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万見
- EMDB-0792: calcium channel-ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0792
タイトルcalcium channel-ligand
マップデータ
試料
  • 複合体: membrane protein-ligand
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G,Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ~{N}-[[1-[2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]piperidin-4-yl]methyl]-3-chloranyl-5-fluoranyl-benzamide
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードchannel / blocker / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


SA node cell to atrial cardiac muscle cell signaling / AV node cell to bundle of His cell signaling / voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / sinoatrial node development / low voltage-gated calcium channel activity / response to nickel cation / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / AV node cell action potential / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential ...SA node cell to atrial cardiac muscle cell signaling / AV node cell to bundle of His cell signaling / voltage-gated calcium channel activity involved SA node cell action potential / sinoatrial node development / low voltage-gated calcium channel activity / response to nickel cation / voltage-gated calcium channel activity involved in AV node cell action potential / AV node cell action potential / SA node cell action potential / membrane depolarization during SA node cell action potential / high voltage-gated calcium channel activity / membrane depolarization during AV node cell action potential / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / NCAM1 interactions / calcium ion import / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / voltage-gated calcium channel complex / regulation of heart rate by cardiac conduction / calcium ion import across plasma membrane / Smooth Muscle Contraction / voltage-gated calcium channel activity / regulation of membrane potential / calcium ion transmembrane transport / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / synapse / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Voltage-dependent calcium channel, T-type, alpha-1 subunit / Voltage-dependent calcium channel, alpha-1 subunit / : / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yan N
資金援助 中国, 5件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China31621092 中国
National Natural Science Foundation of China31800628 中国
National Natural Science Foundation of China81920108015 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0500402 中国
Ministry of Science and Technology (China)2016YFA0501100 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structures of apo and antagonist-bound human Ca3.1.
著者: Yanyu Zhao / Gaoxingyu Huang / Qiurong Wu / Kun Wu / Ruiqi Li / Jianlin Lei / Xiaojing Pan / Nieng Yan /
要旨: Among the ten subtypes of mammalian voltage-gated calcium (Ca) channels, Ca3.1-Ca3.3 constitute the T-type, or the low-voltage-activated, subfamily, the abnormal activities of which are associated ...Among the ten subtypes of mammalian voltage-gated calcium (Ca) channels, Ca3.1-Ca3.3 constitute the T-type, or the low-voltage-activated, subfamily, the abnormal activities of which are associated with epilepsy, psychiatric disorders and pain. Here we report the cryo-electron microscopy structures of human Ca3.1 alone and in complex with a highly Ca3-selective blocker, Z944, at resolutions of 3.3 Å and 3.1 Å, respectively. The arch-shaped Z944 molecule reclines in the central cavity of the pore domain, with the wide end inserting into the fenestration on the interface between repeats II and III, and the narrow end hanging above the intracellular gate like a plug. The structures provide the framework for comparative investigation of the distinct channel properties of different Ca subfamilies.
履歴
登録2019年9月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2019年12月18日-
マップ公開2019年12月18日-
更新2024年11月6日-
現状2024年11月6日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6kzp
  • 表面レベル: 0.035
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0792.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0792.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 349.12 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 349.12 Å		1.09 Å/pix.
x 320 pix.
= 349.12 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.091 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.035 / ムービー #1: 0.035
最小 - 最大-0.14650272 - 0.25729814
平均 (標準偏差)0.00008795772 (±0.004930761)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 349.12 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0911.0911.091
M x/y/z320320320
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z349.120349.120349.120
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-31-35-52
NX/NY/NZ11798209
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS320320320
D min/max/mean-0.1470.2570.000

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_0792_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : membrane protein-ligand

全体名称: membrane protein-ligand
要素
  • 複合体: membrane protein-ligand
    • タンパク質・ペプチド: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G,Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: ~{N}-[[1-[2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]piperidin-4-yl]methyl]-3-chloranyl-5-fluoranyl-benzamide
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: membrane protein-ligand

超分子名称: membrane protein-ligand / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G,Voltage...

分子名称: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G,Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 238.874984 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MHHHHHHHHG DYKDDDDKGT DEEEDGAGAE ESGQPRSFMR LNDLSGAGGR PGPGSAEKDP GSADSEAEGL PYPALAPVVF FYLSQDSRP RSWCLRTVCN PWFERISMLV ILLNCVTLGM FRPCEDIACD SQRCRILQAF DDFIFAFFAV EMVVKMVALG I FGKKCYLG ...文字列:
MHHHHHHHHG DYKDDDDKGT DEEEDGAGAE ESGQPRSFMR LNDLSGAGGR PGPGSAEKDP GSADSEAEGL PYPALAPVVF FYLSQDSRP RSWCLRTVCN PWFERISMLV ILLNCVTLGM FRPCEDIACD SQRCRILQAF DDFIFAFFAV EMVVKMVALG I FGKKCYLG DTWNRLDFFI VIAGMLEYSL DLQNVSFSAV RTVRVLRPLR AINRVPSMRI LVTLLLDTLP MLGNVLLLCF FV FFIFGIV GVQLWAGLLR NRCFLPENFS LPLSVDLERY YQTENEDESP FICSQPRENG MRSCRSVPTL RGDGGGGPPC GLD YEAYNS SSNTTCVNWN QYYTNCSAGE HNPFKGAINF DNIGYAWIAI FQVITLEGWV DIMYFVMDAH SFYNFIYFIL LIIV GSFFM INLCLVVIAT QFSETKQRES QLMREQRVRF LSNASTLASF SEPGSCYEEL LKYLVYILRK AARRLAQVSR AAGVR VGLL SSPAPLGGQE TQPSSSCSRS HRRLSVHHLV HHHHHHHHHY HLGACQSSCK ISSPCLKADS GACGPDSCPY CARAGA GEV ELADREMPDS DSEAVYEFTQ DAQHSDLRDP HSRRQRSLGP DAEPSSVLAF WRLICDTFRK IVDSKYFGRG IMIAILV NT LSMGIEYHEQ PEELTNALEI SNIVFTSLFA LEMLLKLLVY GPFGYIKNPY NIFDGVIVVI SVWEIVGQQG GGLSVLRT F RLMRVLKLVR FLPALQRQLV VLMKTMDNVA TFCMLLMLFI FIFSILGMHL FGCKFASERD GDTLPDRKNF DSLLWAIVT VFQILTQEDW NKVLYNGMAS TSSWAALYFI ALMTFGNYVL FNLLVAILVE GFQAEGDANK SESEPDFFSP SLDGDGDRKK CLALVSLGE HPELRKSLLP PLIIHTAATP MSLPKSTSTG LGEALGPASR RTSSSGSAEP GAAHEMKSPP SARSSPHSPW S AASSWTSR RSSRNSLGRA PSLKRRSPSG ERRSLLSGEG QESQDEEESS EEERASPAGS DHRHRGSLER EAKSSFDLPD TL QVPGLHR TASGRGSASE HQDCNGKSAS GRLARALRPD DPPLDGDDAD DEGNLSKGER VRAWIRARLP ACCLERDSWS AYI FPPQSR FRLLCHRIIT HKMFDHVVLV IIFLNCITIA MERPKIDPHS AERIFLTLSN YIFTAVFLAE MTVKVVALGW CFGE QAYLR SSWNVLDGLL VLISVIDILV SMVSDSGTKI LGMLRVLRLL RTLRPLRVIS RAQGLKLVVE TLMSSLKPIG NIVVI CCAF FIIFGILGVQ LFKGKFFVCQ GEDTRNITNK SDCAEASYRW VRHKYNFDNL GQALMSLFVL ASKDGWVDIM YDGLDA VGV DQQPIMNHNP WMLLYFISFL LIVAFFVLNM FVGVVVENFH KCRQHQEEEE ARRREEKRLR RLEKKRRNLM LDDVIAS GS SASAASEAQC KPYYSDYSRF RLLVHHLCTS HYLDLFITGV IGLNVVTMAM EHYQQPQILD EALKICNYIF TVIFVLES V FKLVAFGFRR FFQDRWNQLD LAIVLLSIMG ITLEEIEVNA SLPINPTIIR IMRVLRIARV LKLLKMAVGM RALLDTVMQ ALPQVGNLGL LFMLLFFIFA ALGVELFGDL ECDETHPCEG LGRHATFRNF GMAFLTLFRV STGDNWNGIM KDTLRDCDQE STCYNTVIS PIYFVSFVLT AQFVLVNVVI AVLMKHLEES NKEAKEEAEL EAELELEMKT LSPQPHSPLG SPFLWPGVEG P DSPDSPKP GALHPAAHAR SASHFSLEHP TMQPHPTELP GPDLLTVRKS GVSRTHSLPN DSYMCRHGST AEGPLGHRGW GL PKAQSGS VLSVHSQPAD TSYILQLPKD APHLLQPHSA PTWGTIPKLP PPGRSPLAQR PLRRQAAIRT DSLDVQGLGS RED LLAEVS GPSPPLARAY SFWGQSSTQA QQHSRSHSKI SKHMTPPAPC PGPEPNWGKG PPETRSSLEL DTELSWISGD LLPP GGQEE PPSPRDLKKC YSVEAQSCQR RPTSWLDEQR RHSIAVSCLD SGSQPHLGTD PSNLGGQPLG GPGSRPKKKL SPPSI TIDP PESQGPRTPP SPGICLRRRA PSSDSKDPLA SGPPDSMAAS PSPKKDVLSL SGLSSDPADL DP

UniProtKB: Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G, Voltage-dependent T-type calcium channel subunit alpha-1G

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分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #3: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

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分子 #4: ~{N}-[[1-[2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]piperidin-...

分子名称: ~{N}-[[1-[2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]piperidin-4-yl]methyl]-3-chloranyl-5-fluoranyl-benzamide
タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: DZR
分子量理論値: 383.888 Da
Chemical component information

ChemComp-DZR:
~{N}-[[1-[2-(~{tert}-butylamino)-2-oxidanylidene-ethyl]piperidin-4-yl]methyl]-3-chloranyl-5-fluoranyl-benzamide / Z944*YM

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分子 #5: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 8 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

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分子 #6: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 3 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 48.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 138449
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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