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- PDB-9eyn: The structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav pr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 9eyn
タイトルThe structure of solubilized octameric pore of actinoporin Fav prepared on DOPC, cholesterol, sphingomyelin membranes
要素Actinoporin
キーワードTOXIN / Actinoporin / Pore-forming toxin / Pore / Octamer / Transmembrane pore / cholesterol / Nanopore
機能・相同性: / CHOLESTEROL
機能・相同性情報
生物種Orbicella faveolata (無脊椎動物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.06 Å
データ登録者Solinc, G. / Srnko, M. / Svigel, T. / Anderluh, G. / Podobnik, M.
資金援助 スロベニア, 3件
組織認可番号国
Slovenian Research AgencyJ4-8225 スロベニア
Slovenian Research AgencyP1-0391 スロベニア
Other private
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2025
タイトル: Cryo-EM structures of a protein pore reveal a cluster of cholesterol molecules and diverse roles of membrane lipids.
著者: Gašper Šolinc / Marija Srnko / Franci Merzel / Ana Crnković / Mirijam Kozorog / Marjetka Podobnik / Gregor Anderluh /
要旨: The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin- ...The structure and function of membrane proteins depend on their interactions with lipids that constitute membranes. Actinoporins are α-pore-forming proteins that bind preferentially to sphingomyelin-containing membranes, where they oligomerize and form transmembrane pores. Through a comprehensive cryo-electron microscopic analysis of a pore formed by an actinoporin Fav from the coral Orbicella faveolata, we show that the octameric pore interacts with 112 lipids in the upper leaflet of the membrane, reveal the roles of lipids, and demonstrate that the actinoporin surface is suited for binding multiple receptor sphingomyelin molecules. When cholesterol is present in the membrane, it forms a cluster of four molecules associated with each protomer. Atomistic simulations support the structural data and reveal additional effects of the pore on the lipid membrane. These data reveal a complex network of protein-lipid and lipid-lipid interactions and an underrated role of lipids in the structure and function of transmembrane protein complexes.
履歴
登録2024年4月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02025年4月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: FSC / Data content type: FSC / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 1 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Half map / Part number: 2 / Data content type: Half map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02025年4月23日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年11月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / em_admin
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Actinoporin
B: Actinoporin
C: Actinoporin
D: Actinoporin
E: Actinoporin
F: Actinoporin
G: Actinoporin
H: Actinoporin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)295,509112
ポリマ－230,4268
非ポリマー65,083104
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法, not applicable
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area53320 Å2
ΔGint111 kcal/mol
Surface area61190 Å2
手法PISA

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要素

#1: タンパク質
Actinoporin / Fav


分子量: 28803.260 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The protein was expressed with an N-terminal addition of 6xHis tag and TEV cleavage site. After removing the His-tag, the final construct has three additional residues at the N-terminal (GHM).
由来: (組換発現) Orbicella faveolata (無脊椎動物)
プラスミド: pET28a (+)
詳細 (発現宿主): modified pET28a (+) plasmid with the N-terminal 6 histidine tag and TEV restriction site (ENLYFQGHM)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
#2: 化合物...
ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#3: 化合物...
ChemComp-A1H8M / Sphingomyelin C18 / trimethyl-[2-[[(E,2S,3R)-2-(octadecanoylamino)-3-oxidanyl-octadec-4-enoxy]-oxidanyl-phosphoryl]oxyethyl]azanium


分子量: 732.089 Da / 分子数: 72 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H84N2O6P
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Octameric Fav pore in complex with sphingomyelin and cholesterol molecules solubilized by detergents
タイプ: COMPLEX
詳細: Octameric Fav pore prepared on 1,2-Dioleoyl-sn-glycero-3-phosphocholine (DOPC):sphingomyelin:cholesterol (1:1:1 molar ratio) membranes
Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Orbicella faveolata (無脊椎動物)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: BL21 / 細胞: DE3 / プラスミド: pET28a
緩衝液pH: 8 / 詳細: 150 mM NaCl, 50 mM Tris/HCl, 0.02 % Brij 35, pH 8
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
1150 mMsodium chlorideNaCl1
250 mMTris1
30.02 %Brij 351
試料濃度: 1.4 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 200 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK III / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 277.15 K

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: TFS GLACIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 150000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 50 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影電子線照射量: 40 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
画像スキャン横: 4096 / 縦: 4096 / 動画フレーム数/画像: 40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1cryoSPARCv4粒子像選択
2EPU画像取得
4cryoSPARCv4CTF補正
7UCSF ChimeraX1.6モデルフィッティング
9cryoSPARCV4初期オイラー角割当
10cryoSPARCv4最終オイラー角割当
11cryoSPARCv4分類
12cryoSPARCv4３次元再構成
13Coot0.98モデル精密化
14PHENIX1.19モデル精密化
15ISOLDE1.6モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1266343 / 詳細: Number of particles after template picking
対称性点対称性: C8 (8回回転対称)
3次元再構成解像度: 3.06 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 223527 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL
原子モデル構築詳細: Pore structure of the same protein from related entries
Source name: Other / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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