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タイトルNoncanonical agonist-dependent and -independent arrestin recruitment of GPR1.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 390, Issue 6775, Page eadt8794, Year 2025
掲載日2025年11月20日
著者Heng Cai / Xiaowen Lin / Lechen Zhao / Maozhou He / Jie Yu / Bingjie Zhang / Yuandi Ma / Xiaohua Chang / Yuxuan Tang / Tianyu Luo / Jie Jiang / Mengna Ma / Wenqi Song / Limin Ma / Xiaojing Chu / Cuiying Yi / Kun Chen / Shuo Han / Cen Xie / Wenqing Shui / Qiang Zhao / Ya Zhu / Beili Wu /
PubMed 要旨G protein (heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein)-coupled receptors have diverse signaling properties with differential preferences for downstream pathways. Certain receptors, such as the ...G protein (heterotrimeric guanine nucleotide-binding protein)-coupled receptors have diverse signaling properties with differential preferences for downstream pathways. Certain receptors, such as the chemerin receptor GPR1, undergo arrestin-mediated internalization but weak G protein signaling. However, the mechanisms of this unusual signaling pattern and its physiological relevance are unclear. We report the structures of GPR1 bound to chemerin and β-arrestin 1 or β-arrestin 2 and an agonist-free GPR1-β-arrestin 1 complex. Upon agonist stimulation, the receptor binds the two arrestins in distinct interaction patterns, which may account for their differential cellular responses. Agonist-independent internalization was mediated by an inactive, constitutively phosphorylated GPR1 that accommodates β-arrestin 1 in an unconventional pocket together with a fatty acid, which potentially provides a basis for GPR1 modulating lipid accumulation in lipid-overloaded adipocytes.
リンクScience / PubMed:41264711
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.5 Å
構造データ

EMDB-64610, PDB-9uyh:
Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-64611, PDB-9uyi:
Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-64612, PDB-9uyj:
Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 3)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-64614, PDB-9uyl:
Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 1 (Conformation 4)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-64615: Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2 (focused refinement in chemerin and GPR1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-64616: Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2 (focused refinement in beta-arrestin 2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-64617: Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2 (consensus refinement)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-64618, PDB-9uym:
Composite map of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to chemerin and beta-arrestin 2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-64619, PDB-9uyn:
Cryo-EM structure of the G protein-coupled receptor 1 (GPR1) bound to beta-arrestin 1 in ligand-free state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-PAM:
PALMITOLEIC ACID / パルミトレイン酸

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • escherichia phage ecszw-2 (ファージ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / G protein-coupled receptor 1 / chemerin / beta-arrestin1 / signaling protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / beta-arrestin 2

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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