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万見
- PDB-8yh3: A3R-Gi complex bound to m6A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8yh3
タイトルA3R-Gi complex bound to m6A
要素
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
  • Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
  • Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera
  • scfv16
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / adenosine receptor / adenosine / G protein / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G protein-coupled adenosine receptor activity / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor ...Adenylate cyclase inhibitory pathway / Olfactory Signaling Pathway / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / G protein-coupled adenosine receptor activity / Activation of the phototransduction cascade / Activation of G protein gated Potassium channels / G-protein activation / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through PLC beta / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Thromboxane signalling through TP receptor / Presynaptic function of Kainate receptors / G beta:gamma signalling through CDC42 / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / G alpha (12/13) signalling events / Glucagon-type ligand receptors / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / Ca2+ pathway / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / G alpha (z) signalling events / Extra-nuclear estrogen signaling / G alpha (s) signalling events / G alpha (q) signalling events / G alpha (i) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / positive regulation of protein localization to cell cortex / G protein-coupled serotonin receptor binding / cellular response to forskolin / regulation of mitotic spindle organization / viral budding from plasma membrane / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / G protein-coupled receptor binding / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / GDP binding / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / midbody / cell cortex / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; GTPに作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / host cell surface receptor binding / G protein-coupled receptor signaling pathway / cell division / fusion of virus membrane with host plasma membrane / GTPase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / synapse / viral envelope / centrosome / dendrite / protein-containing complex binding
類似検索 - 分子機能
Adenosine A3 receptor / Adenosine receptor / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / G-protein alpha subunit, group I / Green fluorescent protein-related ...Adenosine A3 receptor / Adenosine receptor / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Green fluorescent protein, GFP / G-protein alpha subunit, group I / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
N-methyladenosine / GFP / Hemagglutinin / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 / Adenosine receptor A3
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus rattus (エジプトネズミ)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Ovis aries (ヒツジ)
human respiratory syncytial virus (ウイルス)
Homo sapiens (ヒト)
Bos taurus (ウシ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Oshima, H.S. / Shihoya, W. / Nureki, O.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)21H05037 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into the agonist selectivity of the adenosine A receptor.
著者: Hidetaka S Oshima / Akiko Ogawa / Fumiya K Sano / Hiroaki Akasaka / Tomoyoshi Kawakami / Aika Iwama / Hiroyuki H Okamoto / Chisae Nagiri / Fan-Yan Wei / Wataru Shihoya / Osamu Nureki /
要旨: Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important ...Adenosine receptors play pivotal roles in physiological processes. Adenosine A receptor (AR), the most recently identified adenosine receptor, is expressed in various tissues, exhibiting important roles in neuron, heart, and immune cells, and is often overexpressed in tumors, highlighting the therapeutic potential of AR-selective agents. Recently, we identified RNA-derived N-methyladenosine (mA) as an endogenous agonist for AR, suggesting the relationship between RNA-derived modified adenosine and AR. Despite extensive studies on the other adenosine receptors, the selectivity mechanism of AR, especially for AR-selective agonists such as mA and namodenoson, remained elusive. Here, we identify tRNA-derived N-isopentenyl adenosine (iA) as an AR-selective ligand via screening of modified nucleosides against the adenosine receptors. Like mA, iA is found in the human body and may be an endogenous AR ligand. Our cryo-EM analyses elucidate the AR-G complexes bound to adenosine, 5'-N-ethylcarboxamidoadenosine (NECA), mA, iA, and namodenoson at overall resolutions of 3.27 Å (adenosine), 2.86 Å (NECA), 3.19 Å (mA), 3.28 Å (iA), and 3.20 Å (namodenoson), suggesting the selectivity and activation mechanism of AR. We further conduct structure-guided engineering of mA-insensitive AR, which may aid future research targeting mA and AR, providing a molecular basis for future drug discovery.
履歴
登録2024年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02024年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
R: Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera
A: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
S: scfv16
G: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)254,5986
ポリマ－254,3165
非ポリマー2811
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

#1: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Transducin beta chain 1


分子量: 40586.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rattus rattus (エジプトネズミ)
遺伝子: GNB1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P62871
#2: タンパク質 Hemagglutinin,Adenosine receptor A3,GFP chimera


分子量: 88315.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Influenza A virus (A/Victoria/3/1975(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス), (組換発現) Ovis aries (ヒツジ), (組換発現) human respiratory syncytial virus (ウイルス)
遺伝子: HA, ADORA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: P03435, UniProt: W5QED6, UniProt: A0A5P9VSM6
#3: タンパク質 Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2,Guanine nucleotide-binding protein G(i) subunit alpha-1 chimera / G gamma-I / Adenylate cyclase-inhibiting G alpha protein


分子量: 48846.695 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Bos taurus (ウシ)
遺伝子: GNG2, GNAI1 / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P59768, UniProt: P63097
#4: 抗体 scfv16


分子量: 27720.795 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 細胞株 (発現宿主): HEK293 / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#5: 化合物 ChemComp-6MD / N-methyladenosine / N6-メチルアデノシン


分子量: 281.268 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: A3R-Gi complex bound to m6A / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1, #3, #2, #4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Ovis aries (ヒツジ)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1600 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm
撮影電子線照射量: 50 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 144012 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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