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タイトルContributing factors to the oxidation-induced mutational landscape in human cells.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 15, Issue 1, Page 10722, Year 2024
掲載日2024年12月23日
著者Cameron Cordero / Kavi P M Mehta / Tyler M Weaver / Justin A Ling / Bret D Freudenthal / David Cortez / Steven A Roberts /
PubMed 要旨8-oxoguanine (8-oxoG) is a common oxidative DNA lesion that causes G > T substitutions. Determinants of local and regional differences in 8-oxoG-induced mutability across genomes are currently ...8-oxoguanine (8-oxoG) is a common oxidative DNA lesion that causes G > T substitutions. Determinants of local and regional differences in 8-oxoG-induced mutability across genomes are currently unknown. Here, we show DNA oxidation induces G > T substitutions and insertion/deletion (INDEL) mutations in human cells and cancers. Potassium bromate (KBrO)-induced 8-oxoGs occur with similar sequence preferences as their derived substitutions, indicating that the reactivity of specific oxidants dictates mutation sequence specificity. While 8-oxoG occurs uniformly across chromatin, 8-oxoG-induced mutations are elevated in compact genomic regions, within nucleosomes, and at inward facing guanines within strongly positioned nucleosomes. Cryo-electron microscopy structures of OGG1-nucleosome complexes indicate that these effects originate from OGG1's ability to flip outward positioned 8-oxoG lesions into the catalytic pocket while inward facing lesions are occluded by the histone octamer. Mutation spectra from human cells with DNA repair deficiencies reveals contributions of a DNA repair network limiting 8-oxoG mutagenesis, where OGG1- and MUTYH-mediated base excision repair is supplemented by the replication-associated factors Pol η and HMCES. Transcriptional asymmetry of KBrO-induced mutations in OGG1- and Pol η-deficient cells also demonstrates transcription-coupled repair can prevent 8-oxoG-induced mutation. Thus, oxidant chemistry, chromatin structures, and DNA repair processes combine to dictate the oxidative mutational landscape in human genomes.
リンクNat Commun / PubMed:39715760 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.0 - 3.7 Å
構造データ

43595

8vws

EMDB-43595, PDB-8vws:
Nucleosome containing 8oxoG at SHL-6
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

43596

8vwt

EMDB-43596, PDB-8vwt:
OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43597: OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43598: OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (NCP local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-43599: OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL-6 (OGG1/DNA local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

43600

8vwu

EMDB-43600, PDB-8vwu:
Nucleosome containing 8oxoG at SHL4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

43601

8vwv

EMDB-43601, PDB-8vwv:
OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (composite map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43602: OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (consensus map)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-43603: OGG1 bound to a nucleosome containing 8oxoG at SHL4 (OGG1/DNA local refine)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • synthetic construct (人工物)
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Nucleosome / 8-oxo-guanine DNA Glycosylase I / DNA Repair / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex / OGG1

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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