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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0471 | |||||||||
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タイトル | Structure of the NKCC1 CTD | |||||||||
マップデータ | Cytosolic domain | |||||||||
試料 |
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キーワード | membrane protein | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 ammonium transmembrane transport => GO:0072488 / swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ear development ...ammonium transmembrane transport => GO:0072488 / swim bladder inflation / Cation-coupled Chloride cotransporters / chloride:monoatomic cation symporter activity / sodium:potassium:chloride symporter activity / potassium:chloride symporter activity / sodium ion homeostasis / ammonium transmembrane transport / chloride ion homeostasis / ear development / ammonium channel activity / potassium ion homeostasis / cell volume homeostasis / inner ear morphogenesis / potassium ion import across plasma membrane / sodium ion transmembrane transport / chloride transmembrane transport / basolateral plasma membrane / membrane => GO:0016020 / apical plasma membrane / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Danio rerio (ゼブラフィッシュ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Feng L / Liao MF | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nature / 年: 2019 タイトル: Structure and mechanism of the cation-chloride cotransporter NKCC1. 著者: Thomas A Chew / Benjamin J Orlando / Jinru Zhang / Naomi R Latorraca / Amy Wang / Scott A Hollingsworth / Dong-Hua Chen / Ron O Dror / Maofu Liao / Liang Feng / 要旨: Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ...Cation-chloride cotransporters (CCCs) mediate the electroneutral transport of chloride, potassium and/or sodium across the membrane. They have critical roles in regulating cell volume, controlling ion absorption and secretion across epithelia, and maintaining intracellular chloride homeostasis. These transporters are primary targets for some of the most commonly prescribed drugs. Here we determined the cryo-electron microscopy structure of the Na-K-Cl cotransporter NKCC1, an extensively studied member of the CCC family, from Danio rerio. The structure defines the architecture of this protein family and reveals how cytosolic and transmembrane domains are strategically positioned for communication. Structural analyses, functional characterizations and computational studies reveal the ion-translocation pathway, ion-binding sites and key residues for transport activity. These results provide insights into ion selectivity, coupling and translocation, and establish a framework for understanding the physiological functions of CCCs and interpreting disease-related mutations. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0471.map.gz | 37.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0471-v30.xml emd-0471.xml | 12.4 KB 12.4 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0471_fsc.xml | 9.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0471.png | 82.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-0471.cif.gz | 5.6 KB | ||
その他 | emd_0471_additional.map.gz | 25.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0471 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0471_validation.pdf.gz | 605.4 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0471_full_validation.pdf.gz | 604.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0471_validation.xml.gz | 9.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_0471_validation.cif.gz | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0471 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0471 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0471.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Cytosolic domain | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.055 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-追加マップ: Cytosolic domain
ファイル | emd_0471_additional.map | ||||||||||||
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注釈 | Cytosolic domain | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cytosolic domain
全体 | 名称: cytosolic domain |
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要素 |
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-超分子 #1: cytosolic domain
超分子 | 名称: cytosolic domain / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 150 KDa |
-分子 #1: Sodium-potassium-chloride cotransporter 1
分子 | 名称: Sodium-potassium-chloride cotransporter 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Danio rerio (ゼブラフィッシュ) |
分子量 | 理論値: 49.444598 KDa |
組換発現 | 生物種: Autographa californica nucleopolyhedrovirus (ウイルス) |
配列 | 文字列: WGSSTQALTY HQALTHSLQL CGVADHIKTF RPQCLVMTGA PNSRPAILHL VHAFTKNVGL MLCGHVRISS RRPNFKELNS DMLRYQRWL LNNNSKAFYT CVVAEDLRQG TQYMLQAAGL GRLRPNTLVI GFKNDWRIGD IKEVETYINL IHDAFDFQYG V VILRLREG ...文字列: WGSSTQALTY HQALTHSLQL CGVADHIKTF RPQCLVMTGA PNSRPAILHL VHAFTKNVGL MLCGHVRISS RRPNFKELNS DMLRYQRWL LNNNSKAFYT CVVAEDLRQG TQYMLQAAGL GRLRPNTLVI GFKNDWRIGD IKEVETYINL IHDAFDFQYG V VILRLREG LDISHIQGQD DSSGMKDVVV SVDISKDSDG DSSKPSSKAT SVQNSPAVQK DKKSPTVPLN VADQRLLDSQ QF QQKQGKG TVDVWWLFDD GGLTLLIPYL IANKKKWKDC KIRVFIGGKI NRIDHDRRAM ATLLSKFRID FSDITVLGDI NTK PKSEGL TEFAEMIEPY KLREDDMEQE AAEKLKSEEP WRITANELEL YKAKGNRQIR LNELLKEHSS TANLIVMSMP LARK GAVSS ALYMAWLDTL SKDLPPILLV RGNHQSVLTF YS UniProtKB: Solute carrier family 12 member 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 7.9 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 8 |
グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. |
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k) 検出モード: SUPER-RESOLUTION / 平均電子線量: 53.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm |
試料ステージ | ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |