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- EMDB-0146: Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by cyclobutane ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0146
タイトルYeast RNA polymerase I elongation complex stalled by cyclobutane pyrimidine dimer (CPD)
マップデータ
試料
  • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
    • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
      • タンパク質・ペプチド: x 14種
    • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
      • RNA: x 1種
      • DNA: x 2種
  • リガンド: x 2種
キーワードRNA Polymerase I / UV-damage / stalling / Cyclobutane Pyrimidine Dimers (CPD) / TRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / regulation of cell size / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...RNA polymerase I preinitiation complex assembly / RNA Polymerase I Transcription Initiation / Processing of Capped Intron-Containing Pre-mRNA / RNA Polymerase III Transcription Initiation From Type 2 Promoter / regulation of cell size / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / RNA-templated transcription / termination of RNA polymerase III transcription / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / termination of RNA polymerase I transcription / RNA Polymerase I Promoter Escape / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / Estrogen-dependent gene expression / transcription by RNA polymerase III / Dual incision in TC-NER / transcription elongation by RNA polymerase I / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I complex / RNA polymerase I activity / RNA polymerase III complex / RNA polymerase II, core complex / promoter-specific chromatin binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription elongation by RNA polymerase II / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / peroxisome / ribosome biogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / nucleic acid binding / protein dimerization activity / nucleolus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I ...: / RNA polymerase I, subunit Rpa14, fungi / Yeast RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I, subunit RPA34.5 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34.5 / RNA polymerase I associated factor, A49-like / A49-like RNA polymerase I associated factor / Rpa43, N-terminal ribonucleoprotein (RNP) domain / RPA43, OB domain / RPA43 OB domain in RNA Pol I / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA2, domain 4 / DNA-directed RNA pol I, largest subunit / Pol I subunit A12, C-terminal zinc ribbon / : / RNA polymerase I, Rpa2 specific domain / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC19 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit AC40 / Zinc finger TFIIS-type signature. / RNA polymerase Rpb7-like , N-terminal / RNA polymerase Rpb7-like, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase subunit Rpb7-like / SHS2 domain found in N terminus of Rpb7p/Rpc25p/MJ0397 / DNA-directed RNA polymerase, M/15kDa subunit / RNA polymerases M/15 Kd subunit / RNA polymerase subunit 9 / DNA-directed RNA polymerase M, 15kDa subunit, conserved site / RNA polymerases M / 15 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase subunit/transcription factor S / : / RNA polymerase, Rpb8 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / RNA polymerase Rpb8 / RNA polymerase subunit 8 / RNA polymerase, Rpb5, N-terminal / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain superfamily / RNA polymerase Rpb5, N-terminal domain / DNA-directed RNA polymerase subunit RPABC5/Rpb10 / RNA polymerases, subunit N, zinc binding site / RNA polymerase subunit RPB10 / RNA polymerases N / 8 kDa subunit / RNA polymerases N / 8 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit RPB6 / DNA directed RNA polymerase, 7 kDa subunit / RNA polymerase archaeal subunit P/eukaryotic subunit RPABC4 / RNA polymerase, subunit H/Rpb5, conserved site / RNA polymerases H / 23 Kd subunits signature. / RNA polymerase subunit CX / DNA-directed RNA polymerase, 30-40kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo3/Rpb3/RPAC1 / RNA polymerases D / 30 to 40 Kd subunits signature. / DNA-directed RNA polymerase Rpb11, 13-16kDa subunit, conserved site / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo11 / RNA polymerases L / 13 to 16 Kd subunits signature. / Zinc finger, TFIIS-type / DNA-directed RNA polymerase subunit Rpo5/Rpb5 / Transcription factor S-II (TFIIS) / Zinc finger TFIIS-type profile. / C2C2 Zinc finger / RNA polymerase subunit RPABC4/transcription elongation factor Spt4 / DNA-directed RNA polymerase, RBP11-like dimerisation domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerase, subunit H/Rpb5 C-terminal / RPB5-like RNA polymerase subunit superfamily / RNA polymerase Rpb5, C-terminal domain / Archaeal Rpo6/eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / DNA-directed RNA polymerase, 14-18kDa subunit, conserved site / RNA polymerases K / 14 to 18 Kd subunits signature. / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase I subunit A N-terminus / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 ...DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5 / DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Sanz-Murillo M / Xu J
資金援助 スペイン, 2件
OrganizationGrant number国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2013-48374-P スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBFU2017-87397-P スペイン
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2018
タイトル: Structural basis of RNA polymerase I stalling at UV light-induced DNA damage.
著者: Marta Sanz-Murillo / Jun Xu / Georgiy A Belogurov / Olga Calvo / David Gil-Carton / María Moreno-Morcillo / Dong Wang / Carlos Fernández-Tornero /
要旨: RNA polymerase I (Pol I) transcribes ribosomal DNA (rDNA) to produce the ribosomal RNA (rRNA) precursor, which accounts for up to 60% of the total transcriptional activity in growing cells. Pol I ...RNA polymerase I (Pol I) transcribes ribosomal DNA (rDNA) to produce the ribosomal RNA (rRNA) precursor, which accounts for up to 60% of the total transcriptional activity in growing cells. Pol I monitors rDNA integrity and influences cell survival, but little is known about how this enzyme processes UV-induced lesions. We report the electron cryomicroscopy structure of Pol I in an elongation complex containing a cyclobutane pyrimidine dimer (CPD) at a resolution of 3.6 Å. The structure shows that the lesion induces an early translocation intermediate exhibiting unique features. The bridge helix residue Arg1015 plays a major role in CPD-induced Pol I stalling, as confirmed by mutational analysis. These results, together with biochemical data presented here, reveal the molecular mechanism of Pol I stalling by CPD lesions, which is distinct from Pol II arrest by CPD lesions. Our findings open the avenue to unravel the molecular mechanisms underlying cell endurance to lesions on rDNA.
履歴
登録2018年7月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年8月29日-
マップ公開2018年8月29日-
更新2024年5月15日-
現状2024年5月15日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-6h67
  • 表面レベル: 0.0162
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0146.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0146.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å		1.06 Å/pix.
x 288 pix.
= 305.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0162 / ムービー #1: 0.0162
最小 - 最大-0.053961135 - 0.09728247
平均 (標準偏差)-0.0000076939095 (±0.0040034503)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 305.27997 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.061.061.06
M x/y/z288288288
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z305.280305.280305.280
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS288288288
D min/max/mean-0.0540.097-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : RNA Polymerase I stalling at DNA damage

全体名称: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
要素
  • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
    • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49
      • タンパク質・ペプチド: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34
    • 複合体: RNA Polymerase I stalling at DNA damage
      • RNA: RNA
      • DNA: Template DNA
      • DNA: Non-template DNA
  • リガンド: ZINC ION
  • リガンド: MAGNESIUM ION

+
超分子 #1: RNA Polymerase I stalling at DNA damage

超分子名称: RNA Polymerase I stalling at DNA damage / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#17
分子量理論値: 631 KDa

+
超分子 #2: RNA Polymerase I stalling at DNA damage

超分子名称: RNA Polymerase I stalling at DNA damage / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#14
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)

+
超分子 #3: RNA Polymerase I stalling at DNA damage

超分子名称: RNA Polymerase I stalling at DNA damage / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #15-#17
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

+
分子 #1: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 186.676969 KDa
配列文字列: MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDEK FCPGHQGHIE LPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA CKLRLLQYGL IDESYKLDEI TLGSLNSSMY TDDEAIEDNE D EMDGEGSK ...文字列:
MDISKPVGSE ITSVDFGILT AKEIRNLSAK QITNPTVLDN LGHPVSGGLY DLALGAFLRN LCSTCGLDEK FCPGHQGHIE LPVPCYNPL FFNQLYIYLR ASCLFCHHFR LKSVEVHRYA CKLRLLQYGL IDESYKLDEI TLGSLNSSMY TDDEAIEDNE D EMDGEGSK QSKDISSTLL NELKSKRSEY VDMAIAKALS DGRTTERGSF TATVNDERKK LVHEFHKKLL SRGKCDNCGM FS PKFRKDG FTKIFETALN EKQITNNRVK GFIRQDMIKK QKQAKKLDGS NEASANDEES FDVGRNPTTR PKTGSTYILS TEV KNILDT VFRKEQCVLQ YVFHSRPNLS RKLVKADSFF MDVLVVPPTR FRLPSKLGEE VHENSQNQLL SKVLTTSLLI RDLN DDLSK LQKDKVSLED RRVIFSRLMN AFVTIQNDVN AFIDSTKAQG RTSGKVPIPG VKQALEKKEG LFRKHMMGKR VNYAA RSVI SPDPNIETNE IGVPPVFAVK LTYPEPVTAY NIAELRQAVI NGPDKWPGAT QIQNEDGSLV SLIGMSVEQR KALANQ LLT PSSNVSTHTL NKKVYRHIKN RDVVLMNRQP TLHKASMMGH KVRVLPNEKT LRLHYANTGA YNADFDGDEM NMHFPQN EN ARAEALNLAN TDSQYLTPTS GSPVRGLIQD HISAGVWLTS KDSFFTREQY QQYIYGCIRP EDGHTTRSKI VTLPPTIF K PYPLWTGKQI ITTVLLNVTP PDMPGINLIS KNKIKNEYWG KGSLENEVLF KDGALLCGIL DKSQYGASKY GIVHSLHEV YGPEVAAKVL SVLGRLFTNY ITATAFTCGM DDLRLTAEGN KWRTDILKTS VDTGREAAAE VTNLDKDTPA DDPELLKRLQ EILRDNNKS GILDAVTSSK VNAITSQVVS KCVPDGTMKK FPCNSMQAMA LSGAKGSNVN VSQIMCLLGQ QALEGRRVPV M VSGKTLPS FKPYETDAMA GGYVKGRFYS GIKPQEYYFH CMAGREGLID TAVKTSRSGY LQRCLTKQLE GVHVSYDNSI RD ADGTLVQ FMYGGDAIDI TKESHMTQFE FCLDNYYALL KKYNPSALIE HLDVESALKY SKKTLKYRKK HSKEPHYKQS VKY DPVLAK YNPAKYLGSV SENFQDKLES FLDKNSKLFK SSDGVNEKKF RALMQLKYMR SLINPGEAVG IIASQSVGEP STQM TLNTF HFAGHGAANV TLGIPRLREI VMTASAAIKT PQMTLPIWND VSDEQADTFC KSISKVLLSE VIDKVIVTET TGTSN TAGG NAARSYVIHM RFFDNNEYSE EYDVSKEELQ NVISNQFIHL LEAAIVKEIK KQKRTTGPDI GVAVPRLQTD VANSSS NSK RLEEDNDEEQ SHKKTKQAVS YDEPDEDEIE TMREAEKSSD EEGIDSDKES DSDSEDEDVD MNEQINKSIV EANNNMN KV QRDRQSAIIS HHRFITKYNF DDESGKWCEF KLELAADTEK LLMVNIVEEI CRKSIIRQIP HIDRCVHPEP ENGKRVLV T EGVNFQAMWD QEAFIDVDGI TSNDVAAVLK TYGVEAARNT IVNEINNVFS RYAISVSFRH LDLIADMMTR QGTYLAFNR QGMETSTSSF MKMSYETTCQ FLTKAVLDNE REQLDSPSAR IVVGKLNNVG TGSFDVLAKV PNAA

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA190

+
分子 #2: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: DNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 135.910328 KDa
配列文字列: MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIGE KVIFDGKPLN SEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER KVYPSESRQR LTSYRGKLLL KLKWSVNNGE ENLFEVRDCG G LPVMLQSN ...文字列:
MSKVIKPPGQ ARTADFRTLE RESRFINPPK DKSAFPLLQE AVQPHIGSFN ALTEGPDGGL LNLGVKDIGE KVIFDGKPLN SEDEISNSG YLGNKLSVSV EQVSIAKPMS NDGVSSAVER KVYPSESRQR LTSYRGKLLL KLKWSVNNGE ENLFEVRDCG G LPVMLQSN RCHLNKMSPY ELVQHKEESD EIGGYFIVNG IEKLIRMLIV QRRNHPMAII RPSFANRGAS YSHYGIQIRS VR PDQTSQT NVLHYLNDGQ VTFRFSWRKN EYLVPVVMIL KALCHTSDRE IFDGIIGNDV KDSFLTDRLE LLLRGFKKRY PHL QNRTQV LQYLGDKFRV VFQASPDQSD LEVGQEVLDR IVLVHLGKDG SQDKFRMLLF MIRKLYSLVA GECSPDNPDA TQHQ EVLLG GFLYGMILKE KIDEYLQNII AQVRMDINRG MAINFKDKRY MSRVLMRVNE NIGSKMQYFL STGNLVSQSG LDLQQ VSGY TVVAEKINFY RFISHFRMVH RGSFFAQLKT TTVRKLLPES WGFLCPVHTP DGSPCGLLNH FAHKCRISTQ QSDVSR IPS ILYSLGVAPA SHTFAAGPSL CCVQIDGKII GWVSHEQGKI IADTLRYWKV EGKTPGLPID LEIGYVPPST RGQYPGL YL FGGHSRMLRP VRYLPLDKED IVGPFEQVYM NIAVTPQEIQ NNVHTHVEFT PTNILSILAN LTPFSDFNQS PRNMYQCQ M GKQTMGTPGV ALCHRSDNKL YRLQTGQTPI VKANLYDDYG MDNFPNGFNA VVAVISYTGY DMDDAMIINK SADERGFGY GTMYKTEKVD LALNRNRGDP ITQHFGFGND EWPKEWLEKL DEDGLPYIGT YVEEGDPICA YFDDTLNKTK IKTYHSSEPA YIEEVNLIG DESNKFQELQ TVSIKYRIRR TPQIGDKFSS RHGQKGVCSR KWPTIDMPFS ETGIQPDIII NPHAFPSRMT I GMFVESLA GKAGALHGIA QDSTPWIFNE DDTPADYFGE QLAKAGYNYH GNEPMYSGAT GEELRADIYV GVVYYQRLRH MV NDKFQVR STGPVNSLTM QPVKGRKRHG GIRVGEMERD ALIGHGTSFL LQDRLLNSSD YTQASVCREC GSILTTQQSV PRI GSISTV CCRRCSMRFE DAKKLLTKSE DGEKIFIDDS QIWEDGQGNK FVGGNETTTV AIPFVLKYLD SELSAMGIRL RYNV EPK

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA135

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分子 #3: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 37.732613 KDa
配列文字列: MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRRI MISEVPSVAA EYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN LPDDEKFTDE NTIVLSLNVK CTRNPDAPKG STDPKELYNN A HVYARDLK ...文字列:
MSNIVGIEYN RVTNTTSTDF PGFSKDAENE WNVEKFKKDF EVNISSLDAR EANFDLINID TSIANAFRRI MISEVPSVAA EYVYFFNNT SVIQDEVLAH RIGLVPLKVD PDMLTWVDSN LPDDEKFTDE NTIVLSLNVK CTRNPDAPKG STDPKELYNN A HVYARDLK FEPQGRQSTT FADCPVVPAD PDILLAKLRP GQEISLKAHC ILGIGGDHAK FSPVSTASYR LLPQINILQP IK GESARRF QKCFPPGVIG IDEGSDEAYV KDARKDTVSR EVLRYEEFAD KVKLGRVRNH FIFNVESAGA MTPEEIFFKS VRI LKNKAE YLKNCPITQ

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC1

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分子 #4: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 14.599128 KDa
配列文字列:
MMKGSRRTGN NTATTLNTPV VIHATQLPQH VSTDEVLQFL ESFIDEKENI IDSTTMNTIS GNAADADAAA VANTSLNIDT NLSSSISQL KRIQRDFKGL PPAQDFSAAP IQVSTTEKKE TSIGVSATGG KKTTFADE

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA14

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分子 #5: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 25.117094 KDa
配列文字列: MDQENERNIS RLWRAFRTVK EMVKDRGYFI TQEEVELPLE DFKAKYCDSM GRPQRKMMSF QANPTEESIS KFPDMGSLWV EFCDEPSVG VKTMKTFVIH IQEKNFQTGI FVYQNNITPS AMKLVPSIPP ATIETFNEAA LVVNITHHEL VPKHIRLSSD E KRELLKRY ...文字列:
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UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC1

+
分子 #6: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 17.931834 KDa
配列文字列:
MSDYEEAFND GNENFEDFDV EHFSDEETYE EKPQFKDGET TDANGKTIVT GGNGPEDFQQ HEQIRRKTLK EKAIPKDQRA TTPYMTKYE RARILGTRAL QISMNAPVFV DLEGETDPLR IAMKELAEKK IPLVIRRYLP DGSFEDWSVE ELIVDL

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC2

+
分子 #7: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 36.264852 KDa
配列文字列: MSQVKRANEN RETARFIKKH KKQVTNPIDE KNGTSNCIVR VPIALYVSLA PMYLENPLQG VMKQHLNPLV MKYNNKVGGV VLGYEGLKI LDADPLSKED TSEKLIKITP DTPFGFTWCH VNLYVWQPQV GDVLEGYIFI QSASHIGLLI HDAFNASIKK N NIPVDWTF ...文字列:
MSQVKRANEN RETARFIKKH KKQVTNPIDE KNGTSNCIVR VPIALYVSLA PMYLENPLQG VMKQHLNPLV MKYNNKVGGV VLGYEGLKI LDADPLSKED TSEKLIKITP DTPFGFTWCH VNLYVWQPQV GDVLEGYIFI QSASHIGLLI HDAFNASIKK N NIPVDWTF VHNDVEEDAD VINTDENNGN NNNEDNKDSN GGSNSLGKFS FGNRSLGHWV DSNGEPIDGK LRFTVRNVHT TG RVVSVDG TLISDADEEG NGYNSSRSQA ESLPIVSNKK IVFDDEVSIE NKESHKELDL PEVKEDNGSE IVYEENTSES NDG ESSDSD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA43

+
分子 #8: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 16.525363 KDa
配列文字列:
MSNTLFDDIF QVSEVDPGRY NKVCRIEAAS TTQDQCKLTL DINVELFPVA AQDSLTVTIA SSLNLEDTPA NDSSATRSWR PPQAGDRSL ADDYDYVMYG TAYKFEEVSK DLIAVYYSFG GLLMRLEGNY RNLNNLKQEN AYLLIRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC3

+
分子 #9: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 13.676566 KDa
配列文字列:
MSVVGSLIFC LDCGDLLENP NAVLGSNVEC SQCKAIYPKS QFSNLKVVTT TADDAFPSSL RAKKSVVKTS LKKNELKDGA TIKEKCPQC GNEEMNYHTL QLRSADEGAT VFYTCTSCGY KFRTNN

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA12

+
分子 #10: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 8.290732 KDa
配列文字列:
MIVPVRCFSC GKVVGDKWES YLNLLQEDEL DEGTALSRLG LKRYCCRRMI LTHVDLIEKF LRYNPLEKRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC5

+
分子 #11: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 16.16786 KDa
配列文字列:
MTEDIEQKKT ATEVTPQEPK HIQEEEEQDV DMTGDEEQEE EPDREKIKLL TQATSEDGTS ASFQIVEEDH TLGNALRYVI MKNPDVEFC GYSIPHPSEN LLNIRIQTYG ETTAVDALQK GLKDLMDLCD VVESKFTEKI KSM

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I and III subunit RPAC2

+
分子 #12: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

分子名称: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4
タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 7.729969 KDa
配列文字列:
MSREGFQIPT NLDAAAAGTS QARTATLKYI CAECSSKLSL SRTDAVRCKD CGHRILLKAR TKRLVQFEAR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerases I, II, and III subunit RPABC4

+
分子 #13: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 46.721707 KDa
配列文字列: MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSSS QASNQYVVGL FNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT RPSALRNALG EAFGTKKAKK AIADLERNRI DSDKLTDSAI D IVDSVRTA ...文字列:
MSVKRSVSEI EIESVQDQPS VAVGSFFKGF RAPSDTTFDL YKKKKSEKDE FVLHGENERL EYEGYTDSSS QASNQYVVGL FNPEKKSIQ LYKAPVLVSK VVSKSSKNLR GPKIKSKSDT RPSALRNALG EAFGTKKAKK AIADLERNRI DSDKLTDSAI D IVDSVRTA SKDLPTRAQL DEITSNDRPT PLANIDATDV EQIYPIESII PKKELQFIRV SSILKEADKE KKLELFPYQN NS KYVAKKL DSLTQPSQMT KLQLLYYLSL LLGVYENRRV NNKTKLLERL NSPPEILVDG ILSRFTVIKP GQFGRSKDRS YFI DPQNED KILCYILAII MHLDNFIVEI TPLAHELNLK PSKVVSLFRV LGAIVKGATV AQAEAFGIPK STAASYKIAT MKVP FKLPE MTRRGRGPRR

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA49

+
分子 #14: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

分子名称: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
分子量理論値: 26.933518 KDa
配列文字列: MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKSL PVDFESSTTM TIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL KIASTAKDNA PLQFDKVFSV SETAKIPAID YSKVRVPRKD V PKVEGLKL ...文字列:
MSKLSKDYVS DSDSDDEVIS NEFSIPDGFK KCKHLKNFPL NGDNKKKAKQ QQVWLIKFPS NVDISKLKSL PVDFESSTTM TIDKHDYKI MDDTDIESSL TQDNLSNMTL LVPSESKESL KIASTAKDNA PLQFDKVFSV SETAKIPAID YSKVRVPRKD V PKVEGLKL EHFATGYDAE DFHVAEEVKE NKKEPKKRSH HDDEEESSEK KKKKKEKREK REKKDKKDKK KKHRD

UniProtKB: DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA34

+
分子 #15: RNA

分子名称: RNA / タイプ: rna / ID: 15 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 3.264036 KDa
配列文字列:
AUCGAGAGGA

+
分子 #16: Template DNA

分子名称: Template DNA / タイプ: dna / ID: 16
詳細: Cyclobutane Pyrimidine Dimer at position 18 of the DNA sequence.
コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.816096 KDa
配列文字列: (DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(TTD)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA) ...文字列:
(DC)(DG)(DC)(DT)(DC)(DT)(DG)(DC)(DT)(DC) (DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DC)(DC)(TTD)(DT) (DC)(DC)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG)(DA)(DT)(DG) (DG)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DT) (DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC) (DT)(DG)(DC)

+
分子 #17: Non-template DNA

分子名称: Non-template DNA / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 16.039287 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG) ...文字列:
(DG)(DC)(DA)(DG)(DC)(DC)(DT)(DA)(DG)(DT) (DT)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DT)(DA) (DG)(DC)(DC)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC) (DT)(DA)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG) (DA) (DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DC)(DA)(DG) (DA)(DG)(DC)(DG)

+
分子 #18: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 18 / コピー数: 6 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

+
分子 #19: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 19 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.22 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
10.0 mMC8H18N2O4S4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
150.0 mMNaClSodium Chloride
5.0 mMC4H10O2S2(2S,3S)-1,4-Bis(sulfanyl)butane-2,3-diol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2056 / 平均電子線量: 5.25 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 1500
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

4c3i

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.5) / 使用した粒子像数: 254079
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.5)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.5)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 2.0.5)

-
原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain

4c3i

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

5m3f

source_name: PDB, initial_model_type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 93.9
得られたモデル

PDB-6h67:
Yeast RNA polymerase I elongation complex stalled by cyclobutane pyrimidine dimer (CPD)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る