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万見
- EMDB-50058: The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-50058
タイトルThe structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC, cholesterol, sphingomyelin membranes
マップデータMain map
試料
  • 複合体: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
    • タンパク質・ペプチド: Actinoporin
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: Sphingomyelin C18
キーワードActinoporin / Pore-forming toxin / Pore / Octamer / Transmembrane pore / TOXIN / cholesterol / Nanopore
生物種Orbicella faveolata (無脊椎動物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Solinc G / Srnko M / Svigel T / Anderluh G / Podobnik M
資金援助 スロベニア, 3件
OrganizationGrant number国
Slovenian Research AgencyJ4-8225 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a protein pore reveal a cluster of cholesterol molecules and diverse roles of membrane lipids.
著者: Gašper Šolinc / Marija Srnko / Franci Merzel / Ana Crnković / Mirijam Kozorog / Marjetka Podobnik / Gregor Anderluh /
要旨: The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin- ...The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin-containing membranes, where they oligomerize and form transmembrane pores. Through a comprehensive cryo-electron microscopic analysis of a pore formed by an actinoporin Fav from the coral Orbicella faveolata, we show that the octameric pore interacts with 112 lipids in the upper leaflet of the membrane, reveal the roles of lipids, and demonstrate that the actinoporin surface is suited for binding multiple receptor sphingomyelin molecules. When cholesterol is present in the membrane, it forms a cluster of four molecules associated with each protomer. Atomistic simulations support the structural data and reveal additional effects of the pore on the lipid membrane. These data reveal a complex network of protein-lipid and lipid-lipid interactions and an underrated role of lipids in the structure and function of transmembrane protein complexes.
履歴
登録2024年4月9日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年4月23日-
マップ公開2025年4月23日-
更新2025年11月5日-
現状2025年11月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_50058.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_50058.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 302.624 Å		0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 302.624 Å		0.95 Å/pix.
x 320 pix.
= 302.624 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9457 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.805
最小 - 最大-5.8679824 - 7.9438653
平均 (標準偏差)-0.0007376312 (±0.18718572)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 302.624 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: Half map A

ファイルemd_50058_half_map_1.map
注釈Half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Half map B

ファイルemd_50058_half_map_2.map
注釈Half map B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol ...

全体名称: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
要素
  • 複合体: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
    • タンパク質・ペプチド: Actinoporin
  • リガンド: CHOLESTEROL
  • リガンド: Sphingomyelin C18

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超分子 #1: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol ...

超分子名称: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
詳細: Octameric Fav pore prepared on 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC):sphingomyelin:cholesterol (1:1:1 molar ratio) membranes
由来(天然)生物種: Orbicella faveolata (無脊椎動物)

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分子 #1: Actinoporin

分子名称: Actinoporin / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: The protein was expressed with an N-terminal addition of 6xHis tag and TEV cleavage site. After removing the His-tag, the final construct has three additional residues at the N-terminal (GHM).
コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Orbicella faveolata (無脊椎動物)
分子量理論値: 28.80326 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: GHMSAPIKAN DPNGEVLEEM PKTKRGAEAL LADVGLAHFP EMVPNRQELR ALLKRSHNAE AIPQEPMDLE NLDSEKRAAR IAAGTIIAG AELTIGLLQN LLDVLANVNR KCAVGVDNES GFRWQEGSTY FFSGTADENL PYSVSDGYAV LYGPRKTNGP V ATGVVGVL ...文字列:
GHMSAPIKAN DPNGEVLEEM PKTKRGAEAL LADVGLAHFP EMVPNRQELR ALLKRSHNAE AIPQEPMDLE NLDSEKRAAR IAAGTIIAG AELTIGLLQN LLDVLANVNR KCAVGVDNES GFRWQEGSTY FFSGTADENL PYSVSDGYAV LYGPRKTNGP V ATGVVGVL AYYIPSIGKT LAVMWSVPFD YNFYQNWWNA KLYSGNQDAD YDHYVDLYYD ANPFKANGWH ERSLGSGLKF CG SMSSSGQ ATLEIHVLKE SETCM

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分子 #2: CHOLESTEROL

分子名称: CHOLESTEROL / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 32 / 式: CLR
分子量理論値: 386.654 Da
Chemical component information

ChemComp-CLR:
CHOLESTEROL / コレステロ-ル

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分子 #3: Sphingomyelin C18

分子名称: Sphingomyelin C18 / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 72 / 式: A1H8M
分子量理論値: 732.089 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
50.0 mMTris
0.02 %Brij 35

詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris/HCl, 0.02 % Brij 35, pH 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 60 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.01 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 150000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1266343 / 詳細: Number of particles after template picking
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C8 (8回回転対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4) / 使用した粒子像数: 223527
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
最終 3次元分類クラス数: 3 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v4)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: Other / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: Pore structure of the same protein from related entries
精密化空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT
得られたモデル

PDB-9eyn:
The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC, cholesterol, sphingomyelin membranes

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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