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タイトルThe Specificity of RNA Packaging in Isometric RNA Plant Viruses is Principally Determined by Replication.
ジャーナル・号・ページJ Mol Biol, Vol. 437, Issue 22, Page 169352, Year 2025
掲載日2025年11月15日
著者Keith Saunders / Sachin N Shah / Hadrien Peyret / Yulia Meshcheriakova / Jake Richardson / Sandra Eltschkner / David M Lawson / George P Lomonossoff /
PubMed 要旨A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus ...A potato virus X (PVX)-based transient expression system (pEff) that produces replicating RNA has been used to examine the specificity of RNA packaging in the isometric viruses, turnip crinkle virus (TCV) and satellite tobacco necrosis virus-1 (STNV-1). Expression of the coat proteins from the subgenomic RNA derived from the replicating PVX genome results in the efficient production of virus-like particles (VLPs), indistinguishable in structure from native virus particles, and encapsidation of both the subgenomic RNA and truncated versions of the replicating genomic RNA. Non-specific encapsidation of host RNA (which is not replicating) could not be detected in this system, implying that replication is the major determinant of packaging in isometric as well as filamentous positive-strand RNA plant viruses. We further utilised the system to investigate the role of putative packaging signals previously identified within the coat protein open reading frames of both TCV and STNV-1. The results show that eliminating the hairpin structures previously identified as packaging signals has no detectable effect on the specificity of RNA packaging. Replacement of the 213 nucleotide sequence within the TCV coat protein coding region, believed to be important for genomic packaging, with an equivalent sequence codon-optimised for Plasmodium falciparum resulted in less efficient capsid formation and RNA packaging, but did not alter packaging specificity; addition of copies of the wild-type sequence did not complement the defects. We propose that replication is the major determinant of genome packaging specificity in plant RNA viruses, while packaging signals may play a role in packaging efficiency.
リンクJ Mol Biol / PubMed:40706701
手法EM (単粒子)
解像度2.77 - 3.47 Å
構造データ

53395

9qve

EMDB-53395, PDB-9qve:
Satellite Tobacco Necrosis Virus-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

53396

9qvf

EMDB-53396, PDB-9qvf:
Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38+1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.13 Å

53397

9qvg

EMDB-53397, PDB-9qvg:
Turnip Crinkle Virus: virions (TCV-M)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

53398

9qvh

EMDB-53398, PDB-9qvh:
Turnip Crinkle Virus: virus-like particles (TCV-P38)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.47 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

由来
  • satellite tobacco necrosis virus 1 (ウイルス)
  • turnip crinkle virus (ウイルス)
キーワードVIRUS LIKE PARTICLE / ssRNA plant virus / icosahedral / RNA packaging

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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