[日本語] English
万見
- EMDB-0844: Signal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0844
タイトルSignal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1
マップデータB1C1 and part of A1
試料
  • 複合体: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2
    • タンパク質・ペプチド: TcdA1
    • タンパク質・ペプチド: TcdB1
    • タンパク質・ペプチド: TccC2
    • タンパク質・ペプチド: TccC2
キーワードprotein transportation / TcdA1 / TcdB1 / TccC2 / TOXIN-PROTEIN TRANSPORT complex
機能・相同性
機能・相同性情報


extracellular region / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / : / TcdA1, receptor binding domain ...Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal / Insecticide toxin TcdB middle/C-terminal region / Insecticide toxin TcdB middle/N-terminal region / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Salmonella virulence plasmid 65kDa B protein / Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / : / TcdA1, receptor binding domain / : / TcdA1, receptor binding domain / ABC toxin, N-terminal domain / ABC toxin N-terminal region / TcA receptor binding domain / TcA receptor binding domain / Insecticidal toxin complex/plasmid virulence protein / Tc toxin complex TcA, C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Salmonella virulence plasmid 28.1kDa A protein / Tc toxin complex TcA C-terminal TcB-binding domain / Neuraminidase-like domain / Rhs repeat-associated core / : / Integrin alpha, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
TccC2 / TcdB1 / TcdA1
類似検索 - 構成要素
生物種Photorhabdus luminescens (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yan ZF / Yang GW
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Signal substraction of TcdB1-TccC2 and part of TcdA1
著者: Yan ZF / Zhang N / Yang GW
履歴
登録2019年11月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月31日-
マップ公開2021年3月31日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

-
構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6l7i
  • 表面レベル: 0.06
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0844.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0844.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 209.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈B1C1 and part of A1
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.34 Å/pix.
x 380 pix.
= 508.44 Å		1.34 Å/pix.
x 380 pix.
= 508.44 Å		1.34 Å/pix.
x 380 pix.
= 508.44 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.338 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005 / ムービー #1: 0.06
最小 - 最大-1.1598004 - 0.69353884
平均 (標準偏差)0.00009251639 (±0.0062564625)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ380380380
Spacing380380380
セルA=B=C: 508.44003 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.3381.3381.338
M x/y/z380380380
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z508.440508.440508.440
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS380380380
D min/max/mean-1.1600.6940.000

-
添付データ

-
試料の構成要素

-
全体 : Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2

全体名称: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2
要素
  • 複合体: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2
    • タンパク質・ペプチド: TcdA1
    • タンパク質・ペプチド: TcdB1
    • タンパク質・ペプチド: TccC2
    • タンパク質・ペプチド: TccC2

-
超分子 #1: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2

超分子名称: Toxin complex TcdA1-TcdB1-TccC2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)

-
分子 #1: TcdA1

分子名称: TcdA1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 20.255887 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: RALEVERTVS LAEVYAGLPK DNGPFSLAQE IDKLVSQGSG SAGSGNNNLA FGAGTDTKTS LQASVSFADL KIREDYPASL GKIRRIKQI SVTLPALLGP YQDVQAILSY GDKAGLANGC EALAVSHGMN DSGQFQLDFN DGKFLPFEGI AIDQGTLTLS F PNASMPEK ...文字列:
RALEVERTVS LAEVYAGLPK DNGPFSLAQE IDKLVSQGSG SAGSGNNNLA FGAGTDTKTS LQASVSFADL KIREDYPASL GKIRRIKQI SVTLPALLGP YQDVQAILSY GDKAGLANGC EALAVSHGMN DSGQFQLDFN DGKFLPFEGI AIDQGTLTLS F PNASMPEK GKQATMLKTL NDIILHIRYT IK

UniProtKB: TcdA1

-
分子 #2: TcdB1

分子名称: TcdB1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 165.296453 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MQNSQTFSVT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP AGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPSLTLNYN SGTGNSPFGL GWDCGVMAIR RRTSTGVPN YDETDTFLGP EGEVLVVALN EAGQADIRSE SSLQGINLGA TFTVTCYRSR LESHFNRLEY WQPQTTGATD F WLIYSPDG ...文字列:
MQNSQTFSVT ELSLPKGGGA ITGMGEALTP AGPDGMAALS LPLPISAGRG YAPSLTLNYN SGTGNSPFGL GWDCGVMAIR RRTSTGVPN YDETDTFLGP EGEVLVVALN EAGQADIRSE SSLQGINLGA TFTVTCYRSR LESHFNRLEY WQPQTTGATD F WLIYSPDG QVHLLGKNPQ ARISNPLNVN QTAQWLLEAS ISSHSEQIYY QYRAEDEAGC ETDELAAHPS ATVQRYLQTV HY GNLTASD VFPTLNGDDP LKSGWMFCLV FDYGERKNSL SEMPLFKATG NWLCRKDRFS RYEYGFELRT RRLCRQILMF HRL QTLSGQ AKGDDEPALV SRLILDYDEN AMVSTLVSVR RVGHEDNNTV TALPPLELAY QPFEPEQTAL WQSMDVLANF NTIQ RWQLL DLKGEGVPGI LYQDRNGWWY RSAQRQAGEE MNAVTWGKMQ LLPITPAVQD NASLMDINGD GQLDWVITGP GLRGY HSQH PDGSWTRFTP LHALPIEYSH PRAQLADLMG AGLSDLVLIG PKSVRLYVNN RDGFTEGRDV VQSGDITLPL PGADAR KLV AFSDVLGSGQ AHLVEVSATQ VTCWPNLGHG RFGQPIVLPG FSQSAASFNP DRVHLADLDG SGPADLIYVH ADRLDIF SN ESGNGFAKPF TLSFPDGLRF DDTCQLQVAD VQGLGVVSLI LSVPHMAPHH WRCDLTNAKP WLLSETNNNM GANHTLHY R SSVQFWLDEK AAALATGQTP VCYLPFPVHT LWQTETEDEI SGNKLVTTLR YAHGAWDGRE REFRGFGYVE QTDSHQLAQ GNAPERTPPA LTKSWYATGL PAVDNALSAG YWRGDKQAFA GFTPRFTLWK EGKDVPLTPE DDHNLYWLNR ALKGQPLRSE LYGLDGSAQ QQIPYTVTES RPQVRQLQDG ATVSPVLWAS VVESRSYHYE RIISDPQCNQ DITLSSDLFG QPLKQVSVQY P RRNKPTTN PYPDTLPDTL FASSYDDQQQ LLRLTCRQSS WHHLIGNELR VLGLPDGTRS DAFTYDAKQV PVDGLNLETL CA ENSLIAD DKPREYLNQQ RTFYTDGKNQ TPLKTPTRQA LIAFTETAVL TESLLSAFDG GITPDELPGI LTQAGYQQEP YLF PRTGEN KVWVARQGYT DYGTEAQFWR PVAQRNSLLT GKMTLKWDTH YCVITQTQDA AGLTVSANYD WRFLTPTQLT DIND NVHLI TLDALGRPVT QRFWGIESGV ATGYSSSEEK PFSPPNDIDT AINLTGPLPV AQCLVYAPDS WMPLFSQETF NTLTQ EEQE TLRDSRIITE DWRICALTRR RWLQSQKIST PLVKLLTNSI GLPPHNLTLT TDRYDRDSEQ QIRQQVAFSD GFGRLL QAS VRHEAGEAWQ RNQDGSLVTK VENTKTRWAV TGRTEYDNKG QTIRTYQPYF LNDWRYVSDD SARKEAYADT HIYDPIG RE IRVITAKGWL RQSQYFPWFT VSEDENDTAA DALV

UniProtKB: TcdB1

-
分子 #3: TccC2

分子名称: TccC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 74.759125 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MSSYNSAIDQ KTPSIKVLDN RKLNVRTLEY LRTQADENSD ELITFYEFNI PGFQVKSTDP RKNKNQSGPN FIRVFNLAGQ VLREESVDA GRTITLNDIE SRPVLIINAT GVRQNHRYED NTLPGRLLAI TEQVQAGEKT TERLIWAGNT PQEKDYNLAG Q CVRHYDTA ...文字列:
MSSYNSAIDQ KTPSIKVLDN RKLNVRTLEY LRTQADENSD ELITFYEFNI PGFQVKSTDP RKNKNQSGPN FIRVFNLAGQ VLREESVDA GRTITLNDIE SRPVLIINAT GVRQNHRYED NTLPGRLLAI TEQVQAGEKT TERLIWAGNT PQEKDYNLAG Q CVRHYDTA GLTQLNSLSL AGVVLSQSQQ LLVDDKNADW TGEDQSLWQQ KLSSDVYTTQ NKADATGALL TQTDAKGNIQ RL AYDVAGQ LKGCWLTLKG QAEQVIIKSL TYSAAGQKLR EEHGNGVITE YSYEPETQRL IGIATRRPSD AKVLQDLRYQ YDP VGNVIN IRNDAEATRF WRNQKVVPEN SYTYDSLYQL ISATGREMAN IGQQNNQLPS PALPSDNNTY TNYTRSYSYD HSGN LTQIR HSSPATQNNY TVAITLSNRS NRGVLSTLTT DPNQVDTLFD AGGHQTSLLP GQTLIWTPRG ELKQVNNGPG NEWYR YDSN GMRQLKVSEQ PTQNTTQQQR VIYLPGLELR TTQSNATTTE ELHVITLGEA GRAQVRVLHW ESGKPEDVNN NQLRYS YDN LIGSSQLELD NQGQIISEEE YYPFGGTALW AANSQTEASY KTIRYSGKER DATGLYYYGY RYYQPWAGRW LSADPAG TI DGLNLYRMVR NNPVSLQDEN GL

UniProtKB: TccC2

-
分子 #4: TccC2

分子名称: TccC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Photorhabdus luminescens (バクテリア)
分子量理論値: 1.905087 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
APEKGKYTKE VNFFDE

UniProtKB: TccC2

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM300FEG/HE
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD

-
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 124828
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る