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タイトルCryo-EM structures of a protein pore reveal a cluster of cholesterol molecules and diverse roles of membrane lipids.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 2972, Year 2025
掲載日2025年3月26日
著者Gašper Šolinc / Marija Srnko / Franci Merzel / Ana Crnković / Mirijam Kozorog / Marjetka Podobnik / Gregor Anderluh /
PubMed 要旨The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin- ...The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin-containing membranes, where they oligomerize and form transmembrane pores. Through a comprehensive cryo-electron microscopic analysis of a pore formed by an actinoporin Fav from the coral Orbicella faveolata, we show that the octameric pore interacts with 112 lipids in the upper leaflet of the membrane, reveal the roles of lipids, and demonstrate that the actinoporin surface is suited for binding multiple receptor sphingomyelin molecules. When cholesterol is present in the membrane, it forms a cluster of four molecules associated with each protomer. Atomistic simulations support the structural data and reveal additional effects of the pore on the lipid membrane. These data reveal a complex network of protein-lipid and lipid-lipid interactions and an underrated role of lipids in the structure and function of transmembrane protein complexes.
リンクNat Commun / PubMed:40140423 / PubMed Central
手法EM (単粒子) / X線回折
解像度1.5 - 3.6 Å
構造データ

50057

9eym

EMDB-50057, PDB-9eym:
The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC:sphingomyelin membranes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

50058

9eyn

EMDB-50058, PDB-9eyn:
The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC, cholesterol, sphingomyelin membranes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.06 Å

50059

9eyo

EMDB-50059, PDB-9eyo:
The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on POPG, cholesterol, sphingomyelin membranes
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.86 Å

EMDB-50060: The octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC:sphingomyelin:cholesterol containing nanodiscs
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

PDB-9eyl:
dN53 deletion variant of monomeric Fav - actinoporin from Orbicella faveolata
手法: X-RAY DIFFRACTION / 解像度: 1.5 Å

化合物

ChemComp-SO4:
SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

ChemComp-144:
TRIS-HYDROXYMETHYL-METHYL-AMMONIUM / メチルトリス(ヒドロキシメチル)アミニウム

ChemComp-HOH:
WATER

PDB-1h8m:
Solution structure of ykt6

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

由来
  • orbicella faveolata (無脊椎動物)
キーワードTOXIN / Actinoporin / Pore-forming toxin / Orbicella faveolata / Pore / Octamer / Transmembrane pore / Nanopore / cholesterol

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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