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タイトルSub-3 Å resolution protein structure determination by single-particle cryo-EM at 100 keV.
ジャーナル・号・ページStructure, Vol. 33, Issue 10, Page 1717-11727.e4, Year 2025
掲載日2025年10月2日
著者Dimple Karia / Adrian F Koh / Wen Yang / Victoria I Cushing / Benjamin Basanta / Daniel B Mihaylov / Sagar Khavnekar / Ondřej Vyroubal / Miloš Malínský / Ondřej Sháněl / Vojtěch Doležal / Jürgen Plitzko / Lingbo Yu / Gabriel C Lander / A Radu Aricescu / Basil J Greber / Abhay Kotecha /
PubMed 要旨Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has transformed structural biology by providing high-resolution insights into biological macromolecules. We report sub-3 Å resolution structures using the 100 keV ...Cryoelectron microscopy (cryo-EM) has transformed structural biology by providing high-resolution insights into biological macromolecules. We report sub-3 Å resolution structures using the 100 keV Tundra cryo-TEM, equipped with the Falcon C direct electron detector (DED). This system combines advanced optics, extreme-brightness field emission gun (XFEG), and SP-TWIN lens to enhance coherence and resolution. The semi-automated loader reduced contamination and drift, enabling extended data collection, while the high detective quantum efficiency (DQE) of Falcon C improved signal-to-noise ratio. We validated performance by determining structures of biological samples, including apoferritin (2.1 Å), T20S proteasome (2.7 Å), GABA receptor (2.8 Å), hemoglobin (5.0 Å), transthyretin (3.5 Å), and AAV9 capsid (2.8 Å), spanning 50 kDa-3.9 MDa. This work highlights the potential of 100 keV transmission electron microscopes (TEMs) to make cryo-EM more accessible. It sets a precedent for using lower voltage TEMs not only for screening, but also for high-resolution protein structure determination.
リンクStructure / PubMed:40744008 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.1 - 5.0 Å
構造データ

EMDB-13769:
CryoEM structure of Apoferritin at 2.6A from Tundra, 100kV microscope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-13816:
CryoEM structure of GABA(A)R-beta3 homopentamer at 3.4A from Tundra, 100kV microscope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-14249:
CryoEM structure of T20S proteasome at 3A from Tundra, 100kV microscope
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51463: ApoF at 2.2A resolution imaged at 0.55A/pixel on Falcon C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-51481: Apoferritin at 2.1A from Falcon C imaged at 0.7Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.1 Å

EMDB-51483: Apoferritin at 2.2A from Falcon C imaged at 0.9Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.2 Å

EMDB-51487: T20S Proteosome at 2.7A from Falcon C imaged at 0.7Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51503: T20S Proteosome at 2.9A from Falcon C imaged at 0.9Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51506: GABAA receptor at 2.8A from Falcon C imaged at 0.7Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-51508: GABAA receptor at 2.8A from Falcon C imaged at 0.9Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-51511: Rabbit muscle aldolase at 3A resolution imaged at 0.55A/pix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-51512: Rabbit muscle aldolase at 2.8A imaged at 0.7Apix
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-51519: CAK complex at 4A imaged on Falcon C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-51525: Human Haemoglobin at 5A imaged on Falcon C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.0 Å

EMDB-51526: Human Transthyretin at 3.5A imaged on Falcon C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-51540: Adeno-associated Virus 9 at 2.8A imaged on Falcon C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

由来
  • Escherichia coli (大腸菌)
  • HEK 293S cells (大腸菌)
  • Thermoplasma acidophilum (好酸性)
  • Mus musculus (ハツカネズミ)
  • Homo sapiens (ヒト)
  • Oryctolagus cuniculus (ウサギ)

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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