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Structure paper

タイトルStructural insights into AtABCG25, an angiosperm-specific abscisic acid exporter.
ジャーナル・号・ページPlant Commun, Vol. 5, Issue 1, Page 100776, Year 2024
掲載日2024年1月8日
著者Jian Xin / Yeling Zhou / Yichun Qiu / He Geng / Yuzhu Wang / Yi Song / Jiansheng Liang / Kaige Yan /
PubMed 要旨Cellular hormone homeostasis is essential for precise spatial and temporal signaling responses and plant fitness. Abscisic acid (ABA) plays pivotal roles in orchestrating various developmental and ...Cellular hormone homeostasis is essential for precise spatial and temporal signaling responses and plant fitness. Abscisic acid (ABA) plays pivotal roles in orchestrating various developmental and stress responses and confers fitness benefits over ecological and evolutionary timescales in terrestrial plants. Cellular ABA level is regulated by complex processes, including biosynthesis, catabolism, and transport. AtABCG25 is the first ABA exporter identified through genetic screening and affects diverse ABA responses. Resolving the structural basis of ABA export by ABCG25 is critical for further manipulations of ABA homeostasis and plant fitness. We used cryo-electron microscopy to elucidate the structural dynamics of AtABCG25 and successfully characterized different states, including apo AtABCG25, ABA-bound AtABCG25, and ATP-bound AtABCG25 (E232Q). Notably, AtABCG25 forms a homodimer that features a deep, slit-like cavity in the transmembrane domain, and we precisely characterized the critical residues in the cavity where ABA binds. ATP binding triggers closure of the nucleotide-binding domains and conformational transitions in the transmembrane domains. We show that AtABCG25 belongs to a conserved ABCG subfamily that originated during the evolution of angiosperms. This subfamily neofunctionalized to regulate seed germination via the endosperm, in concert with the evolution of this angiosperm-specific, embryo-nourishing tissue. Collectively, these findings provide valuable insights into the intricate substrate recognition and transport mechanisms of the ABA exporter AtABCG25, paving the way for genetic manipulation of ABA homeostasis and plant fitness.
リンクPlant Commun / PubMed:38050355 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.87 - 3.23 Å
構造データ

37397

8wam

EMDB-37397, PDB-8wam:
Cryo-EM structure of the ABCG25 E232Q mutant bound to ATP and Magnesium
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

37418

8wba

EMDB-37418, PDB-8wba:
Cryo-EM structure of the ABCG25 bound to CHS
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

37426

8wbx

EMDB-37426, PDB-8wbx:
Cryo-EM structure of the ABCG25 bound to ABA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.23 Å

37455

8wd6

EMDB-37455, PDB-8wd6:
Cryo-EM structure of the ABCG25
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.87 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / コレステリルヘミスクシナ-ト

ChemComp-A8S:
(2Z,4E)-5-[(1S)-1-hydroxy-2,6,6-trimethyl-4-oxocyclohex-2-en-1-yl]-3-methylpenta-2,4-dienoic acid / アブシジン酸 / ホルモン*YM / アブシシン酸

由来
  • Arabidopsis arenosa (植物)
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / exporter / complex / transporter (運搬体タンパク質) / MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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