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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-0023 | |||||||||
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タイトル | CryoEM structure of the MDA5-dsRNA filament in complex with ADP-AlF4 | |||||||||
マップデータ | Volume used in reconstruction | |||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding ...MDA-5 signaling pathway / Ub-specific processing proteases / positive regulation of response to cytokine stimulus / pattern recognition receptor activity / negative regulation of viral genome replication / type I interferon-mediated signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / positive regulation of interferon-alpha production / protein sumoylation / ribonucleoprotein complex binding / antiviral innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / response to virus / protein complex oligomerization / cellular response to virus / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of tumor necrosis factor production / double-stranded RNA binding / defense response to virus / RNA helicase activity / single-stranded RNA binding / RNA helicase / protein domain specific binding / innate immune response / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) / Pseudomonas savastanoi pv. phaseolicola (バクテリア) / Pseudomonas phage phi6 (ファージ) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.06 Å | |||||||||
データ登録者 | Yu Q / Qu K / Modis Y | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
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引用 | ジャーナル: Mol Cell / 年: 2018 タイトル: Cryo-EM Structures of MDA5-dsRNA Filaments at Different Stages of ATP Hydrolysis. 著者: Qin Yu / Kun Qu / Yorgo Modis / 要旨: Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA ...Double-stranded RNA (dsRNA) is a potent proinflammatory signature of viral infection. Long cytosolic dsRNA is recognized by MDA5. The cooperative assembly of MDA5 into helical filaments on dsRNA nucleates the assembly of a multiprotein type I interferon signaling platform. Here, we determined cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of MDA5-dsRNA filaments with different helical twists and bound nucleotide analogs at resolutions sufficient to build and refine atomic models. The structures identify the filament-forming interfaces, which encode the dsRNA binding cooperativity and length specificity of MDA5. The predominantly hydrophobic interface contacts confer flexibility, reflected in the variable helical twist within filaments. Mutation of filament-forming residues can result in loss or gain of signaling activity. Each MDA5 molecule spans 14 or 15 RNA base pairs, depending on the twist. Variations in twist also correlate with variations in the occupancy and type of nucleotide in the active site, providing insights on how ATP hydrolysis contributes to MDA5-dsRNA recognition. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
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添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_0023.map.gz | 5.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-0023-v30.xml emd-0023.xml | 24.9 KB 24.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_0023_fsc.xml | 9.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_0023.png | 253.2 KB | ||
マスクデータ | emd_0023_msk_1.map | 42.9 MB | マスクマップ | |
その他 | emd_0023_half_map_1.map.gz emd_0023_half_map_2.map.gz | 12.8 MB 12.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-0023 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_0023_validation.pdf.gz | 371.2 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_0023_full_validation.pdf.gz | 370.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_0023_validation.xml.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0023 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-0023 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 6gkhMC 0012C 0024C 0143C 0145C 4338C 4340C 4341C 6g19C 6g1sC 6g1xC 6gjzC 6gkmC 6h61C 6h66C C: 同じ文献を引用 (文献) M: このマップから作成された原子モデル |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10211 (タイトル: mouse MDA5-dsRNA filamemts in complex of 2mM ADP-AlF4 Data size: 195.3 Data #1: mouse MDA5-dsRNA filaments in complex with 2mM ADP-AlF4_data1 [micrographs - single frame] Data #2: mouse MDA5-dsRNA filaments in complex with 2mM ADP-AlF4_data2_rescaled [micrographs - single frame] Data #3: mouse MDA5-dsRNA filaments in complex with 2mM ADP-AlF4_data2 [micrographs - single frame]) |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_0023.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Volume used in reconstruction | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.07 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_0023_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_0023_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_0023_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
+全体 : MDA5-dsRNA helical filament in complex with ADP-AlF4
+超分子 #1: MDA5-dsRNA helical filament in complex with ADP-AlF4
+超分子 #2: MDA5 bound to ADP-AlF4
+超分子 #3: Double-stranded RNA from bacteriophage Phi6
+分子 #1: Interferon-induced helicase C domain-containing protein 1
+分子 #2: RNA (5'-R(P*GP*UP*CP*AP*AP*GP*CP*CP*GP*AP*GP*GP*AP*GP*A)-3')
+分子 #3: RNA (5'-R(P*UP*CP*UP*CP*CP*UP*CP*GP*GP*CP*UP*UP*GP*AP*C)-3')
+分子 #4: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
+分子 #5: TETRAFLUOROALUMINATE ION
+分子 #6: MAGNESIUM ION
+分子 #7: ZINC ION
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | helical array |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | |||||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.7 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25 mA | |||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | |||||||||||||||
詳細 | Samples were diluted twofold from 1 mg/ml to 0.5 mg/ml immediately prior to plunge freezing |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 29.85 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 75000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): -2.7 µm / 最小 デフォーカス(公称値): -1.8 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 175 当てはまり具合の基準: Cross-correlation coefficient |
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得られたモデル | PDB-6gkh: |