[日本語] English
文献
- EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース -

+
検索条件

キーワード
構造解析手法
著者・登録者
ジャーナル
IF

-
Structure paper

タイトルStructures of respiratory supercomplexes and ATP synthase oligomers in mammalian mitochondrial inner membrane.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Year 2026
掲載日2026年3月17日
著者Atsuki Nakano / Takahiro Masuya / Shinsuke Akisada / Moe Ishikawa-Fukuda / Kaoru Mitsuoka / Hideto Miyoshi / Masatoshi Murai / Ken Yokoyama /
PubMed 要旨Understanding the functional mechanisms of membrane protein complexes requires structural analysis within their native membrane environment. Here, we applied cryo-electron microscopy to determine the ...Understanding the functional mechanisms of membrane protein complexes requires structural analysis within their native membrane environment. Here, we applied cryo-electron microscopy to determine the structures of FF ATP synthase and respiratory supercomplexes (SCs) on sub-mitochondrial particles (SMPs) isolated from bovine heart mitochondria. Most FF complexes were observed as dimers stabilized by the regulatory factor IF₁, and a tetrameric assembly comprising two FF-IF₁ dimers arranged linearly was also identified. This finding indicates that the tetrameric units of FF are present in the mitochondrial inner membrane and contribute to shaping cristae tips in mammalian mitochondria. F domain maps resolve the e-subunit- c₈-ring interface and show no discrete density for a tightly bound lipid within the c₈-ring. In addition to the previously reported SCs compositions CI₁CIII₂CIV₁ and CI₁CIII₂CIV₂, our analysis identified an additional assembly with the composition CI₁CIII₂CIV₃, as well as a CI₂CIII₂CIV₆ mega-complex. This approach enables rapid structural determination of FF ATP synthase and SCs from minimal membrane fractions, providing a foundation for elucidating the molecular basis of metabolic disorders and mitochondrial diseases at the level of higher-order architecture.
リンクNat Commun / PubMed:41844608
手法EM (単粒子)
解像度2.2 - 4.1 Å
構造データ

EMDB-65577, PDB-9w2r:
Cryo-EM structure of FoF1-ATPase monomer state 1 on the bovine heart submitochondrial particles (FoF1-1)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-65578, PDB-9w2s:
Cryo-EM structure of FoF1-ATPase monomer state 3 on the bovine heart submitochondrial particles (FoF1-2)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-65579, PDB-9w2t:
Cryo-EM structure of Fo domain of FoF1-ATPase monomer state on the bovine heart submitochondrial particles
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.1 Å

EMDB-65580, PDB-9w2u:
Cryo-EM structure of complex I on the bovine heart submitochondrial particles, open
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-65581, PDB-9w2v:
Cryo-EM structure of complex I on the bovine heart submitochondrial particles, closed
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-65583, PDB-9w2x:
Cryo-EM structure of complex III on the bovine heart submitochondrial particles, III-1
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-65584, PDB-9w2y:
Cryo-EM structure of complex III on the bovine heart submitochondrial particles, III-2
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-65585, PDB-9w2z:
Cryo-EM structure of complex IV on the bovine heart submitochondrial particles, IV-A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.61 Å

EMDB-65586: Cryo-EM structure of complex IV on the bovine heart submitochondrial particles, IV-B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-65587: Cryo-EM structure of complex IV on the bovine heart submitochondrial particles, IV-C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.98 Å

化合物

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-FME:
N-FORMYLMETHIONINE / N-ホルミルメチオニン

ChemComp-PC1:
1,2-DIACYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / リン脂質*YM

ChemComp-SF4:
IRON/SULFUR CLUSTER

ChemComp-FES:
FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER

ChemComp-FMN:
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / FMN

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

ChemComp-CDL:
CARDIOLIPIN / リン脂質*YM

ChemComp-CHD:
CHOLIC ACID / コ-ル酸

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-NDP:
NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MYR:
MYRISTIC ACID / ミリスチン酸

ChemComp-HEM:
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE

ChemComp-HEC:
HEME C

ChemComp-HEA:
HEME-A

ChemComp-CU:
COPPER (II) ION

ChemComp-PER:
PEROXIDE ION

ChemComp-PGV:
(1R)-2-{[{[(2S)-2,3-DIHYDROXYPROPYL]OXY}(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(PALMITOYLOXY)METHYL]ETHYL (11E)-OCTADEC-11-ENOATE / リン脂質*YM

ChemComp-CUA:
DINUCLEAR COPPER ION

ChemComp-NA:
Unknown entry / ナトリウムカチオン

ChemComp-PEK:
(1S)-2-{[(2-AMINOETHOXY)(HYDROXY)PHOSPHORYL]OXY}-1-[(STEAROYLOXY)METHYL]ETHYL (5E,8E,11E,14E)-ICOSA-5,8,11,14-TETRAENOATE / リン脂質*YM

由来
  • bos taurus (ウシ)
キーワードMOTOR PROTEIN / ATP synthase / FoF1-ATPase / submitochondrial particles / OXIDOREDUCTASE / respiratory chain complex / supercomplex

+
万見文献について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見文献

EMDB/PDB/SASBDBから引用されている文献のデータベース

  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る