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Structure paper

タイトルTRPV1 antagonism occurs through diverse structural mechanisms.
ジャーナル・号・ページbioRxiv, Year 2026
掲載日2026年4月29日
著者Kyle E Lopez / Audrey S Paduda / Matthew J Derrick / Wade D Van Horn /
PubMed 要旨Transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1) ion channel mediates thermosensation and pain and is a target for non-addictive analgesics; however, clinical candidates have failed due to ...Transient receptor potential vanilloid 1 (TRPV1) ion channel mediates thermosensation and pain and is a target for non-addictive analgesics; however, clinical candidates have failed due to thermoregulatory side effects. Limited structural data for human TRPV1 (hTRPV1) bound to clinically relevant antagonists has constrained mechanistic insight. Using chemoinformatics-informed cryo-EM and BRET assays, we define the structural basis of antagonism across diverse chemotypes, including failed clinical compounds. A structure of hTRPV1 bound to 6-iodo-dihydrocapsaicin shows how a single substitution converts an agonist into an antagonist. Additional structures with Asivatrep, Mavatrep, and JNJ-17203212 reveal vanilloid pocket plasticity and divergent interaction networks, including lipid co-binding. Despite this diversity, antagonists converge on a conserved inhibited state, showing high potency is maintained across flexible binding modes. These findings redefine our understanding of hTRPV1 antagonism and illustrate how chemically diverse ligands stabilize an inhibited state in polymodal ion channels, laying groundwork for next-generation analgesics with improved safety.
リンクbioRxiv / PubMed:42094379 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 2.9 Å
構造データ

75616

11cj

EMDB-75616, PDB-11cj:
Structure of human TRPV1 in Apo state
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.52 Å

75617

11ck

EMDB-75617, PDB-11ck:
Structure of human TRPV1 in complex with 6-Iodo-CAP (CAY10448)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

75618

11cl

EMDB-75618, PDB-11cl:
Structure of human TRPV1 in complex with Asivatrep
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

75619

11cn

EMDB-75619, PDB-11cn:
Structure of human TRPV1 in complex with Mavatrep
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.37 Å

75620

11co

EMDB-75620, PDB-11co:
Structure of human TRPV1 in Complex with JNJ-17203212
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.49 Å

化合物

ChemComp-8IJ:
(2R)-3-{[(R)-hydroxy{[(1S,2R,3R,4S,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy}phosphoryl]oxy}propane-1,2-diyl dioctadecanoate

ChemComp-POV:
(2S)-3-(hexadecanoyloxy)-2-[(9Z)-octadec-9-enoyloxy]propyl 2-(trimethylammonio)ethyl phosphate / リン脂質*YM

PDB-1c8k:
FLAVOPIRIDOL INHIBITS GLYCOGEN PHOSPHORYLASE BY BINDING AT THE INHIBITOR SITE

PDB-1c8j:
CRYSTAL STRUCTURE OF CYTOCHROME P450CAM MUTANT (F87W/Y96F)

ChemComp-LFA:
EICOSANE

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1c8i:
BINDING MODE OF HYDROXYLAMINE TO ARTHROMYCES RAMOSUS PEROXIDASE

PDB-1c8h:
CANINE PARVOVIRUS STRAIN D EMPTY CAPSID STRUCTURE AT PH 5.5

由来
  • homo sapiens (ヒト)
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Ion Channel / TRPV1 / Mavatrep / Asivatrep / JNJ-17203212 / CAY10448 / Small Molecule / Pain / Thermosensing / GDN / Antagonist

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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