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タイトルOn the routine use of soft X-rays in macromolecular crystallography. Part IV. Efficient determination of anomalous substructures in biomacromolecules using longer X-ray wavelengths.
ジャーナル・号・ページActa Crystallogr. ,Sect. D, Vol. 63, Page 366-380, Year 2007
掲載日2006年2月22日 (構造データの登録日)
著者Mueller-Dieckmann, C. / Panjikar, S. / Schmidt, A. / Mueller, S. / Kuper, J. / Geerlof, A. / Wilmanns, M. / Singh, R.K. / Tucker, P.A. / Weiss, M.S.
リンクActa Crystallogr. ,Sect. D / PubMed:17327674
手法X線回折
解像度1.8 - 2.4 Å
構造データ

PDB-2g4h:
Anomalous substructure of apoferritin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2g4i:
Anomalous substructure of Concanavalin A
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.4 Å

PDB-2g4j:
Anomalous substructure of Glucose isomerase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.85 Å

PDB-2g4k:
Anomalous substructure of human ADP-ribosylhydrolase 3
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-2g4l:
Anomalous substructure of hydroxynitrile lyase
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g4m:
Insulin collected at 2.0 A wavelength
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.8 Å

PDB-2g4n:
Anomalous substructure of alpha-lactalbumin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.3 Å

PDB-2g4o:
anomalous substructure of 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.0 Å

PDB-2g4p:
Anomalous substructure of lysozyme at pH 4.5
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g4q:
Anomalous substructure of lysozyme at pH 8.0
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g4r:
anomalous substructure of MogA
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.92 Å

PDB-2g4s:
Anomalous substructure of NBR1PB1
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-2g4t:
anomalous substructure of porcine pancreatic elastase (Na)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.15 Å

PDB-2g4u:
Anomalous substructure of porcine pancreatic elastaase (Ca)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g4v:
anomalous substructure of proteinase K
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.14 Å

PDB-2g4w:
anomalous substructure of ribonuclease A (C2)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g4x:
Anomalous substructure od ribonuclease A (P3221)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.95 Å

PDB-2g4y:
structure of thaumatin at 2.0 A wavelength
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-2g4z:
anomalous substructure of thermolysin
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.98 Å

PDB-2g51:
anomalous substructure of trypsin (p1)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g52:
Anomalous substructure of trypsin (P21)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.84 Å

PDB-2g55:
Anomalous substructure of trypsin (P3121)
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.82 Å

PDB-2ill:
Anomalous substructure of Titin-A168169
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 2.2 Å

化合物

ChemComp-CD:
Unknown entry

ChemComp-CL:
Unknown entry / クロリド / 塩化物

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-MN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry / カルシウムジカチオン

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン / 硫酸塩

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-TRS:
2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム / pH緩衝剤*YM / トリスヒドロキシメチルアミノメタン

ChemComp-ACY:
ACETIC ACID / 酢酸 / 酢酸

ChemComp-FLC:
CITRATE ANION / シトラ-ト / クエン酸

ChemComp-TAR:
D(-)-TARTARIC ACID / D-酒石酸 / 酒石酸

ChemComp-ZN:
Unknown entry

由来
  • equus caballus (ウマ)
  • canavalia virosa (タカナタマメ)
  • streptomyces rubiginosus (バクテリア)
  • homo sapiens (ヒト)
  • hevea brasiliensis (パラゴムノキ)
  • sus scrofa (ブタ)
  • bos taurus (ウシ)
  • mycobacterium tuberculosis (結核菌)
  • gallus gallus (ニワトリ)
  • engyodontium album (菌類)
  • thaumatococcus daniellii (植物)
  • bacillus thermoproteolyticus (バクテリア)
  • fusarium oxysporum (菌類)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / anomalous substructure of apoferritin / anomalous substructure of concanavalin A / Isomerase/Metal-binding protein / anomalous substructure of glucose isomerase / Isomerase-Metal-binding protein COMPLEX / HYDROLASE (加水分解酵素) / ADP-ribosylhydrolase 3 / LYASE (リアーゼ) / anomalous substructure of hydroxynitrile lyase / HORMONE/GROWTH FACTOR / insulin at 2.0 A wavelength (インスリン) / HORMONE-GROWTH FACTOR COMPLEX / ALLERGEN (アレルゲン) / anomalous substructure of alpha-lactalbumin / OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / anomalous substructure of 3-ISOPROPYLMALATE DEHYDROGENASE / anomalous substructure of lysozyme crystallized at pH 4.5 / anomalous substructure of lysozyme crystallized at pH 8.0 / BIOSYNTHETIC PROTEIN (生合成) / anomalous substructure of MogA / anomalous substructure of NBR1PB1 / anomalous substructure of porcine pancreatic elastase / anomalous substructure of porcine pancreatic elastase (Ca) / anomalous substructure of proteinase K / anomalous substructure of ribonuclease A / anomalous substructure of ribonuclease A (P3221) / PLANT PROTEIN (植物) / thaumatin structure at a wavelength of 2 A / anomalous substructure of thermolysin / anomalous substructure of trypsin (p1) / anomalous substructure of trypsin (p21) / anomalous substructure of trypsin (P3121) / TRANSFERASE (転移酵素) / long wavelength

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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