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タイトルEfficient and rapid isolation of native AMPA receptor complexes for cryo-EM.
ジャーナル・号・ページProtein Sci, Vol. 35, Issue 2, Page e70483, Year 2026
掲載日2026年1月24日
著者Jumi Park / Eric Gouaux /
PubMed 要旨Isolating native ion channels for structural characterization is routinely achieved by extraction from membrane fractions of tissue with prolonged mild detergent treatment. AMPA receptors (AMPARs), ...Isolating native ion channels for structural characterization is routinely achieved by extraction from membrane fractions of tissue with prolonged mild detergent treatment. AMPA receptors (AMPARs), glutamatergic receptors that mediate fast excitatory transmission and synaptic plasticity, are coassembled with diverse auxiliary subunits and transiently-interacting partners to finely regulate processes from trafficking to gating kinetics. Previous studies of the composition and architecture of native AMPARs (nAMPARs) isolated from membrane fractions of rodent brain tissue have revealed many different subunit compositions and non-stochastic assemblies of the auxiliary subunits. However, elucidating the molecular architectures of nAMPARs complexed with less populated or transiently bound proteins has proven challenging. Here, we employ strategies for the rapid solubilization and purification of nAMPARs to increase the likelihood of isolating the greatest range of nAMPARs complexes. By utilizing whole brain tissue and reducing solubilization and purification duration, we purify nAMPARs complexed with a wider variety of auxiliary subunits and binding partners in a sufficient quantity and purity for cryo-electron microscopy studies. We resolve previously unreported subunit compositions and conformations that include ones with a half-splayed ATD layer, as well as complexes with four distinct auxiliary subunit arrangements in the TMD layer.
リンクProtein Sci / PubMed:41578975 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.87 - 11.73 Å
構造データ

EMDB-73846: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2A1A2 subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-73847: Cryo-EM map of native AMPA receptor A3A2A3A2 subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.32 Å

EMDB-73848: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2A3A2 (AS1) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.42 Å

EMDB-73849: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2A3A2 (AS2) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-73850: Cryo-EM map of native AMPA receptor AxAxA1A2 subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.41 Å

EMDB-73851: Cryo-EM map of native AMPA receptor AxAxA3A2 subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.64 Å

EMDB-73852: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2AxA2 (AS1) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.08 Å

EMDB-73853: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2AxA2 (AS2) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 11.73 Å

EMDB-73854: Cryo-EM map of native AMPA receptor A3A2A2A2 (AS1) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.38 Å

EMDB-73855: Cryo-EM map of native AMPA receptor A3A2A2A2 (AS2) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.6 Å

EMDB-73856: Cryo-EM map of native AMPA receptor A3A2AxA2 subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.69 Å

EMDB-73858: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2A2A2 (AS1) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.77 Å

EMDB-73859: Cryo-EM map of native AMPA receptor A1A2A2A2 (AS2) subtype
手法: EM (単粒子) / 解像度: 9.64 Å

EMDB-73860: Cryo-EM map of TMD with 2 TARPs from all native AMPA receptor subtypes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.55 Å

73861

9z6u

EMDB-73861, PDB-9z6u:
The structure of TMD with 2 TARPs and 2 CNIHs from all native AMPA receptor subtypes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

73862

9z6v

EMDB-73862, PDB-9z6v:
The structure of TMD with 3 TARPs and 1 CNIH from all native AMPA receptor subtypes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

73863

9z6w

EMDB-73863, PDB-9z6w:
The structure of TMD with 4 TARPs from all native AMPA receptor subtypes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.99 Å

化合物

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-C14:
TETRADECANE / テトラデカン

ChemComp-XVD:
6-[2-chloro-6-(trifluoromethoxy)phenyl]-1H-benzimidazol-2-ol

ChemComp-D12:
DODECANE / ドデカン

ChemComp-OCT:
N-OCTANE / オクタン

由来
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ionotropic glutamate receptor AMPA receptor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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