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タイトルCryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 51, Issue 5, Page 2011-2032, Year 2023
掲載日2023年3月21日
著者Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej Chramiec-Głąbik / Anna Biela / Dominika Dobosz / Ting-Yu Lin / Nour-El-Hana Abbassi / Alexander Hammermeister / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Raffael Schaffrath / Sebastian Glatt /
PubMed 要旨Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition ...Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition of chemical groups. Modifications in the tRNA anticodons are directly influencing ribosome decoding and dynamics during translation elongation and are crucial for maintaining proteome integrity. In eukaryotes, wobble uridines are modified by Elongator, a large and highly conserved macromolecular complex. Elongator consists of two subcomplexes, namely Elp123 containing the enzymatically active Elp3 subunit and the associated Elp456 hetero-hexamer. The structure of the fully assembled complex and the function of the Elp456 subcomplex have remained elusive. Here, we show the cryo-electron microscopy structure of yeast Elongator at an overall resolution of 4.3 Å. We validate the obtained structure by complementary mutational analyses in vitro and in vivo. In addition, we determined various structures of the murine Elongator complex, including the fully assembled mouse Elongator complex at 5.9 Å resolution. Our results confirm the structural conservation of Elongator and its intermediates among eukaryotes. Furthermore, we complement our analyses with the biochemical characterization of the assembled human Elongator. Our results provide the molecular basis for the assembly of Elongator and its tRNA modification activity in eukaryotes.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:36617428 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度3.7 - 5.92 Å
構造データ

15622

8asv

EMDB-15622, PDB-8asv:
Cryo-EM structure of yeast Elongator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

15623

8asw

EMDB-15623, PDB-8asw:
Cryo-EM structure of yeast Elp123 in complex with alanine tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.96 Å

EMDB-15625: Cryo-EM structure of mouse Elp123 in complex with alanine tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.35 Å

EMDB-15626: Cryo-EM structure of mouse Elongator complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.92 Å

15635

8at6

EMDB-15635, PDB-8at6:
Cryo-EM structure of yeast Elp456 subcomplex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.7 Å

15682

8avg

EMDB-15682, PDB-8avg:
Cryo-EM structure of mouse Elp123 with bound SAM
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.01 Å

化合物

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER / 鉄・硫黄クラスター

ChemComp-5AD:
5'-DEOXYADENOSINE / 5′-デオキシアデノシン / デオキシアデノシン

ChemComp-SAM:
S-ADENOSYLMETHIONINE / S-アデノシルメチオニン

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
  • mus musculus (ハツカネズミ)
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / wobble uridine modification

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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