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Structure paper

タイトルStructural insights into CXCR4 modulation and oligomerization.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 32, Issue 2, Page 315-325, Year 2025
掲載日2024年9月23日
著者Kei Saotome / Luke L McGoldrick / Jo-Hao Ho / Trudy F Ramlall / Sweta Shah / Michael J Moore / Jee Hae Kim / Raymond Leidich / William C Olson / Matthew C Franklin /
PubMed 要旨Activation of the chemokine receptor CXCR4 by its chemokine ligand CXCL12 regulates diverse cellular processes. Previously reported crystal structures of CXCR4 revealed the architecture of an ...Activation of the chemokine receptor CXCR4 by its chemokine ligand CXCL12 regulates diverse cellular processes. Previously reported crystal structures of CXCR4 revealed the architecture of an inactive, homodimeric receptor. However, many structural aspects of CXCR4 remain poorly understood. Here, we use cryo-electron microscopy to investigate various modes of human CXCR4 regulation. CXCL12 activates CXCR4 by inserting its N terminus deep into the CXCR4 orthosteric pocket. The binding of US Food and Drug Administration-approved antagonist AMD3100 is stabilized by electrostatic interactions with acidic residues in the seven-transmembrane-helix bundle. A potent antibody blocker, REGN7663, binds across the extracellular face of CXCR4 and inserts its complementarity-determining region H3 loop into the orthosteric pocket. Trimeric and tetrameric structures of CXCR4 reveal modes of G-protein-coupled receptor oligomerization. We show that CXCR4 adopts distinct subunit conformations in trimeric and tetrameric assemblies, highlighting how oligomerization could allosterically regulate chemokine receptor function.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:39313635 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.72 - 3.38 Å
構造データ

41888

8u4n

EMDB-41888, PDB-8u4n:
Structure of Apo CXCR4/Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.72 Å

41889

8u4o

EMDB-41889, PDB-8u4o:
Structure of CXCL12-bound CXCR4/Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.29 Å

41890

8u4p

EMDB-41890, PDB-8u4p:
Structure of AMD3100-bound CXCR4/Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.15 Å

41891

8u4q

EMDB-41891, PDB-8u4q:
Structure of REGN7663 Fab-bound CXCR4/Gi complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.36 Å

41892

8u4r

EMDB-41892, PDB-8u4r:
Structure of REGN7663-Fab bound CXCR4
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

41893

8u4s

EMDB-41893, PDB-8u4s:
Structure of trimeric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.35 Å

41894

8u4t

EMDB-41894, PDB-8u4t:
Structure of tetrameric CXCR4 in complex with REGN7663 Fab
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.38 Å

化合物

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル


化合物 画像なし

ChemComp-VH6:
Unknown entry

ChemComp-D21:
(2R)-1-(hexadecanoyloxy)-3-(phosphonooxy)propan-2-yl (9Z)-octadec-9-enoate

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / chemokine receptor / chemokine / plerixafor / AMD3100 / SIGNALING PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / antibody / Fab / SIGNALING PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex / trimer / oligomer / tetramer

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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