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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0919 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of the killifish CALHM1 | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / ATP export / monoatomic cation channel activity / calcium channel activity / basolateral plasma membrane / endoplasmic reticulum membrane / plasma membrane / Calcium homeostasis modulator 1 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Oryzias latipes (ヒメダカ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.66 Å | |||||||||
データ登録者 | Demura K / Kusakizako T / Shihoya W / Hiraizumi M / Shimada H / Yamashita K / Nishizawa T / Nureki O | |||||||||
引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020 タイトル: Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator channels in diverse oligomeric assemblies. 著者: Kanae Demura / Tsukasa Kusakizako / Wataru Shihoya / Masahiro Hiraizumi / Kengo Nomura / Hiroto Shimada / Keitaro Yamashita / Tomohiro Nishizawa / Akiyuki Taruno / Osamu Nureki / 要旨: Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we ...Calcium homeostasis modulator (CALHM) family proteins are Ca-regulated adenosine triphosphate (ATP)-release channels involved in neural functions including neurotransmission in gustation. Here, we present the cryo-electron microscopy (EM) structures of killifish CALHM1, human CALHM2, and CLHM-1 at resolutions of 2.66, 3.4, and 3.6 Å, respectively. The CALHM1 octamer structure reveals that the N-terminal helix forms the constriction site at the channel pore in the open state and modulates the ATP conductance. The CALHM2 undecamer and CLHM-1 nonamer structures show the different oligomeric stoichiometries among CALHM homologs. We further report the cryo-EM structures of the chimeric construct, revealing that the intersubunit interactions at the transmembrane domain (TMD) and the TMD-intracellular domain linker define the oligomeric stoichiometry. These findings advance our understanding of the ATP conduction and oligomerization mechanisms of CALHM channels. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0919.map.gz | 135.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0919-v30.xml emd-0919.xml | 13.8 KB 13.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0919_fsc.xml | 13 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0919.png | 142.6 KB | ||
マスクデータ | emd_0919_msk_1.map | 190.1 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0919_half_map_1.map.gz emd_0919_half_map_2.map.gz | 145.3 MB 145.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0919 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0919_validation.pdf.gz | 697.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0919_full_validation.pdf.gz | 697 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0919_validation.xml.gz | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0919_validation.cif.gz | 27.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0919 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0919 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lmtMC 0920C 0921C 0922C 0923C 6lmuC 6lmvC 6lmwC 6lmxC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10444 (タイトル: Cryo-EM structures of calcium homeostasis modulator (CALHM) channels Data size: 6.8 TB Data #1: Unaligned movies for OlCALHM1 [micrographs - multiframe] Data #2: Unaligned movies for HsCALHM2 [micrographs - multiframe] Data #3: Unaligned movies for CeCLHM-1 [micrographs - multiframe] Data #4: Unaligned movies for OlCALHM1-HsCALHM2 chimera [micrographs - multiframe]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0919.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 190.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.83 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0919_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_0919_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_0919_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : CALHM1
全体 | 名称: CALHM1 |
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要素 |
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-超分子 #1: CALHM1
超分子 | 名称: CALHM1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Oryzias latipes (ヒメダカ) |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator 1
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Oryzias latipes (ヒメダカ) |
分子量 | 理論値: 35.039684 KDa |
組換発現 | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MDKFRMMFQF LQSNQESFMN GICGIMALAS AQMYSSFEFS CPCMPEYNYT YGIGLLIIPP IWFFLLGFVL NNNVSVLAEE WKRPTGRRT KDPSVLRYML CSITQRSLIA PAVWVSVTLM DGKSFLCAFS INLDIEKFGN ASLVIGMTET EKLKFLARIP C KDLFEDNE ...文字列: MDKFRMMFQF LQSNQESFMN GICGIMALAS AQMYSSFEFS CPCMPEYNYT YGIGLLIIPP IWFFLLGFVL NNNVSVLAEE WKRPTGRRT KDPSVLRYML CSITQRSLIA PAVWVSVTLM DGKSFLCAFS INLDIEKFGN ASLVIGMTET EKLKFLARIP C KDLFEDNE VRVAATRYIK CISQACGWMF LLMMTFTAFL IRAIRPCFTQ AAFLKTKYWS HYIDIERKMF DETCKEHAKS FA KVCIHQY FENISGEMQN FHRHQSKDTS DAEEEEKQRS DEDKLLGIKA QEDMNKVLEN LYFQ |
-分子 #2: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
分子 | 名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: Y01 |
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分子量 | 理論値: 486.726 Da |
Chemical component information | ChemComp-Y01: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |