[日本語] English
万見文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructural insights into the agonist selectivity of the adenosine A receptor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 9294, Year 2024
掲載日2024年11月7日
著者Hidetaka S Oshima / Akiko Ogawa / Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Tomoyoshi Kawakami / Aika Iwama / Hiroyuki H Okamoto / Chisae Nagiri / Fan-Yan Wei / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
PubMed 要旨Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important ...Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important roles in neuron, heart, and immune cells, and is often overexpressed in tumors, highlighting the therapeutic potential of AR-selective agents. Recently, we identified RNA-derived N-methyladenosine (mA) as an endogenous agonist for AR, suggesting the relationship between RNA-derived modified adenosine and AR. Despite extensive studies on the other adenosine receptors, the selectivity mechanism of AR, especially for AR-selective agonists such as mA and namodenoson, remained elusive. Here, we identify tRNA-derived N-isopentenyl adenosine (iA) as an AR-selective ligand via screening of modified nucleosides against the adenosine receptors. Like mA, iA is found in the human body and may be an endogenous AR ligand. Our cryo-EM analyses elucidate the AR-G complexes bound to adenosine, 5'-N-ethylcarboxamidoadenosine (NECA), mA, iA, and namodenoson at overall resolutions of 3.27 Å (adenosine), 2.86 Å (NECA), 3.19 Å (mA), 3.28 Å (iA), and 3.20 Å (namodenoson), suggesting the selectivity and activation mechanism of AR. We further conduct structure-guided engineering of mA-insensitive AR, which may aid future research targeting mA and AR, providing a molecular basis for future drug discovery.
リンクNat Commun / PubMed:39511145 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 3.66 Å
構造データ

39278

8yh0

EMDB-39278, PDB-8yh0:
A3R-Gi complex bound to NECA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

39279

8yh2

EMDB-39279, PDB-8yh2:
A3R-Gi complex bound to adenosine
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

39280

8yh3

EMDB-39280, PDB-8yh3:
A3R-Gi complex bound to m6A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

39281

8yh5

EMDB-39281, PDB-8yh5:
A3R-Gi complex bound to i6A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.66 Å

39282

8yh6

EMDB-39282, PDB-8yh6:
A3R-Gi complex bound to namodenoson
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.62 Å

EMDB-61664: A3R-Gi complex bound to NECA (G protein focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-61666: A3R-Gi complex bound to NECA (receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.04 Å

EMDB-61668: A3R-Gi complex bound to adenosine (receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-61670: A3R-Gi complex bound to adenosine (G protein focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.19 Å

EMDB-61673: A3R-Gi complex bound to m6a (receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.44 Å

EMDB-61674: A3R-Gi complex bound to NECA (G protein focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-61675: A3R-Gi complex bound to i6a (receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.41 Å

EMDB-61676: A3R-Gi complex bound to i6a (G protein focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.14 Å

EMDB-61677: A3R-Gi complex bound to namodenoson (receptor focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

EMDB-61678: A3R-Gi complex bound to namodenoson (G protein focused)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.02 Å

化合物

ChemComp-NEC:
N-ETHYL-5'-CARBOXAMIDO ADENOSINE / NECA

ChemComp-ADN:
ADENOSINE / アデノシン

ChemComp-6MD:
N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン

ChemComp-ZIR:
N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine / イソペンテニルアデノシン


化合物 画像なし

ChemComp-XS0:
Unknown entry

由来
  • ovis aries (ヒツジ)
  • homo sapiens (ヒト)
  • rattus rattus (エジプトネズミ)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
  • human orthopneumovirus (ウイルス)
  • human respiratory syncytial virus (ウイルス)
  • bos taurus (ウシ)
  • influenza a virus (a/victoria/3/1975(h3n2)) (A型インフルエンザウイルス)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / complex / adenosine receptor / adenosine / g protein

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る