbold C / Fallet C / Ancelin A / Lecorre F / Hoh F / Ziegler-Graff V / Brault V / Bron P | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 196.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 17.1 KB 17.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 13.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 247.5 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 163.3 MB 163.3 MB 165.8 MB 165.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 394.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 394 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 19.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 9fhpM M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.225 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_10003_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: unsharpened map
ファイル | emd_10003_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unsharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 1 map
ファイル | emd_10003_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half_1 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half 2 map
ファイル | emd_10003_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half_2 map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Beet western yellows virus-FL1
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Beet western yellows virus-FL1
超分子 | 名称: Beet western yellows virus-FL1 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12043 / 生物種: Beet western yellows virus-FL1 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 名称: capsid / T番号(三角分割数): 3 |
-分子 #1: Major coat protein
分子 | 名称: Major coat protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD ...文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD VAEDQFRILY KG NGSSSIA GSFRITIKCQ FHNPK |
-分子 #2: Minor capsid protein P3-RTD
分子 | 名称: Minor capsid protein P3-RTD / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD ...文字列: MNTVVGRRII NGRRRPRRQT RRAQRPQPVV VVQTSRATQR RPRRRRRGNN RTGRTVPTRG AGSSETFVF SKDNLAGSSS GAITFGPSLS DCPAFSNGML KAYHEYKISM VILEFVSEAS S QNSGSIAY ELDPHCKLNS LSSTINKFGI TKPGKRAFTA SYINGTEWHD VAEDQFRILY KG NGSSSIA GSFRITIKCQ FHNPKYVDEE PGPSPGPSPS PQPTPQKKYR FIVYTGVPVT RIM AQSTDD AISLYDMPSQ RFRYIEDENM NWTNLDSRWY SQNSLKAIPM IIVPVPQGEW TVEI SMEGY QPTSSTTDPN KDKQDGLIAY NDDLSEGWNV GIYNNVEITN NKADNTLKYG HPDME LNGC HFNQGQCLER DGDLTCHIKT TGDNASFFVV GPAVQKQSKY NYAVSYGAWT DRMMEI GMI AIALDEQGSS GSVKTERPKR VGHSMAVSTW ETIKLPEKGN SEGYETSQRQ DSKTPPT AS GGSDTLDVEE GGLPLPVEEE IPDFVGDNPW SDLSTKNSQE EEAMSSESGL RPQLKPPG L PKPQPIRTIR NFDPTPDLVE AWRPDVNPGY SKADVAAATI IAGGSIKDGR SMIDKRNKA VLDGRKSWGS SLASSLTGGT LKASAKSEKL AKLTTSERAR YERIKRQQGS TRASEFLESL LAGEDPDSR F |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1.32 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6 / 構成要素 - 濃度: 0.1 mol / L / 構成要素 - 名称: citrate |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI POLARA 300 |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company |