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万見
- EMDB-0814: African swine fever virus major capsid protein p72 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0814
タイトルAfrican swine fever virus major capsid protein p72
マップデータ
試料
  • ウイルス: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: B646L,Major capsid protein
キーワードAfrican Swine Fever virus capsomer / Trisymmetron / NCLDV / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Major capsid protein, C-terminal / Major capsid protein, C-terminal domain superfamily / Large eukaryotic DNA virus major capsid protein / Group II dsDNA virus coat/capsid protein / viral capsid / structural molecule activity / B646L
機能・相同性情報
生物種African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Wang N / Rao Z
引用ジャーナル: Science / 年: 2019
タイトル: Architecture of African swine fever virus and implications for viral assembly.
著者: Nan Wang / Dongming Zhao / Jialing Wang / Yangling Zhang / Ming Wang / Yan Gao / Fang Li / Jingfei Wang / Zhigao Bu / Zihe Rao / Xiangxi Wang /
要旨: African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image ...African swine fever virus (ASFV) is a giant and complex DNA virus that causes a highly contagious and often lethal swine disease for which no vaccine is available. Using an optimized image reconstruction strategy, we solved the ASFV capsid structure up to 4.1 angstroms, which is built from 17,280 proteins, including one major (p72) and four minor (M1249L, p17, p49, and H240R) capsid proteins organized into pentasymmetrons and trisymmetrons. The atomic structure of the p72 protein informs putative conformational epitopes, distinguishing ASFV from other nucleocytoplasmic large DNA viruses. The minor capsid proteins form a complicated network below the outer capsid shell, stabilizing the capsid by holding adjacent capsomers together. Acting as core organizers, 100-nanometer-long M1249L proteins run along each edge of the trisymmetrons that bridge two neighboring pentasymmetrons and form extensive intermolecular networks with other capsid proteins, driving the formation of the capsid framework. These structural details unveil the basis of capsid stability and assembly, opening up new avenues for African swine fever vaccine development.
履歴
登録2019年10月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月4日-
マップ公開2020年3月4日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6l2t
  • 表面レベル: 5
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0814.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0814.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 3.0 / ムービー #1: 5
最小 - 最大-23.128962999999999 - 33.5854
平均 (標準偏差)0.037706587 (±1.1197252)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 229.5 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z170170170
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z229.500229.500229.500
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS170170170
D min/max/mean-23.12933.5850.038

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : African swine fever virus

全体名称: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
要素
  • ウイルス: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: B646L,Major capsid protein

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超分子 #1: African swine fever virus

超分子名称: African swine fever virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / NCBI-ID: 10497 / 生物種: African swine fever virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: B646L,Major capsid protein

分子名称: B646L,Major capsid protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)
分子量理論値: 73.219562 KDa
配列文字列: MASGGAFCLI ANDGKADKII LAQDLLNSRI SNIKNVNKSY GKPDPEPTLS QIEETHLVHF NAHFKPYVPV GFEYNKVRPH TGTPTLGNK LTFGIPQYGD FFHDMVGHHI LGACHSSWQD APIQGTSQMG AHGQLQTFPR NGYDWDNQTP LEGAVYTLVD P FGRPIVPG ...文字列:
MASGGAFCLI ANDGKADKII LAQDLLNSRI SNIKNVNKSY GKPDPEPTLS QIEETHLVHF NAHFKPYVPV GFEYNKVRPH TGTPTLGNK LTFGIPQYGD FFHDMVGHHI LGACHSSWQD APIQGTSQMG AHGQLQTFPR NGYDWDNQTP LEGAVYTLVD P FGRPIVPG TKNAYRNLVY YCEYPGLRLY ENVRFEVNGN SLDEYSSDVT TLVRKFCIPG DKMTGYKHLV GQEVSVEGTS GP LLCNIHD LHKPHQSKPI LTDENDTQRT CSHTNPKFLS QHFPHFPENI QTAGKQDITP ITDATYLDIR RNVHYSCNGP QTP KYYQPP LALWIKLRFW FNDNVNLAIP SVSIPFGERF ITIKLASQKD LVNEFPGLFV RQSTVIAGRP SRRNIRFKPW FIPG VINEI SLTNNELYIN NLFVTPEIHN LYVKRVRFSL IRVHKTQVTH TNNNHHDEKL MSALKWPIEY MFIGLKPTWN ISDQN PHQH RDWHKFGHVV NAIMQPTHHA EISFQDRDTA LPDACSSISD ISPVTYPITL PIIKNISVTA HGINLIDKFP SQFCSS YIP FHYGGNAIKT PDDPGAMMIT FALYPREEYQ PSGHINVSRA REFYISWDSD YVGSITTADL VVSSSAINFL LLQNGSA VL RYST

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 35.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: RANDOM CONICAL TILT
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 43811
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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