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- EMDB-0004: Saccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-0004
タイトルSaccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV
マップデータModelling map
試料
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)
    • 複合体: Saccharomyces cerevisiae complex III
      • タンパク質・ペプチド: x 10種
    • 複合体: Saccharomyces cerevisiae complex IV
      • タンパク質・ペプチド: x 12種
  • リガンド: x 13種
キーワードRespiratory chain / supercomplex / bc1 complex / cytochrome c oxidase / ELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / : / mitochondrial respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration ...Complex III assembly / : / matrix side of mitochondrial inner membrane / : / mitochondrial respiratory chain complex IV assembly / Respiratory electron transport / mitochondrial respirasome assembly / Mitochondrial protein degradation / mitochondrial respiratory chain complex III assembly / cellular respiration / respiratory chain complex IV / cytochrome-c oxidase / respiratory chain complex III / quinol-cytochrome-c reductase / mitochondrial electron transport, cytochrome c to oxygen / quinol-cytochrome-c reductase activity / cytochrome-c oxidase activity / mitochondrial electron transport, ubiquinol to cytochrome c / mitochondrial crista / ubiquinone binding / ATP synthesis coupled electron transport / enzyme regulator activity / proton transmembrane transport / nuclear periphery / aerobic respiration / respiratory electron transport chain / metalloendopeptidase activity / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / mitochondrial membrane / oxidoreductase activity / electron transfer activity / mitochondrial inner membrane / copper ion binding / heme binding / mitochondrion / proteolysis / zinc ion binding / metal ion binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa ...: / Cytochrome c oxidase subunit VII, budding yeast / Cytochrome c oxidase, subunit VIIa, fungal / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, fungi / Ubiquinol-cytochrome-c reductase complex subunit (QCR10) / Cytochrome c oxidase, subunit VIa, conserved site / Cytochrome c oxidase subunit VIa signature. / Cytochrome c oxidase, subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIa superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIa / Cytochrome c oxidase, subunit VIb / : / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding region signature. / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV family / Cytochrome c oxidase, subunit VIb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc superfamily / Cytochrome c oxidase subunit IV superfamily / Cytochrome c oxidase subunit VIIc / Cytochrome c oxidase subunit IV / Cytochrome c oxidase subunit 2, C-terminal / Cytochrome oxidase c subunit VIb / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI / Cytochrome c oxidase, subunit Va/VI superfamily / Cytochrome c oxidase subunit Va / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase subunit VII / Cytochrome c oxidase, subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb / Cytochrome c oxidase subunit Vb, zinc binding domain profile. / Cytochrome c oxidase, subunit Vb superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III domain / Cytochrome c oxidase, subunit II / Cytochrome c oxidase subunit I domain / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 / UcrQ family / Cytochrome bc1 complex subunit Rieske, transmembrane domain superfamily / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain / Cytochrome oxidase subunit II transmembrane region profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 / Cytochrome b-c1 complex subunit 7 superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase complex 14kD subunit / Cytochrome c oxidase subunit III / Cytochrome c oxidase subunit III-like / Cytochrome c oxidase, subunit III, 4-helical bundle / Cytochrome c oxidase subunit III / Heme-copper oxidase subunit III family profile. / Cytochrome b-c1 complex subunit 8 superfamily / Cytochrome c oxidase subunit III-like superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, transmembrane domain / Ubiquinol cytochrome reductase transmembrane region / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 superfamily / Cytochrome b-c1 complex subunit 9 / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge domain superfamily / Ubiquinol-cytochrome C reductase hinge protein / Cytochrome c1, transmembrane anchor, C-terminal / Cytochrome c/quinol oxidase subunit II / : / Cytochrome b / Cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane domain superfamily / Copper centre Cu(A) / CO II and nitrous oxide reductase dinuclear copper centers signature. / Ubiquinol-cytochrome c reductase, iron-sulphur subunit / : / Cytochrome c1 / Cytochrome C1 family / Cytochrome c oxidase, subunit I, copper-binding site / Heme-copper oxidase catalytic subunit, copper B binding region signature. / Peptidase M16, zinc-binding site / Insulinase family, zinc-binding region signature. / Cytochrome c oxidase-like, subunit I domain / Cytochrome oxidase subunit I profile. / : / Cytochrome b/b6, C-terminal / Cytochrome b(C-terminal)/b6/petD / Cytochrome b/b6 C-terminal region profile. / Cytochrome c oxidase subunit I / Cytochrome c oxidase-like, subunit I superfamily / Cytochrome C and Quinol oxidase polypeptide I / Cytochrome b/b6, C-terminal domain superfamily / Cytochrome b/b6/petB / Cytochrome C oxidase subunit II, periplasmic domain / Cytochrome c oxidase subunit II-like C-terminal / Cytochrome oxidase subunit II copper A binding domain profile. / Rieske iron-sulphur protein, C-terminal / Cytochrome b/b6, N-terminal / Cytochrome b/b6-like domain superfamily / Cytochrome b/b6 N-terminal region profile. / Di-haem cytochrome, transmembrane / Rieske iron-sulphur protein / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / Rieske [2Fe-2S] domain / Rieske [2Fe-2S] iron-sulphur domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 2 / quinol--cytochrome-c reductase / : / : / : / : / : / BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1 ...Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 2 / quinol--cytochrome-c reductase / : / : / : / : / : / BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1 / : / : / : / : / : / : / : / : / : / : / Cytochrome b-c1 complex subunit 6, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b / Cytochrome c oxidase subunit 1 / Cytochrome c oxidase subunit 2 / Cytochrome c oxidase subunit 3 / Cytochrome c oxidase subunit 5A, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 6, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 4, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c1, heme protein, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 9, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 1, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 8, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 7, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 9, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 13, mitochondrial / Cytochrome b-c1 complex subunit 10, mitochondrial / Cytochrome c oxidase subunit 12, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.23 Å
データ登録者Rathore S / Berndtsson J
資金援助 スウェーデン, 1件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2019
タイトル: Cryo-EM structure of the yeast respiratory supercomplex.
著者: Sorbhi Rathore / Jens Berndtsson / Lorena Marin-Buera / Julian Conrad / Marta Carroni / Peter Brzezinski / Martin Ott /
要旨: Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes ...Respiratory chain complexes execute energy conversion by connecting electron transport with proton translocation over the inner mitochondrial membrane to fuel ATP synthesis. Notably, these complexes form multi-enzyme assemblies known as respiratory supercomplexes. Here we used single-particle cryo-EM to determine the structures of the yeast mitochondrial respiratory supercomplexes IIIIV and IIIIV, at 3.2-Å and 3.5-Å resolutions, respectively. We revealed the overall architecture of the supercomplex, which deviates from the previously determined assemblies in mammals; obtained a near-atomic structure of the yeast complex IV; and identified the protein-protein and protein-lipid interactions implicated in supercomplex formation. Take together, our results demonstrate convergent evolution of supercomplexes in mitochondria that, while building similar assemblies, results in substantially different arrangements and structural solutions to support energy conversion.
履歴
登録2018年5月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2018年7月18日-
マップ公開2019年1月2日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_0004.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_0004.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 193.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Modelling map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å		1.06 Å/pix.
x 370 pix.
= 392.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.33
最小 - 最大-1.2225217 - 2.422639
平均 (標準偏差)0.008202017 (±0.08052676)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ370370370
Spacing370370370
セルA=B=C: 392.19998 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Halfmap1

ファイルemd_0004_half_map_1.map
注釈Halfmap1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Halfmap2

ファイルemd_0004_half_map_2.map
注釈Halfmap2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)

全体名称: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)
要素
  • 複合体: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)
    • 複合体: Saccharomyces cerevisiae complex III
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
      • タンパク質・ペプチド: QCR6 isoform 1
      • タンパク質・ペプチド: Complex III subunit 7
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1
    • 複合体: Saccharomyces cerevisiae complex IV
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 2
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit 3
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA
      • タンパク質・ペプチド: BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1
      • タンパク質・ペプチド: Cytochrome c oxidase subunit
      • タンパク質・ペプチド: Unknown Cox subunit
  • リガンド: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
  • リガンド: HEME C
  • リガンド: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
  • リガンド: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
  • リガンド: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
  • リガンド: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
  • リガンド: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER
  • リガンド: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE
  • リガンド: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
  • リガンド: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
  • リガンド: COPPER (II) ION
  • リガンド: HEME-A
  • リガンド: DINUCLEAR COPPER ION

+
超分子 #1: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV)

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae Supercomplex (III2IV) / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Organelle: Mitochondria

+
超分子 #2: Saccharomyces cerevisiae complex III

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae complex III / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#10
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Organelle: Mitochondria

+
超分子 #3: Saccharomyces cerevisiae complex IV

超分子名称: Saccharomyces cerevisiae complex IV / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #11-#22
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae W303 (パン酵母) / Organelle: Mitochondria

+
分子 #1: BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0001550.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 50.282594 KDa
配列文字列: MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGVS NLWKNIFLSK ENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF LNQSFIQQKA NLLSSSNFEA TKKSVLKQVQ DFEENDHPNR V LEHLHSTA ...文字列:
MLRTVTSKTV SNQFKRSLAT AVATPKAEVT QLSNGIVVAT EHNPSAHTAS VGVVFGSGAA NENPYNNGVS NLWKNIFLSK ENSAVAAKE GLALSSNISR DFQSYIVSSL PGSTDKSLDF LNQSFIQQKA NLLSSSNFEA TKKSVLKQVQ DFEENDHPNR V LEHLHSTA FQNTPLSLPT RGTLESLENL VVADLESFAN NHFLNSNAVV VGTGNIKHED LVNSIESKNL SLQTGTKPVL KK KAAFLGS EVRLRDDTLP KAWISLAVEG EPVNSPNYFV AKLAAQIFGS YNAFEPASRL QGIKLLDNIQ EYQLCDNFNH FSL SYKDSG LWGFSTATRN VTMIDDLIHF TLKQWNRLTI SVTDTEVERA KSLLKLQLGQ LYESGNPVND ANLLGAEVLI KGSK LSLGE AFKKIDAITV KDVKAWAGKR LWDQDIAIAG TGQIEGLLDY MRIRSDMSMM RW

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q3X1

+
分子 #2: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit 2, mitochondrial / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 40.528008 KDa
配列文字列: MLSAARLQFA QGSVRRLTVS ARDAPTKIST LAVKVHGGSR YATKDGVAHL LNRFNFQNTN TRSALKLVRE SELLGGTFKS TLDREYITL KATFLKDDLP YYVNALADVL YKTAFKPHEL TESVLPAARY DYAVAEQCPV KSAEDQLYAI TFRKGLGNPL L YDGVERVS ...文字列:
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UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q625

+
分子 #3: Cytochrome b

分子名称: Cytochrome b / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 43.68659 KDa
配列文字列: MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG ...文字列:
MAFRKSNVYL SLVNSYIIDS PQPSSINYWW NMGSLLGLCL VIQIVTGIFM AMHYSSNIEL AFSSVEHIMR DVHNGYILRY LHANGASFF FMVMFMHMAK GLYYGSYRSP RVTLWNVGVI IFILTIATAF LGYCCVYGQM SHWGATVITN LFSAIPFVGN D IVSWLWGG FSVSNPTIQR FFALHYLVPF IIAAMVIMHL MALHIHGSSN PLGITGNLDR IPMHSYFIFK DLVTVFLFML IL ALFVFYS PNTLGHPDNY IPGNPLVTPA SIVPEWYLLP FYAILRSIPD KLLGVITMFA AILVLLVLPF TDRSVVRGNT FKV LSKFFF FIFVFNFVLL GQIGACHVEV PYVLMGQIAT FIYFAYFLII VPVISTIENV LFYIGRVNK

UniProtKB: Cytochrome b

+
分子 #4: BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0049990.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 34.097523 KDa
配列文字列: MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGLH APAYAWSHNG PFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS HTNEEVRNMA EEFEYDDEPD EQGNPKKRPG KLSDYIPGPY P NEQAARAA ...文字列:
MFSNLSKRWA QRTLSKSFYS TATGAASKSG KLTQKLVTAG VAAAGITAST LLYADSLTAE AMTAAEHGLH APAYAWSHNG PFETFDHAS IRRGYQVYRE VCAACHSLDR VAWRTLVGVS HTNEEVRNMA EEFEYDDEPD EQGNPKKRPG KLSDYIPGPY P NEQAARAA NQGALPPDLS LIVKARHGGC DYIFSLLTGY PDEPPAGVAL PPGSNYNPYF PGGSIAMARV LFDDMVEYED GT PATTSQM AKDVTTFLNW CAEPEHDERK RLGLKTVIIL SSLYLLSIWV KKFKWAGIKT RKFVFNPPKP RK

UniProtKB: quinol--cytochrome-c reductase

+
分子 #5: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial

分子名称: Cytochrome b-c1 complex subunit Rieske, mitochondrial
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: quinol-cytochrome-c reductase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 23.393973 KDa
配列文字列: MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR HRTPHEIQEA NSVDMSALKD PQTDADRVKD PQWLIMLGIC T HLGCVPIG ...文字列:
MLGIRSSVKT CFKPMSLTSK RLISQSLLAS KSTYRTPNFD DVLKENNDAD KGRSYAYFMV GAMGLLSSAG AKSTVETFIS SMTATADVL AMAKVEVNLA AIPLGKNVVV KWQGKPVFIR HRTPHEIQEA NSVDMSALKD PQTDADRVKD PQWLIMLGIC T HLGCVPIG EAGDFGGWFC PCHGSHYDIS GRIRKGPAPL NLEIPAYEFD GDKVIVG

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PX11

+
分子 #6: QCR6 isoform 1

分子名称: QCR6 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.276074 KDa
配列文字列:
MGMLELVGEY WEQLKITVVP VVAAAEDDDN EQHEEKAAEG EEKEEENGDE DEDEDEDEDD DDDDDEDEEE EEEVTDQLED LREHFKNTE EGKALVHHYE ECAERVKIQQ QQPGYADLEH KEDCVEEFFH LQHYLDTATA PRLFDKLK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q022

+
分子 #7: Complex III subunit 7

分子名称: Complex III subunit 7 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 14.583755 KDa
配列文字列:
MPQSFTSIAR IGDYILKSPV LSKLCVPVAN QFINLAGYKK LGLKFDDLIA EENPIMQTAL RRLPEDESYA RAYRIIRAHQ TELTHHLLP RNEWIKAQED VPYLLPYILE AEAAAKEKDE LDNIEVSK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q2H4

+
分子 #8: BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0028260.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 10.987511 KDa
配列文字列:
MGPPSGKTYM GWWGHMGGPK QKGITSYAVS PYAQKPLQGI FHNAVFNSFR RFKSQFLYVL IPAGIYWYWW KNGNEYNEFL YSKAGREEL ERVNV

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PU80

+
分子 #9: HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1

分子名称: HLJ1_G0021680.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 7.485334 KDa
配列文字列:
MSFSSLYKTF FKRNAVFVGT IFAGAFVFQT VFDTAITSWY ENHNKGKLWK DVKARIAAGD GDDDDE

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6L0Z0I8

+
分子 #10: BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0023510.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.602913 KDa
配列文字列:
MAYTSHLSSK TGLHFGRLSL RSLTAYAPNL MLWGGASMLG LFVFTEGWPK FQDTLYKKIP LLGPTLEDHT PPEDKPN

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6L0ZE60

+
分子 #11: Cytochrome c oxidase subunit 1

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cytochrome-c oxidase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 58.832586 KDa
配列文字列: MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFFL VMPALIGGFG NYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV ESGAGTGWTV YPPLSSIQAH SGPSVDLAIF ALHLTSISSL L GAINFIVT ...文字列:
MVQRWLYSTN AKDIAVLYFM LAIFSGMAGT AMSLIIRLEL AAPGSQYLHG NSQLFNVLVV GHAVLMIFFL VMPALIGGFG NYLLPLMIG ATDTAFPRIN NIAFWVLPMG LVCLVTSTLV ESGAGTGWTV YPPLSSIQAH SGPSVDLAIF ALHLTSISSL L GAINFIVT TLNMRTNGMT MHKLPLFVWS IFITAFLLLL SLPVLSAGIT MLLLDRNFNT SFFEVSGGGD PILYEHLFWF FG HPEVYIL IIPGFGIISH VVSTYSKKPV FGEISMVYAM ASIGLLGFLV WSHHMYIVGL DADTRAYFTS ATMIIAIPTG IKI FSWLAT IHGGSIRLAT PMLYAIAFLF LFTMGGLTGV ALANASLDVA FHDTYYVVGH FHYVLSMGAI FSLFAGYYYW SPQI LGLNY NEKLAQIQFW LIFIGANVIF FPMHFLGING MPRRIPDYPD AFAGWNYVAS IGSFIATLSL FLFIYILYDQ LVNGL NNKV NNKSVIYNKA PDFVESNTIF NLNTVKSSSI EFLLTSPPAV HSFNTPAVQS

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 1

+
分子 #12: Cytochrome c oxidase subunit 2

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 28.585055 KDa
配列文字列: MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNPI AYKYIKHGQT IEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA IGYQWYWKYE YSDFINDSGE TVEFESYVIP DELLEEGQLR L LDTDTSMV ...文字列:
MLDLLRLQLT TFIMNDVPTP YACYFQDSAT PNQEGILELH DNIMFYLLVI LGLVSWMLYT IVMTYSKNPI AYKYIKHGQT IEVIWTIFP AVILLIIAFP SFILLYLCDE VISPAMTIKA IGYQWYWKYE YSDFINDSGE TVEFESYVIP DELLEEGQLR L LDTDTSMV VPVDTHIRFV VTAADVIHDF AIPSLGIKVD ATPGRLNQVS ALIQREGVFY GACSELCGTG HANMPIKIEA VS LPKFLEW LNEQ

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 2

+
分子 #13: Cytochrome c oxidase subunit 3

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 30.383582 KDa
配列文字列: MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDIV AEATYLGDHT MAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT LGACWPPVGI EAVQPTELPL LNTIILLSSG ATVTYSHHAL I AGNRNKAL ...文字列:
MTHLERSRHQ QHPFHMVMPS PWPIVVSFAL LSLALSTALT MHGYIGNMNM VYLALFVLLT SSILWFRDIV AEATYLGDHT MAVRKGINL GFLMFVLSEV LIFAGLFWAY FHSAMSPDVT LGACWPPVGI EAVQPTELPL LNTIILLSSG ATVTYSHHAL I AGNRNKAL SGLLITFWLI VIFVTCQYIE YTNAAFTISD GVYGSVFYAG TGLHFLHMVM LAAMLGVNYW RMRNYHLTAG HH VGYETTI IYTHVLDVIW LFLYVVFYWW GV

UniProtKB: Cytochrome c oxidase subunit 3

+
分子 #14: BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.164557 KDa
配列文字列:
MLSLRQSIRF FKPATRTLCS SRYLLQQKPV VKTAQNLAEV NGPETLIGPG AKEGTVPTDL DQETGLARLE LLGKLEGIDV FDTKPLDSS RKGTMKDPII IESYDDYRYV GCTGSPAGSH TIMWLKPTVN EVARCWECGS VYKLNPVGVP NDDHHH

UniProtKB: BJ4_G0018620.mRNA.1.CDS.1

+
分子 #15: BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0046460.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.161465 KDa
配列文字列:
MLRNTFTRAG GLSRITSVRF AQTHALSNAA VMDLQSRWEN MPSTEQQDIV SKLSERQKLP WAQLTEPEKQ AVWYISYGEW GPRRPVLNK GDSSFIAKGV AAGLLFSVGL FAVVRMAGGQ DAKTMNKEWQ LKSDEYLKSK NANPWGGYSQ VQSK

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q8F6

+
分子 #16: BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0024040.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 16 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 17.3666 KDa
配列文字列:
MLSRAIFRNP VINRTLLRAR PGAYHATRLT KNTFIQSRKY SDAHDEETFE EFTARYEKEF DEAYDLFEVQ RVLNNCFSYD LVPAPAVIE KALRAARRVN DLPTAIRVFE ALKYKVENED QYKAYLDELK DVRQELGVPL KEELFPSSS

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PUE0

+
分子 #17: BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0043230.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 17 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.942349 KDa
配列文字列:
MANKVIQLQK IFQSSTKPLW WRHPRSALYL YPFYAIFAVA VVTPLLYIPN AIRGIKAKKA

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PQU1

+
分子 #18: BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0038800.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 8.921686 KDa
配列文字列:
MLCQQMIRTT AKRSSNIMTR PIIMKRSVHF KDGVYENIPF KVKGRKTPYA LSHFGFFAIG FAVPFVACYV QLKKSGAF

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PRD8

+
分子 #19: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA

分子名称: Cytochrome c oxidase polypeptide VIIA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 6.974226 KDa
配列文字列:
MTIAPITGTI KRRVIMDIVL GFSLGGVMAS YWWWGFHMDK INKREKFYAE LAERKKQEN

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5Q104

+
分子 #20: BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1

分子名称: BJ4_G0035470.mRNA.1.CDS.1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.799895 KDa
配列文字列:
MADQENSPLH TVGFDARFPQ QNQTKHCWQS YVDYHKCVNM KGEDFAPCKV FWKTYNALCP LDWIEKWDDQ REKGIFAGDI NSD

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PU81

+
分子 #21: Cytochrome c oxidase subunit

分子名称: Cytochrome c oxidase subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.046146 KDa
配列文字列:
MFRQCAKRYA SSLPPNALKP AFGPPDKVAA QKFKESLMAT EKHAKDTSNM WVKISVWVAL PAIALTAVNT YFVEKEHAEH REHLKHVPD SEWPRDYEFM NIRSKPFFWG DGDKTLFWNP VVNRHIEHDD

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6A5PWA0

+
分子 #22: Unknown Cox subunit

分子名称: Unknown Cox subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 2.656265 KDa
配列文字列:
(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK)(UNK) (UNK)(UNK)

+
分子 #23: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

分子名称: (1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 23 / コピー数: 2 / 式: 6PH
分子量理論値: 592.785 Da
Chemical component information

ChemComp-6PH:
(1R)-2-(phosphonooxy)-1-[(tridecanoyloxy)methyl]ethyl pentadecanoate

+
分子 #24: HEME C

分子名称: HEME C / タイプ: ligand / ID: 24 / コピー数: 6 / 式: HEC
分子量理論値: 618.503 Da
Chemical component information

ChemComp-HEC:
HEME C

+
分子 #25: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradeca...

分子名称: (2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 25 / コピー数: 2 / 式: 8PE
分子量理論値: 691.959 Da
Chemical component information

ChemComp-8PE:
(2R)-3-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-2-(tetradecanoyloxy)propyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #26: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-penta...

分子名称: (5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate
タイプ: ligand / ID: 26 / コピー数: 1 / 式: CN5
分子量理論値: 634.631 Da
Chemical component information

ChemComp-CN5:
(5S,11R)-5,8,11-trihydroxy-5,11-dioxido-17-oxo-4,6,10,12,16-pentaoxa-5,11-diphosphaoctadec-1-yl pentadecanoate

+
分子 #27: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)...

分子名称: 5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL
タイプ: ligand / ID: 27 / コピー数: 2 / 式: UQ6
分子量理論値: 592.891 Da
Chemical component information

ChemComp-UQ6:
5-(3,7,11,15,19,23-HEXAMETHYL-TETRACOSA-2,6,10,14,18,22-HEXAENYL)-2,3-DIMETHOXY-6-METHYL-BENZENE-1,4-DIOL

+
分子 #28: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

分子名称: (1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate
タイプ: ligand / ID: 28 / コピー数: 2 / 式: 7PH
分子量理論値: 564.732 Da
Chemical component information

ChemComp-7PH:
(1R)-2-(dodecanoyloxy)-1-[(phosphonooxy)methyl]ethyl tetradecanoate

+
分子 #29: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

分子名称: FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / タイプ: ligand / ID: 29 / コピー数: 2 / 式: FES
分子量理論値: 175.82 Da
Chemical component information

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

+
分子 #30: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 30 / コピー数: 2 / 式: PCF
分子量理論値: 734.039 Da
Chemical component information

ChemComp-PCF:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSHOCHOLINE

+
分子 #31: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoy...

分子名称: (1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate
タイプ: ligand / ID: 31 / コピー数: 2 / 式: 9PE
分子量理論値: 593.773 Da
Chemical component information

ChemComp-9PE:
(1R)-2-{[(S)-(2-aminoethoxy)(hydroxy)phosphoryl]oxy}-1-[(heptanoyloxy)methyl]ethyl octadecanoate / リン脂質*YM

+
分子 #32: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16...

分子名称: (2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate
タイプ: ligand / ID: 32 / コピー数: 1 / 式: CN3
分子量理論値: 834.862 Da
Chemical component information

ChemComp-CN3:
(2R,5S,11R,14R)-5,8,11-trihydroxy-2-(nonanoyloxy)-5,11-dioxido-16-oxo-14-[(propanoyloxy)methyl]-4,6,10,12,15-pentaoxa-5,11-diphosphanonadec-1-yl undecanoate

+
分子 #33: COPPER (II) ION

分子名称: COPPER (II) ION / タイプ: ligand / ID: 33 / コピー数: 1 / 式: CU
分子量理論値: 63.546 Da
Chemical component information

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

+
分子 #34: HEME-A

分子名称: HEME-A / タイプ: ligand / ID: 34 / コピー数: 2 / 式: HEA
分子量理論値: 852.837 Da
Chemical component information

ChemComp-HEA:
HEME-A

+
分子 #35: DINUCLEAR COPPER ION

分子名称: DINUCLEAR COPPER ION / タイプ: ligand / ID: 35 / コピー数: 1 / 式: CUA
分子量理論値: 127.092 Da
Chemical component information

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 1.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: ABINITIO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.23 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 203271
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
当てはまり具合の基準: Cross-Correlation coefficient
得られたモデル

PDB-6giq:
Saccharomyces cerevisiae respiratory supercomplex III2IV

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る