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万見
- EMDB-39281: A3R-Gi complex bound to i6A -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-39281
タイトルA3R-Gi complex bound to i6A
マップデータ
試料
  • 複合体: A3R-Gi complex bound to i6a
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera
    • タンパク質・ペプチド: scfv16
  • リガンド: N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine
キーワードGPCR / G protein / adenosine receptor / adenosine / complex / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G protein-coupled adenosine receptor activity / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G protein-coupled adenosine receptor activity / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of protein localization to cell cortex / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / viral budding from plasma membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / host cell surface receptor binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / fusion of virus membrane with host plasma membrane / GTPase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / synapse / viral envelope / centrosome / dendrite / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine A3 receptor / Adenosine receptor / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / G-protein alpha subunit, group I / Green fluorescent protein-related ...Adenosine A3 receptor / Adenosine receptor / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / G-protein alpha subunit, group I / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GFP / Hemagglutinin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenosine receptor A3
類似検索 - 構成要素
生物種Ovis aries (ヒツジ) / Rattus rattus (エジプトネズミ) / Bos taurus (ウシ) / Mus musculus (ハツカネズミ) / human respiratory syncytial virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.66 Å
データ登録者Oshima HS / Shihoya W / Nureki O
資金援助 日本, 1件
OrganizationGrant number国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the agonist selectivity of the adenosine A receptor.
著者: Hidetaka S Oshima / Akiko Ogawa / Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Tomoyoshi Kawakami / Aika Iwama / Hiroyuki H Okamoto / Chisae Nagiri / Fan-Yan Wei / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important ...Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important roles in neuron, heart, and immune cells, and is often overexpressed in tumors, highlighting the therapeutic potential of AR-selective agents. Recently, we identified RNA-derived N-methyladenosine (mA) as an endogenous agonist for AR, suggesting the relationship between RNA-derived modified adenosine and AR. Despite extensive studies on the other adenosine receptors, the selectivity mechanism of AR, especially for AR-selective agonists such as mA and namodenoson, remained elusive. Here, we identify tRNA-derived N-isopentenyl adenosine (iA) as an AR-selective ligand via screening of modified nucleosides against the adenosine receptors. Like mA, iA is found in the human body and may be an endogenous AR ligand. Our cryo-EM analyses elucidate the AR-G complexes bound to adenosine, 5'-N-ethylcarboxamidoadenosine (NECA), mA, iA, and namodenoson at overall resolutions of 3.27 Å (adenosine), 2.86 Å (NECA), 3.19 Å (mA), 3.28 Å (iA), and 3.20 Å (namodenoson), suggesting the selectivity and activation mechanism of AR. We further conduct structure-guided engineering of mA-insensitive AR, which may aid future research targeting mA and AR, providing a molecular basis for future drug discovery.
履歴
登録2024年2月27日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2025年6月18日-
現状2025年6月18日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_39281.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_39281.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 35.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å		1.11 Å/pix.
x 210 pix.
= 233.1 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.11 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.07
最小 - 最大-21.10474 - 37.661625000000001
平均 (標準偏差)0.0019296176 (±1.084067)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ210210210
Spacing210210210
セルA=B=C: 233.1 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : A3R-Gi complex bound to i6a

全体名称: A3R-Gi complex bound to i6a
要素
  • 複合体: A3R-Gi complex bound to i6a
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
    • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
    • タンパク質・ペプチド: Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera
    • タンパク質・ペプチド: scfv16
  • リガンド: N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine

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超分子 #1: A3R-Gi complex bound to i6a

超分子名称: A3R-Gi complex bound to i6a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2, #4, #3
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)

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分子 #1: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Rattus rattus (エジプトネズミ)
分子量理論値: 40.586332 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD ...文字列:
MGSLLQSELD QLRQEAEQLK NQIRDARKAC ADATLSQITN NIDPVGRIQM RTRRTLRGHL AKIYAMHWGT DSRLLVSASQ DGKLIIWDS YTTNKVHAIP LRSSWVMTCA YAPSGNYVAC GGLDNICSIY NLKTREGNVR VSRELAGHTG YLSCCRFLDD N QIVTSSGD TTCALWDIET GQQTTTFTGH TGDVMSLSLA PDTRLFVSGA CDASAKLWDV REGMCRQTFT GHESDINAIC FF PNGNAFA TGSDDATCRL FDLRADQELM TYSHDNIICG ITSVSFSKSG RLLLAGYDDF NCNVWDALKA DRAGVLAGHD NRV SCLGVT DDGMAVATGS WDSFLKIWNG ASGGGSGGNS GSSGGSSGVS GWRLFKKIS

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2...

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bos taurus (ウシ)
分子量理論値: 48.846695 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS I IAIIRAMG ...文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI LGSAGSAGSA MCTLSAEDK AAVERSKMID RNLREDGEKA AREVKLLLLG AGESGKSTIV KQMKIIHEAG YSEEECKQYK AVVYSNTIQS I IAIIRAMG RLKIDFGDSA RADDARQLFV LAGAAEEGFM TAELAGVIKR LWKDSGVQAC FNRSREYQLN DSAAYYLNDL DR IAQPNYI PTQQDVLRTR VKTTGIVETH FTFKDLHFKM FDVGGQRSER KKWIHCFEGV TAIIFCVALS DYDLVLAEDE EMN RMHESM KLFDSICNNK WFTDTSIILF LNKKDLFEEK IKKSPLTICY PEYAGSNTYE EAAAYIQCQF EDLNKRKDTK EIYT HFTCA TDTKNVQFVF DAVTDVIIKN NLKDCGLF

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2, Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1

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分子 #3: scfv16

分子名称: scfv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 27.720795 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KAAAASSEDL YFQ

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分子 #4: Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera

分子名称: Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: human respiratory syncytial virus (ウイルス)
分子量理論値: 88.315891 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGPVNS TAVSWTSVTY ITVEILIGLC AIVGNVLVIW VVKLNPSLQT TTFYFIVSLA LADIAVGVL VMPLAIVISL GVTIHFYSCL FMTCLMLIFT HASIMSLLAI AVDRYLRVKL TVRYRRVTTQ RRIWLALGLC W LVSFLVGL ...文字列:
MKTIIALSYI FCLVFADYKD DDDAMGPVNS TAVSWTSVTY ITVEILIGLC AIVGNVLVIW VVKLNPSLQT TTFYFIVSLA LADIAVGVL VMPLAIVISL GVTIHFYSCL FMTCLMLIFT HASIMSLLAI AVDRYLRVKL TVRYRRVTTQ RRIWLALGLC W LVSFLVGL TPMFGWNMKL SSADENLTFL PCRFRSVMRM DYMVYFSFFL WILVPLVVMC AIYFDIFYII RNRLSQSFSG SR ETGAFYG REFKTAKSLL LVLFLFALCW LPLSIINCIL YFDGQVPQTV LYLGILLSHA NSMMNPIVYA YKIKKFKETY LLI LKACVI CQPSKSMDPS TEQTSEGSGG GGSGGSSSGG VFTLEDFVGD WEQTAAYNLD QVLEQGGVSS LLQNLAVSVT PIQR IVRSG ENALKIDIHV IIPYEGLSAD QMAQIEEVFK VVYPVDDHHF KVILPYGTLV IDGVTPNMLN YFGRPYEGIA VFDGK KITV TGTLWNGNKI IDERLITPDG SMLFRVTINS GGSGGGGSGG SSSGGLEVLF QGPGSAAAAV SKGEELFTGV VPILVE LDG DVNGHKFSVS GEGEGDATYG KLTLKFICTT GKLPVPWPTL VTTLTYGVQC FSRYPDHMKQ HDFFKSAMPE GYVQERT IF FKDDGNYKTR AEVKFEGDTL VNRIELKGID FKEDGNILGH KLEYNYNSHN VYIMADKQKN GIKVNFKIRH NIEDGSVQ L ADHYQQNTPI GDGPVLLPDN HYLSTQSKLS KDPNEKRDHM VLLEFVTAAG ITLGMDELYK SGLRSHHHHH HHH

UniProtKB: Hemagglutinin, Adenosine receptor A3, GFP

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分子 #5: N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine

分子名称: N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ZIR
分子量理論値: 335.358 Da
Chemical component information

ChemComp-ZIR:
N-(3-methylbut-2-en-1-yl)adenosine / イソペンテニルアデノシン

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.66 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 141536
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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