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タイトルThe translation inhibitors kasugamycin, edeine and GE81112 target distinct steps during 30S initiation complex formation.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2470, Year 2025
掲載日2025年3月12日
著者Haaris A Safdari / Martino Morici / Ana Sanchez-Castro / Andrea Dallapè / Helge Paternoga / Anna Maria Giuliodori / Attilio Fabbretti / Pohl Milón / Daniel N Wilson /
PubMed 要旨During bacterial translation initiation, the 30S ribosomal subunit, initiation factors, and initiator tRNA define the reading frame of the mRNA. This process is inhibited by kasugamycin, edeine and ...During bacterial translation initiation, the 30S ribosomal subunit, initiation factors, and initiator tRNA define the reading frame of the mRNA. This process is inhibited by kasugamycin, edeine and GE81112, however, their mechanisms of action have not been fully elucidated. Here we present cryo-electron microscopy structures of 30S initiation intermediate complexes formed in the presence of kasugamycin, edeine and GE81112 at resolutions of 2.0-2.9 Å. The structures reveal that all three antibiotics bind within the E-site of the 30S and preclude 30S initiation complex formation. While kasugamycin and edeine affect early steps of 30S pre-initiation complex formation, GE81112 stalls pre-initiation complex formation at a further step by allowing start codon recognition, but impeding IF3 departure. Collectively, our work highlights how chemically distinct compounds binding at a conserved site on the 30S can interfere with translation initiation in a unique manner.
リンクNat Commun / PubMed:40075065 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.0 - 2.9 Å
構造データ

50320

9fco

EMDB-50320, PDB-9fco:
Structure of E. coli 30S-IF1-IF3-mRNA-Kasugamycin complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

50327

9fda

EMDB-50327, PDB-9fda:
Structure of E. coli 30S-IF1-IF3-mRNA-Edeine complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.0 Å

50476

9fib

EMDB-50476, PDB-9fib:
Structure of 30S-IF1-IF3-mRNA-GE81112A complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.3 Å

50912

9g06

EMDB-50912, PDB-9g06:
Structure of 30S-IF1-IF3-mRNA-fMet-tRNA-GE81112A complex
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-51214: Structure of Kasugamycin-30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex, open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-51217: Structure of Edeine-30S-IF1-IF3-mRNA-tRNA translation pre-initiation complex, open form
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

化合物

ChemComp-KSG:
(1S,2R,3S,4R,5S,6S)-2,3,4,5,6-PENTAHYDROXYCYCLOHEXYL / カスガマイシン / 抗生剤*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-HOH:
WATER

ChemComp-EDE:
EDEINE B

PDB-1ic4:
CRYSTAL STRUCTURE OF HYHEL-10 FV MUTANT(HD32A)-HEN LYSOZYME COMPLEX

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードTRANSLATION / Ribosome / Antibiotic / Ribosomes / 30S subunit / 30S inhibitors / Antibiotics / 30S initiation / Translational inhibitor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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