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タイトルStructural basis of the bacterial flagellar motor rotational switching.
ジャーナル・号・ページCell Res, Vol. 34, Issue 11, Page 788-801, Year 2024
掲載日2024年8月23日
著者Jiaxing Tan / Ling Zhang / Xingtong Zhou / Siyu Han / Yan Zhou / Yongqun Zhu /
PubMed 要旨The bacterial flagellar motor is a huge bidirectional rotary nanomachine that drives rotation of the flagellum for bacterial motility. The cytoplasmic C ring of the flagellar motor functions as the ...The bacterial flagellar motor is a huge bidirectional rotary nanomachine that drives rotation of the flagellum for bacterial motility. The cytoplasmic C ring of the flagellar motor functions as the switch complex for the rotational direction switching from counterclockwise to clockwise. However, the structural basis of the rotational switching and how the C ring is assembled have long remained elusive. Here, we present two high-resolution cryo-electron microscopy structures of the C ring-containing flagellar basal body-hook complex from Salmonella Typhimurium, which are in the default counterclockwise state and in a constitutively active CheY mutant-induced clockwise state, respectively. In both complexes, the C ring consists of four subrings, but is in two different conformations. The CheY proteins are bound into an open groove between two adjacent protomers on the surface of the middle subring of the C ring and interact with the FliG and FliM subunits. The binding of the CheY protein induces a significant upward shift of the C ring towards the MS ring and inward movements of its protomers towards the motor center, which eventually remodels the structures of the FliG subunits and reverses the orientations and surface electrostatic potential of the α helices to trigger the counterclockwise-to-clockwise rotational switching. The conformational changes of the FliG subunits reveal that the stator units on the motor require a relocation process in the inner membrane during the rotational switching. This study provides unprecedented molecular insights into the rotational switching mechanism and a detailed overall structural view of the bacterial flagellar motors.
リンクCell Res / PubMed:39179739 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.75 - 7.4 Å
構造データ

EMDB-37547, PDB-8wht:
Cryo-EM structure of the LP ring within the flagellar motor-hook complex in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.75 Å

EMDB-37570, PDB-8wiw:
Cryo-EM structure of the flagellar C ring in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.6 Å

EMDB-37590, PDB-8wjr:
Cryo-EM structure of the MS ring (C34) within the flagellar motor-hook complex in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-37594, PDB-8wk3:
Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37595, PDB-8wk4:
Cryo-EM structure of the MS ring with FlgB and FliE within the flagellar motor-hook complex in the CW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-37600, PDB-8wki:
Cryo-EM structure of the distal rod-hook within the flagellar motor-hook complex in the CW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37601, PDB-8wkk:
Cryo-EM structure of the whole rod with export apparatus and hook within the flagellar motor-hook complex in the CW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-37605, PDB-8wkq:
Cryo-EM structure of the MS ring (C1) with export apparatus and proximal rod within the flagellar motor-hook complex in the CW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-37611, PDB-8wl2:
Cryo-EM structure of the membrane-anchored part of the flagellar motor-hook complex in the CW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-37618, PDB-8wle:
Cryo-EM structure of the LP ring within the flagellar motor-hook complex in the CCW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-37619, PDB-8wlh:
Cryo-EM structure of the proximal rod-export apparatus and FlgF within the motor-hook complex in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

EMDB-37620, PDB-8wli:
Cryo-EM structure of the MS ring (C34) within the flagellar motor-hook complex in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-37625, PDB-8wln:
Cryo-EM structure of the MS ring with export apparatus and proximal rod within the motor-hook complex in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-37627, PDB-8wlp:
Cryo-EM structure of the distal rod-hook within the flagellar motor-hook complex in the CCW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-37628, PDB-8wlq:
Cryo-EM structure of the whole rod-export apparatus with hook within the flagellar motor-hook complex in the CCW state.
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-37630, PDB-8wlt:
Cryo-EM structure of the membrane-anchored part of the flagellar motor-hook complex in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-37679, PDB-8wo5:
Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.4 Å

EMDB-37684, PDB-8woe:
Cryo-EM structure of the intact flagellar motor-hook complex in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-38546, PDB-8xp0:
Cryo-EM structure of the protomers of the C ring in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-38547, PDB-8xp1:
Cryo-EM structure of the protomers of the C ring in the CW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.4 Å

EMDB-39349, PDB-8yjt:
Cryo-EM structure of the flagellar C ring in the CCW state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.9 Å

由来
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium str. lt2 (サルモネラ菌)
キーワードMOTOR PROTEIN / Flagellum / Flagellar motor / LP ring / C ring / Switch complex / MS ring / Proximal rod / Export apparatus / FlgF / Rod / Hook / CheY / motor / rotation / FliF / FliG / FliM / FliN

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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