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タイトルDiverse binding poses of agonistic neurotoxins on human Na1.6.
ジャーナル・号・ページNature, Year 2026
掲載日2026年6月10日
著者Xiao Fan / Jian Huang / Lin Yang / Jiaofeng Chen / Huan Wang / Xiaoshuang Huang / Jinli Geng / Qinglin Wu / Yuzhen Xie / Fangzhou Lu / Qinmeng Guo / Zilin Shen / Xueqin Jin / Nieng Yan /
PubMed 要旨Voltage-gated sodium (Na) channels are key targets of various venomous toxins. Deciphering the binding poses and mechanisms of action of representative toxins will help to dissect the functional ...Voltage-gated sodium (Na) channels are key targets of various venomous toxins. Deciphering the binding poses and mechanisms of action of representative toxins will help to dissect the functional mechanism of the channels and facilitate therapeutic development targeting Na channels. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of distinct binding poses of three agonistic peptide toxins on the human Na1.6-β1 channel complex. The globular β-scorpion toxin Cn2 nestles between the extracellular segment of voltage-sensing domain (VSD) in the second repeat of the Na1.6 core α-unit (VSD) and the pore extracellular loops in the third repeat of the Na1.6 core α-unit (ECL), where it is stabilized by interactions with both protein regions and the branched N1372-glycan. Cone snail ι-conotoxin RXIA adopts an elongated conformation, spanning VSD and VSD to wrap around the shoulder of the pore domain (PD). The bullet ant-derived toxin δ-paraponeritoxin-Pc1a exists as a transmembrane helix that stands between VSD and PD. Our findings, corroborated by functional characterizations, illustrate the diversity in peptide toxin binding poses and mechanisms of action, link stabilization of the up state of VSD or VSD to channel activation, and provide clues to the rational design of selective Na channel modulators.
リンクNature / PubMed:42271061
手法EM (単粒子)
解像度2.5 - 3.1 Å
構造データ

80133

25ih

EMDB-80133, PDB-25ih:
Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Cn2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

80134

25ii

EMDB-80134, PDB-25ii:
Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with Iota-Conotoxin RXIA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

80135

25ij

EMDB-80135, PDB-25ij:
Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with delta-paraponeritoxin-Pc1a
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL

ChemComp-P5S:
O-[(R)-{[(2R)-2,3-bis(octadecanoyloxy)propyl]oxy}(hydroxy)phosphoryl]-L-serine

ChemComp-LPE:
1-O-OCTADECYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

ChemComp-P3X:
(5E,17R,20S)-23-amino-20-hydroxy-14,20-dioxo-15,19,21-trioxa-20lambda~5~-phosphatricos-5-en-17-yl hexadecanoate

ChemComp-PT5:
[(2R)-1-octadecanoyloxy-3-[oxidanyl-[(1R,2R,3S,4R,5R,6S)-2,3,6-tris(oxidanyl)-4,5-diphosphonooxy-cyclohexyl]oxy-phospho / リン脂質*YM

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-NA:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • centruroides noxius (サソリ)
  • conus radiatus (クリイロイモ)
  • paraponera clavata (アリ)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Nav1.6 / voltage gated sodium channel / cryo-EM / toxin / Cn2 / TRANSPORT PROTEIN-TOXIN complex / Iota-Conotoxin RXIA / Pc1a / delta-paraponeritoxin-Pc1a / TRANSPORT PROTEIN

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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