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タイトルStructural basis for assembly and function of the Salmonella flagellar MS-ring with three different symmetries.
ジャーナル・号・ページCommun Biol, Vol. 8, Issue 1, Page 61, Year 2025
掲載日2025年1月16日
著者Miki Kinoshita / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Katsumi Imada / Keiichi Namba / Tohru Minamino /
PubMed 要旨The flagellar MS-ring is the initial template for flagellar assembly and houses the flagellar protein export complex. The MS-ring has three parts of different symmetries within the ring structure by ...The flagellar MS-ring is the initial template for flagellar assembly and houses the flagellar protein export complex. The MS-ring has three parts of different symmetries within the ring structure by assembly of FliF subunits in two different conformations with distinct arrangements of three ring-building motifs, RBM1, RBM2, and RBM3. However, it remains unknown how these symmetries are generated. A combination of cryoEM structure and structure-based mutational analyses demonstrates that the well-conserved DQxGxxL motif in the RBM2-RBM3 hinge loop allows RBM2 to take two different orientations relative to RBM3. Of 34 FliF subunits of the MS-ring in the basal body, 23 RBM2 domains form an inner ring with a central pore that accommodates the flagellar protein export complex, and the remaining 11 RBM2 domains form 11 cog-like structures together with RBM1 domains just outside the inner RBM2-ring. We propose that a dimer of FliF with two different conformations initiates MS-ring assembly.
リンクCommun Biol / PubMed:39820129 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 4.2 Å
構造データ

60007

8zds

EMDB-60007, PDB-8zds:
Structure of the Salmonella flagellar MS-ring with C11 symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

60008

8zdt

EMDB-60008, PDB-8zdt:
Structure of the RBM3 ring of Salmonella flagellar MS-ring protein FliF with C33 symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

60009

8zdu

EMDB-60009, PDB-8zdu:
Structure of the RBM3 ring of Salmonella flagellar MS-ring protein FliF with C34 symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-62210: Structure of the 34-mer RBM3 ring of Salmonella flagellar MS-ring protein FliF with C1 symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-62211: Structure of the 33-mer RBM3 ring of Salmonella flagellar MS-ring protein FliF with C1 symmetry applied
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.2 Å

由来
  • Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium str. LT2 (サルモネラ菌)
  • salmonella enterica subsp. enterica serovar typhimurium (サルモネラ菌)
キーワードMOTOR PROTEIN / Bacterial flagellum / flagellar assembly / electron Cryomicroscopy / MS-ring / type III secretion system / Salmonella

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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