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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0758 | |||||||||||||||
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タイトル | TRiC at 0.2 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.2-C1 | |||||||||||||||
![]() | TRiC at 0.2 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.2-C1 | |||||||||||||||
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![]() | Chaperonin TRiC/CCT / Allosteric network / ATPase cycle / Conformational landscape / Cryo-EM / CHAPERONE | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding ...Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / chaperone mediated protein folding independent of cofactor / chaperonin-containing T-complex / Neutrophil degranulation / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / protein folding / ATP hydrolysis activity / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.99 Å | |||||||||||||||
![]() | Jin M / Cong Y | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: An ensemble of cryo-EM structures of TRiC reveal its conformational landscape and subunit specificity. 著者: Mingliang Jin / Wenyu Han / Caixuan Liu / Yunxiang Zang / Jiawei Li / Fangfang Wang / Yanxing Wang / Yao Cong / ![]() 要旨: TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo- ...TRiC/CCT assists the folding of ∼10% of cytosolic proteins through an ATP-driven conformational cycle and is essential in maintaining protein homeostasis. Here, we determined an ensemble of cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of yeast TRiC at various nucleotide concentrations, with 4 open-state maps resolved at near-atomic resolutions, and a closed-state map at atomic resolution, revealing an extra layer of an unforeseen N-terminal allosteric network. We found that, during TRiC ring closure, the CCT7 subunit moves first, responding to nucleotide binding; CCT4 is the last to bind ATP, serving as an ATP sensor; and CCT8 remains ADP-bound and is hardly involved in the ATPase-cycle in our experimental conditions; overall, yeast TRiC consumes nucleotide in a 2-ring positively coordinated manner. Our results depict a thorough picture of the TRiC conformational landscape and its allosteric transitions from the open to closed states in more structural detail and offer insights into TRiC subunit specificity in ATP consumption and ring closure, and potentially in substrate processing. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 23.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.6 KB 22.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 195.9 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 8.2 KB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 424.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 424.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 7.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 6ks6MC ![]() 0756C ![]() 0757C ![]() 0759C ![]() 0760C ![]() 0761C ![]() 0762C ![]() 0763C ![]() 0764C ![]() 0765C ![]() 0766C ![]() 0767C ![]() 6krdC ![]() 6kreC ![]() 6ks7C ![]() 6ks8C C: 同じ文献を引用 ( M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | TRiC at 0.2 mM ADP-AlFx, Conformation 1, 0.2-C1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.659 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
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試料の構成要素
+全体 : TRiC complex
+超分子 #1: TRiC complex
+分子 #1: T-complex protein 1 subunit alpha
+分子 #2: T-complex protein 1 subunit beta
+分子 #3: T-complex protein 1 subunit delta
+分子 #4: T-complex protein 1 subunit epsilon
+分子 #5: fusion protein of T-complex protein 1 subunit gamma,rep-His-CBP a...
+分子 #6: T-complex protein 1 subunit eta
+分子 #7: T-complex protein 1 subunit theta
+分子 #8: T-complex protein 1 subunit zeta
+分子 #9: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #10: MAGNESIUM ION
+分子 #11: ALUMINUM FLUORIDE
+分子 #12: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 1 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 38.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: PDB ENTRY PDBモデル - PDB ID: |
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最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.99 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 277360 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |