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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0856 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4 | |||||||||
![]() | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4 | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) ...regulation of lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / negative regulation of complement activation / negative regulation of complement activation, classical pathway / regulation of complement-dependent cytotoxicity / regulation of complement activation / T cell mediated immunity / respiratory burst / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / Class B/2 (Secretin family receptors) / symbiont-mediated suppression of host cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway via inhibition of RIG-I activity / ficolin-1-rich granule membrane / side of membrane / COPI-mediated anterograde transport / transport vesicle / picornain 2A / symbiont-mediated suppression of host mRNA export from nucleus / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / symbiont genome entry into host cell via pore formation in plasma membrane / picornain 3C / secretory granule membrane / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / host cell cytoplasmic vesicle membrane / cytoplasmic vesicle membrane / endocytosis involved in viral entry into host cell / positive regulation of T cell cytokine production / viral capsid / nucleoside-triphosphate phosphatase / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / virus receptor activity / symbiont-mediated suppression of host gene expression / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / DNA replication / host cell cytoplasm / RNA helicase activity / symbiont entry into host cell / induction by virus of host autophagy / membrane raft / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / Golgi membrane / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / innate immune response / virus-mediated perturbation of host defense response / DNA-templated transcription / lipid binding / Neutrophil degranulation / virion attachment to host cell / structural molecule activity / cell surface / ATP hydrolysis activity / proteolysis / RNA binding / extracellular exosome / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.86 Å | |||||||||
![]() | Liu S / Gao FG | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Molecular and structural basis of Echovirus 11 infection by using the dual-receptor system of CD55 and FcRn. 著者: Niu S / Liu C / Liu C / Liu S / Song Y / Zhang Y / Tian W / Zhao X / Wang P / Gao FG | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 202.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 12.8 KB 12.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 22.5 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 263.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 530.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 530.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6la5MC ![]() 0854C ![]() 0855C ![]() 0857C ![]() 0858C ![]() 0859C ![]() 0860C ![]() 0867C ![]() 0870C ![]() 0871C ![]() 6la3C ![]() 6la4C ![]() 6la6C ![]() 6la7C ![]() 6laoC ![]() 6lapC ![]() 6lb1C ![]() 6lboC ![]() 6lbqC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cryo-EM structure of echovirus 11 complexed with its attaching receptor CD55 at pH 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.09 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : Echovirus E11
全体 | 名称: ![]() ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Echovirus E11
超分子 | 名称: Echovirus E11 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #2-#5 / NCBI-ID: 12078 / 生物種: Echovirus E11 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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-分子 #1: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 32.277359 KDa |
配列 | 文字列: VVEAVENAVA RVADTISSGP SNSQAVPALT AVETGHTSQV TPSDTIQTRH VRNYHSRSES SIENFLCRSA CVYMGEYHTT NTDTSKLFA SWTINARRMV QMRRKLELFT YVRFDMEVTF VITSKQDQGT QLGQDMPPLT HQIMYIPPGG PIPKSVTDYT W QTSTNPSI ...文字列: VVEAVENAVA RVADTISSGP SNSQAVPALT AVETGHTSQV TPSDTIQTRH VRNYHSRSES SIENFLCRSA CVYMGEYHTT NTDTSKLFA SWTINARRMV QMRRKLELFT YVRFDMEVTF VITSKQDQGT QLGQDMPPLT HQIMYIPPGG PIPKSVTDYT W QTSTNPSI FWTEGNAPPR MSIPFISIGN AYSNFYDGWS HFSQNGVYGY NTLNHMGQIY VRHVNGSSPL PMTSTVRMYF KP KHVKVWV PRPPRLCQYK NASTVNFTPT NITEKRQSIN YIPETVKP |
-分子 #2: Capsid protein VP2
分子 | 名称: Capsid protein VP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 27.968449 KDa |
配列 | 文字列: DRVRSITLGN STITTQESAN VVVAYGRWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WERDSPGWWW KFPDALKDMG LFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLMVVCVPE AEMGCSQVDG TVNEHSLSEG ETAKKFASTS TNGTNTVQSI V TNAGMGVG ...文字列: DRVRSITLGN STITTQESAN VVVAYGRWPE YLKDNEATAE DQPTQPDVAT CRFYTLESVT WERDSPGWWW KFPDALKDMG LFGQNMYYH YLGRAGYTIH VQCNASKFHQ GCLMVVCVPE AEMGCSQVDG TVNEHSLSEG ETAKKFASTS TNGTNTVQSI V TNAGMGVG VGNLTIFPHQ WINLRTNNCA TIVMPYINNV PMDNMFRHHN FTLMIIPFVP LDYSSDSSTY VPITVTVAPM CA EYNGLRL ATSL |
-分子 #3: Capsid protein VP3
分子 | 名称: Capsid protein VP3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 26.062578 KDa |
配列 | 文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI ...文字列: GLPVMNTPGS NQFLTSDDFQ SPSAMPQFDV TPELNIPGEV QNLMEIAEVD SVVPVNNVEG KLDTMEIYRI PVQSGNHQSS QVFGFQVQP GLDNVFKHTL LGEILNYYAH WSGSIKLTFV FCGSAMATGK FLLAYAPPGA NAPKSRKDAM LGTHIIWDVG L QSSCVLCI PWISQTHYRL VQQDEYTSAG NVTCWYQTGI VVPAGTPTSC SIMCFVSACN DFSVRLLKDT PFIEQSALLQ |
-分子 #4: Capsid protein VP4
分子 | 名称: Capsid protein VP4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 7.495273 KDa |
配列 | 文字列: MGAQVSTQKT GAHETGLNAS GRSIIHYTNI NYYKDAASNS ANRQDFSQDP GKFTEPVKDI MVKSLPALN |
-分子 #5: Complement decay-accelerating factor
分子 | 名称: Complement decay-accelerating factor / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 13.586049 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: KSCPNPGEIR NGQIDVPGGI LFGATISFSC NTGYKLFGST SSFCLISGSS VQWSDPLPEC REIYCPAPPQ IDNGIIQGER DHYGYRQSV TYACNKGFTM IGEHSIYCTV NNDEGEWSGP PPECRG |
-分子 #6: SPHINGOSINE
分子 | 名称: SPHINGOSINE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 1 / 式: SPH |
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分子量 | 理論値: 299.492 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-SPH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 1.025 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |