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Structure paper

タイトルConformational landscape of the mycobacterial inosine 5'-monophosphate dehydrogenase octamerization interface.
ジャーナル・号・ページJ Struct Biol, Vol. 217, Issue 2, Page 108198, Year 2025
掲載日2025年3月17日
著者Ondřej Bulvas / Zdeněk Knejzlík / Anatolij Filimoněnko / Tomáš Kouba / Iva Pichová /
PubMed 要旨Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH), a key enzyme in bacterial purine metabolism, plays an essential role in the biosynthesis of guanine nucleotides and shows promise as a target for ...Inosine 5'-monophosphate dehydrogenase (IMPDH), a key enzyme in bacterial purine metabolism, plays an essential role in the biosynthesis of guanine nucleotides and shows promise as a target for antimicrobial drug development. Despite its significance, the conformational dynamics and substrate-induced structural changes in bacterial IMPDH remain poorly understood, particularly with respect to its octameric assembly. Using cryo-EM, we present full-length structures of IMPDH from Mycobacterium smegmatis (MsmIMPDH) captured in a reaction intermediate state, revealing conformational changes upon substrate binding. The structures feature resolved flexible loops that coordinate the binding of the substrate, the cofactor, and the K ion. Our structural analysis identifies a novel octamerization interface unique to MsmIMPDH. Additionally, a previously unobserved barrel-like density suggests potential self-interactions within the C-terminal regions, hinting at a regulatory mechanism tied to assembly and function of the enzyme. These data provide insights into substrate-induced conformational dynamics and novel interaction interfaces in MsmIMPDH, potentially informing the development of IMPDH-targeted drugs.
リンクJ Struct Biol / PubMed:40107326
手法EM (単粒子)
解像度2.39 - 3.01 Å
構造データ

52559

9i0k

EMDB-52559, PDB-9i0k:
Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) E-XMP* intermediate, compressed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.73 Å

52560

9i0l

EMDB-52560, PDB-9i0l:
Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) E-XMP* intermediate, extended
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.39 Å

52561

9i0m

EMDB-52561, PDB-9i0m:
Mycobacterium smegmatis inosine monophosphate dehydrogenase (IMPDH) saturating ATP+IMP-bound form, extended
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.01 Å

化合物

ChemComp-IMP:
INOSINIC ACID

ChemComp-NAD:
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / NAD*YM

ChemComp-K:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • mycolicibacterium smegmatis mc2 155 (バクテリア)
キーワードOXIDOREDUCTASE / Octamer / reaction intermediate / Purine metabolism / IMPDH / ligand complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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