+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0867 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of echovirus 11 A-particle at pH 5.5 | |||||||||
マップデータ | None | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | Cryo-EM structure / echovirus 11 / A-particle (アルファ粒子) / pH 5.5 / VIRUS (ウイルス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / カプシド ...symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ピコルナイン2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / DNA複製 / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / RNA依存性RNAポリメラーゼ / virus-mediated perturbation of host defense response / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / structural molecule activity / ATP hydrolysis activity / タンパク質分解 / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Echovirus E11 (ウイルス) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.58 Å | |||||||||
データ登録者 | Liu S / Gao FG | |||||||||
引用 | ジャーナル: Chin.Sci.Bull. / 年: 2020 タイトル: Molecular and structural basis of Echovirus 11 infection by using the dual-receptor system of CD55 and FcRn. 著者: Niu S / Liu C / Liu C / Liu S / Song Y / Zhang Y / Tian W / Zhao X / Wang P / Gao FG | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0867.map.gz | 193 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-0867-v30.xml emd-0867.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0867_fsc.xml | 13.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0867.png | 275.8 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0867.cif.gz | 4.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0867 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0867 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6lb1MC 0854C 0855C 0856C 0857C 0858C 0859C 0860C 0870C 0871C 6la3C 6la4C 6la5C 6la6C 6la7C 6laoC 6lapC 6lboC 6lbqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0867.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | None | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
|
-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Echovirus E11
全体 | 名称: Echovirus E11 (ウイルス) |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Echovirus E11
超分子 | 名称: Echovirus E11 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 12078 / 生物種: Echovirus E11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
---|
-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 26.048557 KDa |
配列 | 文字列: SESSIENFLC RSACVYMGEY HTTNTDTSKL FASWTINARR MVQMRRKLEL FTYVRFDMEV TFVITSKQDQ GTQLGQDMPP LTHQIMYIP PGGPIPKSVT DYTWQTSTNP SIFWTEGNAP PRMSIPFISI GNAYSNFYDG WSHFSQNGVY GYNTLNHMGQ I YVRHVNGS ...文字列: SESSIENFLC RSACVYMGEY HTTNTDTSKL FASWTINARR MVQMRRKLEL FTYVRFDMEV TFVITSKQDQ GTQLGQDMPP LTHQIMYIP PGGPIPKSVT DYTWQTSTNP SIFWTEGNAP PRMSIPFISI GNAYSNFYDG WSHFSQNGVY GYNTLNHMGQ I YVRHVNGS SPLPMTSTVR MYFKPKHVKV WVPRPPRLCQ YKNASTVNFT PTNITEKRQS INYIPETV |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 27.367783 KDa |
配列 | 文字列: RVRSITLGNS TITTQESANV VVAYGRWPEY LKDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVTW ERDSPGWWWK FPDALKDMGL FGQNMYYHY LGRAGYTIHV QCNASKFHQG CLMVVCVPEA EMGCSQVDGT VNEHSLSEGE TAKKFASTST NGTNTVQSIV T NAGMGVGV ...文字列: RVRSITLGNS TITTQESANV VVAYGRWPEY LKDNEATAED QPTQPDVATC RFYTLESVTW ERDSPGWWWK FPDALKDMGL FGQNMYYHY LGRAGYTIHV QCNASKFHQG CLMVVCVPEA EMGCSQVDGT VNEHSLSEGE TAKKFASTST NGTNTVQSIV T NAGMGVGV GNLTIFPHQW INLRTNNCAT IVMPYINNVP MDNMFRHHNF TLMIIPFVPL DYSSDSSTYV PITVTVAPMC AE YNGLR |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Echovirus E11 (ウイルス) |
分子量 | 理論値: 25.29273 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VQQDEYTSAG NVTCWYQTGI VVPAGTPTSC SIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFI |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 5.5 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.025 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |