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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0270 | |||||||||
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タイトル | Stringent response control by a bifunctional RelA enzyme in the presence and absence of the ribosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / response to starvation / rRNA processing / large ribosomal subunit / kinase activity ...GTP diphosphokinase activity / GTP diphosphokinase / guanosine tetraphosphate biosynthetic process / guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-diphosphatase activity / positive regulation of rRNA processing / nucleoid / response to starvation / rRNA processing / large ribosomal subunit / kinase activity / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / small ribosomal subunit rRNA binding / transferase activity / 5S rRNA binding / large ribosomal subunit rRNA binding / cytosolic small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / tRNA binding / cytoplasmic translation / rRNA binding / negative regulation of translation / ribosome / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / translation / phosphorylation / response to antibiotic / mRNA binding / GTP binding / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / ATP binding / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) / Bacillus subtilis (strain 168) (枯草菌) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Wilson DN / Abdelshahid M | |||||||||
引用 | ジャーナル: Cell Rep / 年: 2020 タイトル: Structural Basis for Regulation of the Opposing (p)ppGpp Synthetase and Hydrolase within the Stringent Response Orchestrator Rel. 著者: Patrick Pausch / Maha Abdelshahid / Wieland Steinchen / Heinrich Schäfer / Fabio Lino Gratani / Sven-Andreas Freibert / Christiane Wolz / Kürşad Turgay / Daniel N Wilson / Gert Bange / 要旨: The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain ...The stringent response enables metabolic adaptation of bacteria under stress conditions and is governed by RelA/SpoT Homolog (RSH)-type enzymes. Long RSH-type enzymes encompass an N-terminal domain (NTD) harboring the second messenger nucleotide (p)ppGpp hydrolase and synthetase activity and a stress-perceiving and regulatory C-terminal domain (CTD). CTD-mediated binding of Rel to stalled ribosomes boosts (p)ppGpp synthesis. However, how the opposing activities of the NTD are controlled in the absence of stress was poorly understood. Here, we demonstrate on the RSH-type protein Rel that the critical regulative elements reside within the TGS (ThrRS, GTPase, and SpoT) subdomain of the CTD, which associates to and represses the synthetase to concomitantly allow for activation of the hydrolase. Furthermore, we show that Rel forms homodimers, which appear to control the interaction with deacylated-tRNA, but not the enzymatic activity of Rel. Collectively, our study provides a detailed molecular view into the mechanism of stringent response repression in the absence of stress. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0270.map.gz | 104.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0270-v30.xml emd-0270.xml | 70.6 KB 70.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_0270.png | 66 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0270 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0270 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0270_validation.pdf.gz | 254.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0270_full_validation.pdf.gz | 253.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0270_validation.xml.gz | 6.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0270 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0270 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0270.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.084 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
+超分子 #1: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168
+分子 #1: 23S ribosomal RNA
+分子 #2: 5S ribosomal RNA
+分子 #30: 16S rRNA
+分子 #50: P-tRNA
+分子 #52: A/R-tRNA
+分子 #53: E-tRNA
+分子 #3: 50S ribosomal protein L2
+分子 #4: 50S ribosomal protein L3
+分子 #5: 50S ribosomal protein L4
+分子 #6: 50S ribosomal protein L5
+分子 #7: 50S ribosomal protein L6
+分子 #8: 50S ribosomal protein L13
+分子 #9: 50S ribosomal protein L14
+分子 #10: 50S ribosomal protein L15
+分子 #11: 50S ribosomal protein L16
+分子 #12: 50S ribosomal protein L17
+分子 #13: 50S ribosomal protein L18
+分子 #14: 50S ribosomal protein L19
+分子 #15: 50S ribosomal protein L20
+分子 #16: 50S ribosomal protein L21
+分子 #17: 50S ribosomal protein L22
+分子 #18: 50S ribosomal protein L23
+分子 #19: 50S ribosomal protein L24
+分子 #20: 50S ribosomal protein L27
+分子 #21: 50S ribosomal protein L28
+分子 #22: 50S ribosomal protein L29
+分子 #23: 50S ribosomal protein L30
+分子 #24: 50S ribosomal protein L32
+分子 #25: 50S ribosomal protein L33 1
+分子 #26: 50S ribosomal protein L34
+分子 #27: 50S ribosomal protein L35
+分子 #28: 50S ribosomal protein L36
+分子 #29: 50S ribosomal protein L31
+分子 #31: 30S ribosomal protein S2
+分子 #32: 30S ribosomal protein S3
+分子 #33: 30S ribosomal protein S4
+分子 #34: 30S ribosomal protein S5
+分子 #35: 30S ribosomal protein S6
+分子 #36: 30S ribosomal protein S7
+分子 #37: 30S ribosomal protein S8
+分子 #38: 30S ribosomal protein S9
+分子 #39: 30S ribosomal protein S10
+分子 #40: 30S ribosomal protein S11
+分子 #41: 30S ribosomal protein S12
+分子 #42: 30S ribosomal protein S13
+分子 #43: 30S ribosomal protein S14
+分子 #44: 30S ribosomal protein S15
+分子 #45: 30S ribosomal protein S16
+分子 #46: 30S ribosomal protein S17
+分子 #47: 30S ribosomal protein S18
+分子 #48: 30S ribosomal protein S19
+分子 #49: 30S ribosomal protein S20
+分子 #51: GTP pyrophosphokinase
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) 平均電子線量: 2.4 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 650054 |
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初期 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |
最終 角度割当 | タイプ: PROJECTION MATCHING |