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基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0553 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of AAV-2 in complex with AAVR PKD domains 1 and 2 | |||||||||
![]() | EM sharpened map | |||||||||
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機能・相同性 | ![]() permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Golgi membrane / virion attachment to host cell / nucleolus ...permeabilization of host organelle membrane involved in viral entry into host cell / symbiont entry into host cell via permeabilization of inner membrane / host cell nucleolus / T=1 icosahedral viral capsid / neuron migration / cytoplasmic vesicle / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Golgi membrane / virion attachment to host cell / nucleolus / structural molecule activity / Golgi apparatus / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
![]() | Meyer NL / Xie Q / Davulcu O / Yoshioka C / Chapman MS | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structure of the gene therapy vector, adeno-associated virus with its cell receptor, AAVR. 著者: Nancy L Meyer / Guiqing Hu / Omar Davulcu / Qing Xie / Alex J Noble / Craig Yoshioka / Drew S Gingerich / Andrew Trzynka / Larry David / Scott M Stagg / Michael Stewart Chapman / ![]() 要旨: Adeno-associated virus (AAV) vectors are preeminent in emerging clinical gene therapies. Generalizing beyond the most tractable genetic diseases will require modulation of cell specificity and immune ...Adeno-associated virus (AAV) vectors are preeminent in emerging clinical gene therapies. Generalizing beyond the most tractable genetic diseases will require modulation of cell specificity and immune neutralization. Interactions of AAV with its cellular receptor, AAVR, are key to understanding cell-entry and trafficking with the rigor needed to engineer tissue-specific vectors. -electron tomography shows ordered binding of part of the flexible receptor to the viral surface, with distal domains in multiple conformations. Regions of the virus and receptor in close physical proximity can be identified by cross-linking/mass spectrometry. -electron microscopy with a two-domain receptor fragment reveals the interactions at 2.4 Å resolution. AAVR binds between AAV's spikes on a plateau that is conserved, except in one clade whose structure is AAVR-incompatible. AAVR's footprint overlaps the epitopes of several neutralizing antibodies, prompting a re-evaluation of neutralization mechanisms. The structure provides a roadmap for experimental probing and manipulation of viral-receptor interactions. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
ムービー |
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構造ビューア | EMマップ: ![]() ![]() ![]() |
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 42.6 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.9 KB 25.9 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 319.1 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 216 MB | ![]() | |
その他 | ![]() ![]() | 170.7 MB 170.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 734.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 734.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | EM sharpened map | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.046 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_0553_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_0553_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Adeno-associated virus - 2
全体 | 名称: ![]() |
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要素 |
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-超分子 #1: Adeno-associated virus - 2
超分子 | 名称: Adeno-associated virus - 2 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 詳細: AAV-2 virus-like particles expressed in Sf9 cells using Invitrogen's Bac-to-Bac expression system NCBI-ID: 10804 / 生物種: Adeno-associated virus - 2 / ウイルスタイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE / ウイルス・単離状態: SEROTYPE / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes |
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宿主 | 生物種: ![]() |
Host system | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 22 KDa |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 250.0 Å / T番号(三角分割数): 1 |
-超分子 #2: Binary complex of AAV-2 with a fragment of its cellular receptor,...
超分子 | 名称: Binary complex of AAV-2 with a fragment of its cellular receptor, AAVR or dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein. タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 詳細: Expressed N-terminally His6-tagged fragment of AAVR containing the PKD1 and PKD2 domains. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein
分子 | 名称: Dyslexia-associated protein KIAA0319-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 31.837385 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MASVSAGESV QITLPKNEVQ LNAYVLQEPP KGETYTYDWQ LITHPRDYSG EMEGKHSQIL KLSKLTPGLY EFKVIVEGQN AHGEGYVNV TVKPEPRKNR PPIAIVSPQF QEISLPTTST VIDGSQSTDD DKIVQYHWEE LKGPLREEKI SEDTAILKLS K LVPGNYTF ...文字列: MASVSAGESV QITLPKNEVQ LNAYVLQEPP KGETYTYDWQ LITHPRDYSG EMEGKHSQIL KLSKLTPGLY EFKVIVEGQN AHGEGYVNV TVKPEPRKNR PPIAIVSPQF QEISLPTTST VIDGSQSTDD DKIVQYHWEE LKGPLREEKI SEDTAILKLS K LVPGNYTF SLTVVDSDGA TNSTTANLTV NKAVDYPPVA NAGPNQVITL PQNSITLFGN QSTDDHGITS YEWSLSPSSK GK VVEMQGV RTPTLQLSAM QEGDYTYQLT VTDTIGQQAT AQVTVIVQPE NNK |
-分子 #2: Capsid protein VP1
分子 | 名称: Capsid protein VP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 82.077445 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR ...文字列: MAADGYLPDW LEDTLSEGIR QWWKLKPGPP PPKPAERHKD DSRGLVLPGY KYLGPFNGLD KGEPVNEADA AALEHDKAYD RQLDSGDNP YLKYNHADAE FQERLKEDTS FGGNLGRAVF QAKKRVLEPL GLVEEPVKTA PGKKRPVEHS PVEPDSSSGT G KAGQQPAR KRLNFGQTGD ADSVPDPQPL GQPPAAPSGL GTNTMATGSG APMADNNEGA DGVGNSSGNW HCDSTWMGDR VI TTSTRTW ALPTYNNHLY KQISSQSGAS NDNHYFGYST PWGYFDFNRF HCHFSPRDWQ RLINNNWGFR PKRLNFKLFN IQV KEVTQN DGTTTIANNL TSTVQVFTDS EYQLPYVLGS AHQGCLPPFP ADVFMVPQYG YLTLNNGSQA VCRSSFYCLE YFPS QMLRT GNNFTFSYTF EDVPFHSSYA HSQSLDRLMN PLIDQYLYYL SRTNTPSGTT TQSRLQFSQA GASDIRDQSR NWLPG PCYR QQRVSKTSAD NNNSEYSWTG ATKYHLNGRD SLVNPGPAMA SHKDDEEKFF PQSGVLIFGK QGSEKTNVDI EKVMIT DEE EIRTTNPVAT EQYGSVSTNL QRGNRQAATA DVNTQGVLPG MVWQDRDVYL QGPIWAKIPH TDGHFHPSPL MGGFGLK HP PPQILIKNTP VPANPSTTFS AAKFASFITQ YSTGQVSVEI EWELQKENSK RWNPEIQYTS NYNKSVNVDF TVDTNGVY S EPRPIGTRYL TRNL |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 143 / 式: HOH |
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分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.1 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.4 構成要素:
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グリッド | 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.039 kPa 詳細: Glow discharge settings: Pelco easiGlow, 25s, 25mA, 0.39mBar, negative polarity Grid: Ted Pella Cat#01824, ultrathin carbon film (<3nm) on lacey carbon support film | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV 詳細: 4ul of AAV-2 (1.7uM) was added to the grid, followed by 4ul of AAVR-PKD1-2 (16.7uM), with manual blotting after each addition with Whatman paper (Cat. no. 1001-110.) 4ul of buffer containing ...詳細: 4ul of AAV-2 (1.7uM) was added to the grid, followed by 4ul of AAVR-PKD1-2 (16.7uM), with manual blotting after each addition with Whatman paper (Cat. no. 1001-110.) 4ul of buffer containing 25mM HEPES, 150mM NaCl, pH 7.4 was added to the grid before final blotting and plunge-freezing in the Vitrobot (blot time 1.5sec, blot force -1).. | ||||||||
詳細 | Virus-like particles at 0.10 mg/mL were adhered to thin continuous carbon-coated grids, then, after initial blotting, AAVR-PKD1-2 was added at 0.74 mg/mL (a 10-fold molar excess over AAV2 subunits) before blotting again. |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / デジタル化 - サイズ - 横: 7676 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 7420 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2329 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 25.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): -2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -0.8 µm / 倍率(公称値): 75000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | PDB ID: Chain - Chain ID: A / Chain - Residue range: 217-735 |
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詳細 | An initial model for AAVR was constructed by homology modeling using Modeller 9.2. After remodeling AAVR and the crystal structure of AAV2, the structure was refined using RSRef embedded in CNS for stereochemically restrained torsion angle simulated annealing and gradient descent optimization. Stand-alone RSRef was used for refinement of EM envelope corrections, resolution estimates, and restrained atomic B-factors. |
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT 当てはまり具合の基準: Map values at grid points within 2 Angstrom of atoms |
得られたモデル | ![]() PDB-6nz0: |