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- EMDB-0186: Echovirus 18 Open particle without two pentamers -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0186
タイトルEchovirus 18 Open particle without two pentamers
マップデータEchovirus 18 Open particle without two pentamers - C1 symmetry
試料
  • ウイルス: Echovirus E18 (ウイルス)
生物種Echovirus E18 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.62 Å
データ登録者Buchta D / Fuzik T / Hrebik D / Levdansky Y / Moravcova J / Plevka P
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2019
タイトル: Enterovirus particles expel capsid pentamers to enable genome release.
著者: David Buchta / Tibor Füzik / Dominik Hrebík / Yevgen Levdansky / Lukáš Sukeník / Liya Mukhamedova / Jana Moravcová / Robert Vácha / Pavel Plevka /
要旨: Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for ...Viruses from the genus Enterovirus are important human pathogens. Receptor binding or exposure to acidic pH in endosomes converts enterovirus particles to an activated state that is required for genome release. However, the mechanism of enterovirus uncoating is not well understood. Here, we use cryo-electron microscopy to visualize virions of human echovirus 18 in the process of genome release. We discover that the exit of the RNA from the particle of echovirus 18 results in a loss of one, two, or three adjacent capsid-protein pentamers. The opening in the capsid, which is more than 120 Å in diameter, enables the release of the genome without the need to unwind its putative double-stranded RNA segments. We also detect capsids lacking pentamers during genome release from echovirus 30. Thus, our findings uncover a mechanism of enterovirus genome release that could become target for antiviral drugs.
履歴
登録2018年8月10日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年10月24日-
マップ公開2019年3月20日-
更新2019年3月20日-
現状2019年3月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.045
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0186.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0186.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Echovirus 18 Open particle without two pentamers - C1 symmetry
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å		1.06 Å/pix.
x 512 pix.
= 543.232 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.061 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.045 / ムービー #1: 0.045
最小 - 最大-0.080590926 - 0.1732126
平均 (標準偏差)0.0012457601 (±0.011315039)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 543.232 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.0611.0611.061
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z543.232543.232543.232
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0810.1730.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Echovirus E18

全体名称: Echovirus E18 (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Echovirus E18 (ウイルス)

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超分子 #1: Echovirus E18

超分子名称: Echovirus E18 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 / NCBI-ID: 47506 / 生物種: Echovirus E18 / Sci species strain: Metcalf / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 6.76 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Capsid / 直径: 340.0 Å / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.5 mg/mL
緩衝液pH: 6
構成要素:
濃度式名称
37.5 mMMES2-(N-Morpholino)ethanesulfonic acid
25.0 mMNaClsodium chloride
5.0 mMTris2-Amino-2-(hydroxymethyl)-1,3-propanediol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: FORMVAR / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: OTHER
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 298 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / デジタル化 - サンプリング間隔: 14.0 µm / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6331 / 平均露光時間: 1.0 sec. / 平均電子線量: 45.2 e/Å2
詳細: Images were collected in movie-mode at 39 frames per second
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 最大 デフォーカス（補正後）: 3.282 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.651 µm / 倍率（補正後）: 79725 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 75000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 509565
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP / 詳細: Echovirus 18 A-particle
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1) / 使用した粒子像数: 7635
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
最終 3次元分類クラス数: 5 / 平均メンバー数/クラス: 7791 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化温度因子: 114.57

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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