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万見
- EMDB-80135: Cryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with delta-paraponer... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-80135
タイトルCryo-EM structure of human Nav1.6 in complex with delta-paraponeritoxin-Pc1a
マップデータ
試料
  • 複合体: Nav1.6-Pc1a
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 8 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Delta-paraponeritoxin-Pc1a
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel regulatory subunit beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE
キーワードNav1.6 / voltage gated sodium channel / toxin / Pc1a / delta-paraponeritoxin-Pc1a / TRANSPORT PROTEIN / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / host cell postsynaptic membrane / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / sodium ion binding / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport ...corticospinal neuron axon guidance / positive regulation of voltage-gated sodium channel activity / host cell postsynaptic membrane / regulation of atrial cardiac muscle cell membrane depolarization / sodium ion binding / cardiac conduction / membrane depolarization during cardiac muscle cell action potential / membrane depolarization during Purkinje myocyte cell action potential / membrane depolarization during action potential / positive regulation of sodium ion transport / peripheral nervous system development / regulation of sodium ion transmembrane transport / axon initial segment / regulation of ventricular cardiac muscle cell membrane repolarization / host cell presynaptic membrane / cardiac muscle cell action potential involved in contraction / sodium channel inhibitor activity / voltage-gated sodium channel complex / node of Ranvier / podosome / neuronal action potential propagation / locomotion / voltage-gated sodium channel activity / Interaction between L1 and Ankyrins / sodium ion transport / Phase 0 - rapid depolarisation / regulation of heart rate by cardiac conduction / intercalated disc / sodium channel regulator activity / action potential / membrane depolarization / cardiac muscle contraction / myelination / T-tubule / axon guidance / sodium ion transmembrane transport / positive regulation of neuron projection development / Z disc / cell junction / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / toxin activity / cytoplasmic vesicle / transmembrane transporter binding / perikaryon / cell adhesion / axon / extracellular region / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Voltage gated sodium channel, alpha-8 subunit / Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / : / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit ...Voltage gated sodium channel, alpha-8 subunit / Sodium channel subunit beta-1/beta-3 / Voltage-gated Na+ ion channel, cytoplasmic domain / Cytoplasmic domain of voltage-gated Na+ ion channel / Sodium ion transport-associated / Voltage-gated sodium channel alpha subunit, inactivation gate / : / Sodium ion transport-associated / SCN5A-like, C-terminal IQ motif / Voltage gated sodium channel, alpha subunit / Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / IQ motif, EF-hand binding site / IQ motif profile. / Voltage-dependent channel domain superfamily / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Ion transport domain / Ion transport protein / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Glycyl-poneratoxin / Sodium channel regulatory subunit beta-1 / Sodium channel protein type 8 subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Paraponera clavata (アリ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Yang L / Fan X / Huang J / Yan N
資金援助 中国, 1件
OrganizationGrant number国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)32330052, 32322039, 32271252, and 32501082 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2026
タイトル: Diverse binding poses of agonistic neurotoxins on human Na1.6.
著者: Xiao Fan / Jian Huang / Lin Yang / Jiaofeng Chen / Huan Wang / Xiaoshuang Huang / Jinli Geng / Qinglin Wu / Yuzhen Xie / Fangzhou Lu / Qinmeng Guo / Zilin Shen / Xueqin Jin / Nieng Yan /
要旨: Voltage-gated sodium (Na) channels are key targets of various venomous toxins. Deciphering the binding poses and mechanisms of action of representative toxins will help to dissect the functional ...Voltage-gated sodium (Na) channels are key targets of various venomous toxins. Deciphering the binding poses and mechanisms of action of representative toxins will help to dissect the functional mechanism of the channels and facilitate therapeutic development targeting Na channels. Here we present cryo-electron microscopy (cryo-EM) structures of distinct binding poses of three agonistic peptide toxins on the human Na1.6-β1 channel complex. The globular β-scorpion toxin Cn2 nestles between the extracellular segment of voltage-sensing domain (VSD) in the second repeat of the Na1.6 core α-unit (VSD) and the pore extracellular loops in the third repeat of the Na1.6 core α-unit (ECL), where it is stabilized by interactions with both protein regions and the branched N1372-glycan. Cone snail ι-conotoxin RXIA adopts an elongated conformation, spanning VSD and VSD to wrap around the shoulder of the pore domain (PD). The bullet ant-derived toxin δ-paraponeritoxin-Pc1a exists as a transmembrane helix that stands between VSD and PD. Our findings, corroborated by functional characterizations, illustrate the diversity in peptide toxin binding poses and mechanisms of action, link stabilization of the up state of VSD or VSD to channel activation, and provide clues to the rational design of selective Na channel modulators.
履歴
登録2026年4月6日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年5月20日-
マップ公開2026年5月20日-
更新2026年6月24日-
現状2026年6月24日処理サイト: PDBc / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_80135.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_80135.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å		1.1 Å/pix.
x 256 pix.
= 281.062 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.0979 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.32
最小 - 最大-1.8790845 - 3.107101
平均 (標準偏差)0.0054150634 (±0.07258087)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 281.0624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_80135_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_80135_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Nav1.6-Pc1a

全体名称: Nav1.6-Pc1a
要素
  • 複合体: Nav1.6-Pc1a
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel protein type 8 subunit alpha
    • タンパク質・ペプチド: Delta-paraponeritoxin-Pc1a
    • タンパク質・ペプチド: Sodium channel regulatory subunit beta-1
  • リガンド: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose
  • リガンド: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
  • リガンド: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE
  • リガンド: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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超分子 #1: Nav1.6-Pc1a

超分子名称: Nav1.6-Pc1a / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Sodium channel protein type 8 subunit alpha

分子名称: Sodium channel protein type 8 subunit alpha / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 225.520609 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAARLLAPPG PDSFKPFTPE SLANIERRIA ESKLKKPPKA DGSHREDDED SKPKPNSDLE AGKSLPFIYG DIPQGLVAVP LEDFDPYYL TQKTFVVLNR GKTLFRFSAT PALYILSPFN LIRRIAIKIL IHSVFSMIIM CTILTNCVFM TFSNPPDWSK N VEYTFTGI ...文字列:
MAARLLAPPG PDSFKPFTPE SLANIERRIA ESKLKKPPKA DGSHREDDED SKPKPNSDLE AGKSLPFIYG DIPQGLVAVP LEDFDPYYL TQKTFVVLNR GKTLFRFSAT PALYILSPFN LIRRIAIKIL IHSVFSMIIM CTILTNCVFM TFSNPPDWSK N VEYTFTGI YTFESLVKII ARGFCIDGFT FLRDPWNWLD FSVIMMAYIT EFVNLGNVSA LRTFRVLRAL KTISVIPGLK TI VGALIQS VKKLSDVMIL TVFCLSVFAL IGLQLFMGNL RNKCVVWPIN FNESYLENGT KGFDWEEYIN NKTNFYTVPG MLE PLLCGN SSDAGQCPEG YQCMKAGRNP NYGYTSFDTF SWAFLALFRL MTQDYWENLY QLTLRAAGKT YMIFFVLVIF VGSF YLVNL ILAVVAMAYE EQNQATLEEA EQKEAEFKAM LEQLKKQQEE AQAAAMATSA GTVSEDAIEE EGEEGGGSPR SSSEI SKLS SKSAKERRNR RKKRKQKELS EGEEKGDPEK VFKSESEDGM RRKAFRLPDN RIGRKFSIMN QSLLSIPGSP FLSRHN SKS SIFSFRGPGR FRDPGSENEF ADDEHSTVEE SEGRRDSLFI PIRARERRSS YSGYSGYSQG SRSSRIFPSL RRSVKRN ST VDCNGVVSLI GGPGSHIGGR LLPEATTEVE IKKKGPGSLL VSMDQLASYG RKDRINSIMS VVTNTLVEEL EESQRKCP P CWYKFANTFL IWECHPYWIK LKEIVNLIVM DPFVDLAITI CIVLNTLFMA MEHHPMTPQF EHVLAVGNLV FTGIFTAEM FLKLIAMDPY YYFQEGWNIF DGFIVSLSLM ELSLADVEGL SVLRSFRLLR VFKLAKSWPT LNMLIKIIGN SVGALGNLTL VLAIIVFIF AVVGMQLFGK SYKECVCKIN QDCELPRWHM HDFFHSFLIV FRVLCGEWIE TMWDCMEVAG QAMCLIVFMM V MVIGNLVV LNLFLALLLS SFSADNLAAT DDDGEMNNLQ ISVIRIKKGV AWTKLKVHAF MQAHFKQREA DEVKPLDELY EK KANCIAN HTGADIHRNG DFQKNGNGTT SGIGSSVEKY IIDEDHMSFI NNPNLTVRVP IAVGESDFEN LNTEDVSSES DPE GSKDKL DDTSSSEGST IDIKPEVEEV PVEQPEEYLD PDACFTEGCV QRFKCCQVNI EEGLGKSWWI LRKTCFLIVE HNWF ETFII FMILLSSGAL AFEDIYIEQR KTIRTILEYA DKVFTYIFIL EMLLKWTAYG FVKFFTNAWC WLDFLIVAVS LVSLI ANAL GYSELGAIKS LRTLRALRPL RALSRFEGMR VVVNALVGAI PSIMNVLLVC LIFWLIFSIM GVNLFAGKYH YCFNET SEI RFEIEDVNNK TECEKLMEGN NTEIRWKNVK INFDNVGAGY LALLQVATFK GWMDIMYAAV DSRKPDEQPK YEDNIYM YI YFVIFIIFGS FFTLNLFIGV IIDNFNQQKK KFGGQDIFMT EEQKKYYNAM KKLGSKKPQK PIPRPLNKIQ GIVFDFVT Q QAFDIVIMML ICLNMVTMMV ETDTQSKQME NILYWINLVF VIFFTCECVL KMFALRHYYF TIGWNIFDFV VVILSIVGM FLADIIEKYF VSPTLFRVIR LARIGRILRL IKGAKGIRTL LFALMMSLPA LFNIGLLLFL VMFIFSIFGM SNFAYVKHEA GIDDMFNFE TFGNSMICLF QITTSAGWDG LLLPILNRPP DCSLDKEHPG SGFKGDCGNP SVGIFFFVSY IIISFLIVVN M YIAIILEN FSVATEESAD PLSEDDFETF YEIWEKFDPD ATQFIEYCKL ADFADALEHP LRVPKPNTIE LIAMDLPMVS GD RIHCLDI LFAFTKRVLG DSGELDILRQ QMEERFVASN PSKVSYEPIT TTLRRKQEEV SAVVLQRAYR GHLARRGFIC KKT TSNKLE NGGTHREKKE STPSTASLPS YDSVTKPEKE KQQRAEEGRR ERAKRQKEVR ESKC

UniProtKB: Sodium channel protein type 8 subunit alpha

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分子 #2: Delta-paraponeritoxin-Pc1a

分子名称: Delta-paraponeritoxin-Pc1a / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Paraponera clavata (アリ)
分子量理論値: 2.757363 KDa
組換発現生物種: synthetic construct (人工物)
配列文字列:
FLPLLILGSL LMTPPVIQAI HDAQR(NH2)

UniProtKB: Glycyl-poneratoxin

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分子 #3: Sodium channel regulatory subunit beta-1

分子名称: Sodium channel regulatory subunit beta-1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.206018 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列:
GCVEVDSETE AVYGMTFKIL CISCKRRSET NAETFTEWTF RQKGTEEFVK ILRYENEVLQ LEEDERFEGR VVWNGSRGTK DLQDLSIFI TNVTYNHSGD YECHVYRLLF FENYEHNTSV VKKIHIEVVD KANRDMASIV SEIMMYVLIV VLTIWLVAEM I YCYKKIAA ATETA

UniProtKB: Sodium channel regulatory subunit beta-1

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分子 #6: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

分子名称: 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 4 / 式: NAG
分子量理論値: 221.208 Da
Chemical component information

ChemComp-NAG:
2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

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分子 #7: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]sp...

分子名称: (3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: 9Z9
分子量理論値: 544.805 Da
Chemical component information

ChemComp-9Z9:
(3beta,14beta,17beta,25R)-3-[4-methoxy-3-(methoxymethyl)butoxy]spirost-5-en / 可溶化剤*YM

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分子 #8: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE

分子名称: 1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 3 / 式: PCW
分子量理論値: 787.121 Da
Chemical component information

ChemComp-PCW:
1,2-DIOLEOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / DOPC, リン脂質*YM

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分子 #9: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

分子名称: CHOLESTEROL HEMISUCCINATE / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 2 / 式: Y01
分子量理論値: 486.726 Da
Chemical component information

ChemComp-Y01:
CHOLESTEROL HEMISUCCINATE

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 191257
初期 角度割当タイプ: RANDOM ASSIGNMENT
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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