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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-15626 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of mouse Elongator complex | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Mus musculus (ハツカネズミ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 5.92 Å | |||||||||
データ登録者 | Jaciuk M / Scherf D / Kaszuba K / Gaik M / Koscielniak A / Krutyholowa R / Rawski M / Indyka P / Biela A / Dobosz D ...Jaciuk M / Scherf D / Kaszuba K / Gaik M / Koscielniak A / Krutyholowa R / Rawski M / Indyka P / Biela A / Dobosz D / Lin T-Y / Abbassi N / Hammermeister A / Chramiec-Glabik A / Kosinski J / Schaffrath R / Glatt S | |||||||||
資金援助 | ポーランド, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM structure of the fully assembled Elongator complex. 著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej ...著者: Marcin Jaciuk / David Scherf / Karol Kaszuba / Monika Gaik / Alexander Rau / Anna Kościelniak / Rościsław Krutyhołowa / Michał Rawski / Paulina Indyka / Andrea Graziadei / Andrzej Chramiec-Głąbik / Anna Biela / Dominika Dobosz / Ting-Yu Lin / Nour-El-Hana Abbassi / Alexander Hammermeister / Juri Rappsilber / Jan Kosinski / Raffael Schaffrath / Sebastian Glatt / 要旨: Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition ...Transfer RNA (tRNA) molecules are essential to decode messenger RNA codons during protein synthesis. All known tRNAs are heavily modified at multiple positions through post-transcriptional addition of chemical groups. Modifications in the tRNA anticodons are directly influencing ribosome decoding and dynamics during translation elongation and are crucial for maintaining proteome integrity. In eukaryotes, wobble uridines are modified by Elongator, a large and highly conserved macromolecular complex. Elongator consists of two subcomplexes, namely Elp123 containing the enzymatically active Elp3 subunit and the associated Elp456 hetero-hexamer. The structure of the fully assembled complex and the function of the Elp456 subcomplex have remained elusive. Here, we show the cryo-electron microscopy structure of yeast Elongator at an overall resolution of 4.3 Å. We validate the obtained structure by complementary mutational analyses in vitro and in vivo. In addition, we determined various structures of the murine Elongator complex, including the fully assembled mouse Elongator complex at 5.9 Å resolution. Our results confirm the structural conservation of Elongator and its intermediates among eukaryotes. Furthermore, we complement our analyses with the biochemical characterization of the assembled human Elongator. Our results provide the molecular basis for the assembly of Elongator and its tRNA modification activity in eukaryotes. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_15626.map.gz | 20 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-15626-v30.xml emd-15626.xml | 26.6 KB 26.6 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_15626_fsc.xml | 15 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_15626.png | 99.6 KB | ||
その他 | emd_15626_half_map_1.map.gz emd_15626_half_map_2.map.gz | 225 MB 225.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15626 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-15626 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_15626.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 282.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.86 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_15626_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_15626_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Mouse Elongator complex
全体 | 名称: Mouse Elongator complex |
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要素 |
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-超分子 #1: Mouse Elongator complex
超分子 | 名称: Mouse Elongator complex / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
分子量 | 理論値: 828.2 KDa |
-分子 #1: Elongator complex protein 1
分子 | 名称: Elongator complex protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MRNLKLHRTL EFRDIQAPGK PQCFCLRAEQ GTVLIGSERG LTEVDPVRRE VKTEISLVAE GFLPEDGSG CIVGIQDLLD QESVCVATAS GDVIVCNLST QQLECVGSVA SGISVMSWSP D QELLLLAT AQQTLIMMTK DFEVIAEEQI HQDDFGEGKF VTVGWGSKQT ...文字列: MRNLKLHRTL EFRDIQAPGK PQCFCLRAEQ GTVLIGSERG LTEVDPVRRE VKTEISLVAE GFLPEDGSG CIVGIQDLLD QESVCVATAS GDVIVCNLST QQLECVGSVA SGISVMSWSP D QELLLLAT AQQTLIMMTK DFEVIAEEQI HQDDFGEGKF VTVGWGSKQT QFHGSEGRPT AF PVQLPEN ALPWDDRRPH ITWRGDGQYF AVSVVCRQTE ARKIRVWNRE FALQSTSESV PGL GPALAW KPSGSLIAST QDKPNQQDVV FFEKNGLLHG HFTLPFLKDE VKVNDLLWNA DSSV LAIWL EDLPKEDSST LKSYVQLWTV GNYHWYLKQS LPFSTTGKNQ IVSLLWDPVT PCRLH VLCT GWRYLCCDWH WTTDRSSGNS ANDLANVAVI DGNRVLVTVF RQTVVPPPMC TYRLLI PHP VNQVIFSAHL GNDLAVLDAS NQISVYKCGD KPNMDSTVKL GAVGGNGFKV PLTTPHL EK RYSIQFGNNE EEEEEEVNAL QLSFLTWVED DTFLAISYSH SSSQSIIHHL TVTHSEVD E EQGQLDVSSS VTVDGVVIGL CCCSKTKSLA VQLADGQVLK YLWESPSLAV EPWKNSEGI PVRFVHPCTQ MEVATIGGEE CVLGLTDRCR FFINDTEVAS NITSFAVCDD FLLVTTHSHT CQVFSLSGA SLKMLQAALS GSHEASGEIL RKVERGSRIV TVVPQDTKLI LQMPRGNLEV V HHRALVLA QIRKWLDKLM FKEAFECMRK LRINLNLIHD HNPKVFLENV ETFVKQIDSV NH INLFFTE LREEDVTKTM YPPPITKSVQ VSTHPDGKKL DLICDAMRAA MEAINPRKFC LSI LTSHVK KTTPELEIVL QKVQELQGNL PFDPESVSVE EALKYLLLLV DVNELFNHSL GTYD FNLVL MVAEKSQKDP KEYLPFLNTL KKMETNYQRF TIDKYLKRYE KALGHLSKCG PEYFT ECLN LIKDKNLYKE ALKLYRPDSP QYQAVSMAYG EHLMQEHLYE PAGLVFARCG AQEKAL EAF LACGSWQQAL CVAAQLQMSK DKVAGLARTL AGKLVEQRKH SEAATVLEQY AQDYEEA VL LLLEGSAWEE ALRLVYKYDR VDIIETSVKP SILEAQKNYM DFLDSETATF IRHKNRLQ V VRALRRQAPQ VHVDHEVAHG PESDLFSETS SIMSGSEMSG RYSHSNSRIS ARSSKNRRK AERKKHSLKE GSPLEGLALL EALSEVVQSV EKLKDEVRAI LKVLFLFEFE EQAKELQRAF ESTLQLMER AVPEIWTPAG QQSSTTPVLG PSSTANSITA SYQQQKTCVP ALDAGVYMPP K MDPRSQWK LSLLE |
-分子 #2: Elongator complex protein 2
分子 | 名称: Elongator complex protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MVSSVLEVSH VFCCPNRVRG ALSWNTGPGG LLAFGTSCSV VLYDPQKKVV ITNLNGHTAR VNCLQWIRT EDGSPSNELV SGGSDNRVIH WELENNQVLK SVRLQGHEGP VCAVHAIYQS G PSEGEQHA LIASAASDST VRIWSKKGSE VKYLQTLSFR DGFVLSVCLA ...文字列: MVSSVLEVSH VFCCPNRVRG ALSWNTGPGG LLAFGTSCSV VLYDPQKKVV ITNLNGHTAR VNCLQWIRT EDGSPSNELV SGGSDNRVIH WELENNQVLK SVRLQGHEGP VCAVHAIYQS G PSEGEQHA LIASAASDST VRIWSKKGSE VKYLQTLSFR DGFVLSVCLA ILPGTNVPVL AC GDDDCRI HLYIQQDDQF QKALSLCGHE DWIRGVEWAT FGRDLFLASC SQDCLIRIWR LYM KPASFE TKDGSLRLKE NTFTIKDGGV RTTVAVTLET VLAGHENWVN AVHWQPSFYK DGVL QQPVR LLSASMDKTM ILWAPDEESG VWLEQVRVGE VGGNTLGFYD CQFGENGTMI IAHAF HGAL HLWKQSTVNP RQWAPEIVIS GHFDGVQDLM WDPEGEFIIT TSTDQTTRLF APWKKK DQK DRSQVTWHEI ARPQIHGYNI KCLAMIDRFQ FVSGADEKVL RVFSAPRNFV ENFSVIS RQ SLSHMLCDDQ DLPEGATVPA LGLSNKALFQ GDIASQPFEE DELISPAFGS PQVTFQPA V LNEPPTEDHL LQNTLWPEIQ KLYGHGYEIV CVACNNSKTL LASACKASQK EHAAIILWS TASWKQVQSL AFHTLTVTQM TFSPDDKFLL AVSRDRTWSL WKRQDATSSE FDPFFSLFAF TNKITSVHS RIIWSCDWSP DNKYFFTGSR DKKVVVWGEC KSSHNPMEHP IRPCSSILDV G SSVTAVSV CPVLNPAQRY IVAIGLESGK ICIYSWNKTN QEINDWTSCV ETNPSQSHSL GI RRLCWKS CSDDDDDDDD DDTEQSEEGP EWLHFASCGE DHTVKIYRVN RRAL |
-分子 #3: Elongator complex protein 3
分子 | 名称: Elongator complex protein 3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO EC番号: 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MRQKRKGDLS PAELMMLTIG DVIKQLVEAH EQGKDVDLNK MKTKTAAKYG LASQPRLVDI IAAVPPHYR KILIPKLKAK PVRTASGIAV VAVMCKPHRC PHISFTGNIC IYCPGGPDSD F EYSTQSYT GYEPTSMRAI RARYDPFLQT RHRIEQLKQL GHSVDKVEFI ...文字列: MRQKRKGDLS PAELMMLTIG DVIKQLVEAH EQGKDVDLNK MKTKTAAKYG LASQPRLVDI IAAVPPHYR KILIPKLKAK PVRTASGIAV VAVMCKPHRC PHISFTGNIC IYCPGGPDSD F EYSTQSYT GYEPTSMRAI RARYDPFLQT RHRIEQLKQL GHSVDKVEFI VMGGTFMALP EE YRDYFIR SLHDALSGHT SNNIHEAIKY SERSFTKCVG ITIETRPDYC MKRHLSDMLT YGC TRLEIG VQSVYEDVAR DTNRGHTVKA ACESFHLAKD SGFKVVTHMM PDLPNVGLER DIEQ FIEFF ENPAFRPDGL KLYPTLVIRG TGLYELWKSG RYRSYSPSDL IELVARILAL VPPWT RVYR VQRDIPMPLV SSGVEHGNLR ELAFARMKDL GIQCRDVRTR EVGIQEIHHR VRPYQV ELV RRDYVANGGW ETFLSYEDPD QDILIGLLRL RKCSEETFRF ELGGGVSIVR ELHVYGS VV PVSSRDPTKF QHQGFGMLLM EEAERIAREE HGSGKMAVIS GVGTRNYYRK IGYRLQGP Y MVKMLK |
-分子 #4: Elongator complex protein 4
分子 | 名称: Elongator complex protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAAADTCGAG TLSSRSVASE AGQGGTSSFQ RKGKASGGPG GGPRLLSIAG TRPSVRNGQL LVSTGLPAL DQLLGGGLAV GTLLLIEEDK YNIYSPLLFK YFMAEGIING HTLLVASAKE N PAKILQEL PAPLLDDNSK KELEDVHSAK TPEPNVNMKI AWRYQLQPKM ...文字列: MAAADTCGAG TLSSRSVASE AGQGGTSSFQ RKGKASGGPG GGPRLLSIAG TRPSVRNGQL LVSTGLPAL DQLLGGGLAV GTLLLIEEDK YNIYSPLLFK YFMAEGIING HTLLVASAKE N PAKILQEL PAPLLDDNSK KELEDVHSAK TPEPNVNMKI AWRYQLQPKM EVGPVSSSRF GH YYDLSKR IPWELLQSSK WHGFFLPEHI SPDLKGESCF LSCGYMRLLE FIQKSVYAEG FDG ANPQKK QKNILRIGIQ NLGSPLWGDD ICCKENCDNN HRLTKFLYIL RGLLRSSLSA CIIT MPAHL VQNKSITTRV RNLSDTVVGL ESFIGSERET NPLYKDYHGL IHIRKIPRLN NLTCD ESDV KDLAFKLKRK LFTIERLHLP PDLSDTVGRS SKQDLAASTA RLGAGCSSMA EGKKHL DF |
-分子 #5: Elongator complex protein 5
分子 | 名称: Elongator complex protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLDSLLAIGG LVLLRDSVEW EGRSLLKALI KKSALRGEQV HVLGCEVSEE EFREGFDSDV NSRLVYHDL FRDPLNWSKP GEAVPEGPLK ALRSMCKRTD HGSVTIALDS LSWLLCHIPC V TLCQALHA LSQQNGDPGD NSLVEQVRVL GLLHEELHGP GSMGALNTLA ...文字列: MLDSLLAIGG LVLLRDSVEW EGRSLLKALI KKSALRGEQV HVLGCEVSEE EFREGFDSDV NSRLVYHDL FRDPLNWSKP GEAVPEGPLK ALRSMCKRTD HGSVTIALDS LSWLLCHIPC V TLCQALHA LSQQNGDPGD NSLVEQVRVL GLLHEELHGP GSMGALNTLA HTEVTLSGKV DQ TSASILC RRPQQRATYQ TWWFSVLPDF SLTLHEGLPL RSELHPDHHT TQVDPTAHLT FNL HLSKKE REARDSLTLP FQFSSEKQKA LLHPVPSRTT GHIFYEPDAF DDVDPEDPDD DLDI |
-分子 #6: Elongator complex protein 6
分子 | 名称: Elongator complex protein 6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Mus musculus (ハツカネズミ) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MFPELNNLLS TTPDKTEQGT LTLLCDAKTD GSFLVHHFLS FYLKANCKVC FVALVQSFSH YNIVGQKLG VSLTAARDRG QLVFLEGLKS SVEVLFHSQD EPHPLQFLRE AGTGNLQSLY T FIQDTLKP ADSEESPWKY PVLLVDNLSV LLSLGVGAVA VLDFMQYCRA ...文字列: MFPELNNLLS TTPDKTEQGT LTLLCDAKTD GSFLVHHFLS FYLKANCKVC FVALVQSFSH YNIVGQKLG VSLTAARDRG QLVFLEGLKS SVEVLFHSQD EPHPLQFLRE AGTGNLQSLY T FIQDTLKP ADSEESPWKY PVLLVDNLSV LLSLGVGAVA VLDFMQYCRA TVCCELKGNV VA LVHDTEG ATDEGNDTLL NGLSHQSHLI LRAEGLATGF CKDVHGQLSI LWRRPSRSTA QRA QSLTYQ YKIQDKNVSF FAKGMSPAVL |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.4 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR | ||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: 15 s wait time, blot force 5, 5 s blot time. |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.9 µm / 倍率(公称値): 105000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 実像数: 5232 / 平均露光時間: 1.82 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |