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タイトルResolving native GABA receptor structures from the human brain.
ジャーナル・号・ページNature, Vol. 638, Issue 8050, Page 562-568, Year 2025
掲載日2025年1月22日
著者Jia Zhou / Colleen M Noviello / Jinfeng Teng / Haley Moore / Bradley Lega / Ryan E Hibbs /
PubMed 要旨Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors (GABA receptors) mediate most fast inhibitory signalling in the brain and are targets for drugs that treat epilepsy, anxiety, depression and insomnia and ...Type A GABA (γ-aminobutyric acid) receptors (GABA receptors) mediate most fast inhibitory signalling in the brain and are targets for drugs that treat epilepsy, anxiety, depression and insomnia and for anaesthetics. These receptors comprise a complex array of 19 related subunits, which form pentameric ligand-gated ion channels. The composition and structure of native GABA receptors in the human brain have been inferred from subunit localization in tissue, functional measurements and structural analysis from recombinant expression and in mice. However, the arrangements of subunits that co-assemble physiologically in native human GABA receptors remain unknown. Here we isolated α1 subunit-containing GABA receptors from human patients with epilepsy. Using cryo-electron microscopy, we defined a set of 12 native subunit assemblies and their 3D structures. We address inconsistencies between previous native and recombinant approaches, and reveal details of previously undefined subunit interfaces. Drug-like densities in a subset of these interfaces led us to uncover unexpected activity on the GABA receptor of antiepileptic drugs and resulted in localization of one of these drugs to the benzodiazepine-binding site. Proteomics and further structural analysis suggest interactions with the auxiliary subunits neuroligin 2 and GARLH4, which localize and modulate GABA receptors at inhibitory synapses. This work provides a structural foundation for understanding GABA receptor signalling and targeted pharmacology in the human brain.
リンクNature / PubMed:39843743 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.9 - 3.74 Å
構造データ

EMDB-45878, PDB-9crs:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta2-alpha1-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-45884, PDB-9crv:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-gamma2-beta2-alpha2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.18 Å

EMDB-45890, PDB-9csb:
Native human GABAA receptor of beta3-alpha1-beta2-alpha2-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.34 Å

EMDB-45894, PDB-9ct0:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta2-alpha2-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-45908, PDB-9ctj:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta3-alpha2-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.74 Å

EMDB-45914, PDB-9ctp:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta2-alpha3-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-45920, PDB-9ctv:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-gamma2-beta1-alpha2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-45980, PDB-9cx7:
Native human GABAA receptor of beta3-alpha1-gamma2-beta3-alpha2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-45983, PDB-9cxa:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta3-alpha1-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-45984, PDB-9cxb:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta1-alpha2-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.33 Å

EMDB-45985, PDB-9cxc:
Native human GABAA receptor of beta3-alpha1-gamma2-beta2-alpha2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-45986, PDB-9cxd:
Native human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta1-beta1-gamma2 assembly
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

EMDB-47132, PDB-9drx:
Human GABAA receptor of beta2-alpha1-beta2-alpha1-gamma2 subtype in complex with GABA plus Lamotrigine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

化合物

ChemComp-ABU:
GAMMA-AMINO-BUTANOIC ACID / GABA / 神経伝達物質, 阻害剤*YM

ChemComp-PIO:
[(2R)-2-octanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propyl] octanoate / 1-O-(1-O,2-O-ジオクタノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)-D-myo-イノシト-ル4,5-ビスりん酸

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン

ChemComp-IYJ:
(6M)-6-(2,3-dichlorophenyl)-1,2,4-triazine-3,5-diamine / ラモトリギン

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • mus musculoides (ネズミ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion channels / heteropentamer / receptors / ihibitory. / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / Receptor / Inhibitory. / Native / GABAA / ligand gated ion channel / neurotransmitter receptor

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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