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タイトルStructure and function of IWS1 in transcription elongation.
ジャーナル・号・ページNucleic Acids Res, Vol. 54, Issue 9, Year 2026
掲載日2026年5月5日
著者Della Syau / Felix Steinruecke / Sophie Roth / Ernst Schmid / Karen Adelman / Johannes C Walter / Lucas Farnung /
PubMed 要旨Transcription elongation by RNA polymerase II is a tightly regulated process that requires coordinated interactions between transcription elongation factors. IWS1 (Interacts with SPT6) has been ...Transcription elongation by RNA polymerase II is a tightly regulated process that requires coordinated interactions between transcription elongation factors. IWS1 (Interacts with SPT6) has been implicated as a core elongation factor, but its molecular role remains unclear. We show that the intrinsically disordered C-terminal region of IWS1 contains short linear motifs (SLiMs) that multivalently engage the elongation machinery. Using cryo-electron microscopy, we map SLiMs in IWS1 that interact with Pol II subunits RPB1, RPB2, and RPB5, as well as elongation factors DSIF, SPT6, and ELOF1. Functional assays demonstrate that distinct IWS1 SLiMs specify IWS1 recruitment and IWS1-dependent transcription stimulation. IWS1 recruitment to the transcription elongation complex depends on association via the RPB1 jaw and binding of downstream DNA. Transcription elongation stimulation requires interactions with the RPB2 lobe and ELOF1. We identify other transcription elongation factors including ELOA and RECQL5 that bind the RPB1 jaw and demonstrate that IWS1 protects the activated transcription elongation complex from RECQL5 inhibition. We also reveal the binding of the histone reader and IWS1 interactor LEDGF to a transcribed downstream nucleosome. Our findings establish IWS1 as a modular scaffold that helps organize the transcription elongation complex, illustrating how disordered regions regulate transcription elongation.
リンクNucleic Acids Res / PubMed:42134803 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.4 - 8.7 Å
構造データ

48353

9mlc

EMDB-48353, PDB-9mlc:
Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome activated elongation complex Composite map T
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-48354: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome activated elongation complex consensus map A
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-48355: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome IWS1+ELOF1 local map B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-48356: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome IWS1 C-terminus local map C
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.4 Å

EMDB-48357: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome TFIIS local map D
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.3 Å

EMDB-48358: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome DSIF local map E
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-48359: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome RTF1 local map F
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-48360: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome 10-subunit Pol II local map G
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.5 Å

EMDB-48361: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome non-template DNA local map H
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-48363: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome RPB5 local map I
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-48364: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome CDC73 local map J
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-48365: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome CTR9+WDR61 local map K
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.8 Å

EMDB-48366: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome CTR9 TPR local map L
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.6 Å

EMDB-48367: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome PAF1+LEO1 local map M
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-48368: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEO1 C-terminus map N
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.0 Å

EMDB-48369: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome SPT6 local map O
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.7 Å

EMDB-48370: RECQL5 and RNA polymerase II map U
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

72325

9xyc

EMDB-72325, PDB-9xyc:
Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome LEDGF+nucleosome map Q
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.5 Å

EMDB-72331: Nucleosome and Pol II local nucleosome map R
手法: EM (単粒子) / 解像度: 7.6 Å

EMDB-72332: Nucleosome and Pol II local Pol II map S
手法: EM (単粒子) / 解像度: 8.7 Å

EMDB-72333: Pol II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome SPT6 N-terminus local map P
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

化合物

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-MG:
Unknown entry

由来
  • homo sapiens (ヒト)
  • sus scrofa (ブタ)
  • synthetic construct (人工物)
  • xenopus laevis (アフリカツメガエル)
キーワードTRANSCRIPTION / polymerase / elongation factor / nucleosome / TRANSCRIPTION/DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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