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Structure paper

タイトルStructural basis of TACO1-mediated efficient mitochondrial translation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年2月9日
著者Shuhui Wang / Michele Brischigliaro / Yuekang Zhang / Chunxiang Wu / Wei Zheng / Antoni Barrientos / Yong Xiong /
PubMed 要旨Translation elongation is a universally conserved step in protein synthesis, relying on elongation factors that engage the ribosomal L7/L12 stalk to mediate aminoacyl-tRNA delivery, accommodation, ...Translation elongation is a universally conserved step in protein synthesis, relying on elongation factors that engage the ribosomal L7/L12 stalk to mediate aminoacyl-tRNA delivery, accommodation, and ribosomal translocation. Using in organello cryo-electron microscopy, we reveal how the mitochondrial translation accelerator TACO1 promotes efficient elongation on human mitoribosomes. TACO1 binds the mitoribosomal region typically bound by elongation factor Tu (mtEF-Tu), bridging the large and small subunits via contacts with 16S rRNA, bL12m, A-site tRNA, and uS12m. While active throughout elongation, TACO1 is especially critical when translating polyproline motifs. Its absence prolongs mtEF-Tu residence in A/T states, causes persistent mitoribosomal stalling and premature subunit dissociation. Structural analyses indicate that TACO1 competes with mtEF-Tu for mitoribosome binding, stabilizes A-site tRNA, and enhances peptidyl transfer through a mechanism distinct from EF-P and eIF5A. These findings suggest that bacterial TACO1 orthologs may serve analogous roles, highlighting an evolutionarily conserved strategy for maintaining elongation efficiency during challenging translation events.
リンクNat Commun / PubMed:41663403
手法EM (単粒子)
解像度2.46 - 3.34 Å
構造データ

EMDB-70592, PDB-9olf:
Membrane-associated human mitoribosome in complex with TACO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.46 Å

EMDB-70620: In situ mitoribosome focused on the mtSSU
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.65 Å

EMDB-70621: Consensus map of the mitoribosome complexed with TACO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

EMDB-71623, PDB-9pg8:
In situ structure of the human mitoribosome in the P-E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

EMDB-71630, PDB-9pgf:
In situ structure of the human mitoribosome in the P state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.93 Å

EMDB-71633, PDB-9pgi:
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P-E state with TACO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

EMDB-71634, PDB-9pgl:
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P state with TACO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-71635, PDB-9pgm:
In situ structure of the human mitoribosome in the P-E state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-71797, PDB-9pr4:
In Situ Structure of the Human Mitochondrial Large Subunit 39S in Complex with TACO1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.77 Å

EMDB-71802, PDB-9pra:
In Situ Structure of the Human Mitoribosome Large Subunit 39S in Complex with EF-Tu
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.83 Å

EMDB-71809, PDB-9prd:
In situ structure of the human mitoribosome in the P state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.31 Å

EMDB-71811, PDB-9prq:
In situ structure of human mitoribosome in the A/T-P state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-71815, PDB-9prx:
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

EMDB-71818, PDB-9ps0:
In situ structure of the human mitoribosome in the A/P-P/E state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

EMDB-71825, PDB-9ps7:
In situ structure of the human mitoribosome in the A/T-P-E state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-71828, PDB-9psi:
In situ structure of the human mitoribosome in the A-P-E state from TACO1-knockout cells
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.12 Å

EMDB-71829, PDB-9psm:
In situ structure of the human mitoribosome in the A/P-P/E state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.98 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-SPD:
SPERMIDINE / スペルミジン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-PUT:
1,4-DIAMINOBUTANE / プトレシン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-SPM:
SPERMINE / スペルミン

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-VAL:
VALINE / バリン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードRIBOSOME / mitochondria / mitoribosome / inner membrane / mitochondrial ribosome

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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