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タイトルStructural insights into cauliflower mitoribosome in translation state and in association with a late assembly factor.
ジャーナル・号・ページNat Commun, Vol. 16, Issue 1, Page 10839, Year 2025
掲載日2025年12月2日
著者Vasileios Skaltsogiannis / Philippe Wolff / Tan-Trung Nguyen / Nicolas Corre / David Pflieger / Todd Blevins / Yaser Hashem / Philippe Giegé / Florent Waltz /
PubMed 要旨Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic ...Ribosomes are key molecular machines that translate mRNA into proteins. Mitoribosomes are specific ribosomes found in mitochondria, which have been shown to be remarkably diverse across eukaryotic lineages. In plants, they possess unique features, including additional rRNA domains stabilized by plant-specific proteins. However, the structural specificities of plant mitoribosomes in translation state remained unknown. We used cryo-electron microscopy to provide a high-resolution structural characterization of the cauliflower mitoribosome, in translating and maturation states. The structure reveals the mitoribosome bound with a tRNA in the peptidyl site, along with a segment of mRNA and a nascent polypeptide. Moreover, using structural data, nanopore sequencing and mass spectrometry, we identify a set of 19 ribosomal RNA modifications. Additionally, we observe a late assembly intermediate of the small ribosomal subunit, in complex with the RsgA assembly factor. This reveals how a plant-specific extension of RsgA blocks the mRNA channel to prevent premature mRNA association before complete small subunit maturation. Our findings elucidate key aspects of translation in angiosperm plant mitochondria, revealing its distinct features compared to other eukaryotic lineages.
リンクNat Commun / PubMed:41330901 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度1.99 - 4.32 Å
構造データ

EMDB-50011, PDB-9evs:
Structure of the flowering plant mitoribosome with P-site tRNA
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.05 Å

EMDB-50012: Structure of the flowering plant mitoribosome with P-site tRNA, large subunit focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.95 Å

EMDB-50013: Structure of the flowering plant mitoribosome with P-site tRNA, small subunit focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.08 Å

EMDB-50015: Structure of the small subunit of the flowering plant mitoribosome with the maturation factor RsgA, head focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

EMDB-50016: Structure of the small subunit of the flowering plant mitoribosome with the maturation factor RsgA, RsgA focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.07 Å

EMDB-50017: Structure of the small subunit of the flowering plant mitoribosome with the maturation factor RsgA, body focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.17 Å

EMDB-51703: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - unfocused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

EMDB-51704: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit body focused
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.25 Å

EMDB-51705: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit head focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.24 Å

EMDB-51706: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit head S3 area focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.41 Å

EMDB-51707: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit foot rPPR10 focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.76 Å

EMDB-51708: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit foot rPPR1 focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-51709: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit body protuberance focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.58 Å

EMDB-51710: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Large subunit focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 1.99 Å

EMDB-51711: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Large subunit Central Protuberance focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

EMDB-51712: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Large subunit L7/12 stalk focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.85 Å

EMDB-51713: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Large subunit back protuberance focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.53 Å

EMDB-51714: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Large subunit rPPR5 focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.09 Å

EMDB-51715: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit head extension base focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.43 Å

EMDB-51716: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit head extension core focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.04 Å

EMDB-51717: High resolution structure of B. oleracea mitoribosome - Small subunit head extension tip focus
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.32 Å

EMDB-51718, PDB-9gyt:
High resolution structure of B. oleracea mitoribosome
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.11 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-CLM:
CHLORAMPHENICOL / 抗生剤*YM

ChemComp-K:
Unknown entry / カリウムカチオン

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER

由来
  • brassica oleracea var. botrytis (カリフラワー)
  • brassica oleracea var. oleracea (植物)
  • arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
キーワードRIBOSOME / Mitochondria / tRNA / mitoribosome / plant / assembly factor

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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