[日本語] English
万見
- EMDB-72331: Nucleosome and Pol II local nucleosome map R -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-72331
タイトルNucleosome and Pol II local nucleosome map R
マップデータNucleosome and Pol II local nucleosome map R
試料
  • 複合体: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome complex
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Transcription elongation factor SPT6
    • 複合体: Transcription elongation factor 1 homolog
    • 複合体: PAF complex
      • 複合体: PAF1 complex (PAF1, LEO1, CTR9, CDC73, WDR61)
      • 複合体: RTF1
    • 複合体: TFIIS
    • 複合体: DSIF (SPT4 and SPT5)
    • 複合体: Protein IWS1 homolog
    • 複合体: LEDGF
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleosome
キーワードpolymerase / elongation factor / nucleosome / TRANSCRIPTION
生物種Homo sapiens (ヒト) / Sus scrofa (ブタ) / Xenopus laevis (アフリカツメガエル)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.6 Å
データ登録者Syau D / Farnung L
資金援助 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Richard and Susan Smith Family Foundation 米国
Damon Runyon Cancer Research Foundation 米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)DP2-ES036404 米国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2026
タイトル: Structure and function of IWS1 in transcription elongation.
著者: Della Syau / Felix Steinruecke / Sophie Roth / Ernst Schmid / Karen Adelman / Johannes C Walter / Lucas Farnung /
要旨: Transcription elongation by RNA polymerase II is a tightly regulated process that requires coordinated interactions between transcription elongation factors. IWS1 (Interacts with SPT6) has been ...Transcription elongation by RNA polymerase II is a tightly regulated process that requires coordinated interactions between transcription elongation factors. IWS1 (Interacts with SPT6) has been implicated as a core elongation factor, but its molecular role remains unclear. We show that the intrinsically disordered C-terminal region of IWS1 contains short linear motifs (SLiMs) that multivalently engage the elongation machinery. Using cryo-electron microscopy, we map SLiMs in IWS1 that interact with Pol II subunits RPB1, RPB2, and RPB5, as well as elongation factors DSIF, SPT6, and ELOF1. Functional assays demonstrate that distinct IWS1 SLiMs specify IWS1 recruitment and IWS1-dependent transcription stimulation. IWS1 recruitment to the transcription elongation complex depends on association via the RPB1 jaw and binding of downstream DNA. Transcription elongation stimulation requires interactions with the RPB2 lobe and ELOF1. We identify other transcription elongation factors including ELOA and RECQL5 that bind the RPB1 jaw and demonstrate that IWS1 protects the activated transcription elongation complex from RECQL5 inhibition. We also reveal the binding of the histone reader and IWS1 interactor LEDGF to a transcribed downstream nucleosome. Our findings establish IWS1 as a modular scaffold that helps organize the transcription elongation complex, illustrating how disordered regions regulate transcription elongation.
履歴
登録2025年8月26日-
ヘッダ(付随情報) 公開2026年3月18日-
マップ公開2026年3月18日-
更新2026年6月3日-
現状2026年6月3日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_72331.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_72331.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 371.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Nucleosome and Pol II local nucleosome map R
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.19 Å/pix.
x 460 pix.
= 547.4 Å		1.19 Å/pix.
x 460 pix.
= 547.4 Å		1.19 Å/pix.
x 460 pix.
= 547.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.19 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.03
最小 - 最大-0.0514115 - 0.20461448
平均 (標準偏差)0.00027682542 (±0.0030636992)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ460460460
Spacing460460460
セルA=B=C: 547.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: Nucleosome and Pol II local nucleosome map R half A

ファイルemd_72331_half_map_1.map
注釈Nucleosome and Pol II local nucleosome map R half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Nucleosome and Pol II local nucleosome map R half B

ファイルemd_72331_half_map_2.map
注釈Nucleosome and Pol II local nucleosome map R half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

+
全体 : RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleoso...

全体名称: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome complex
要素
  • 複合体: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome complex
    • 複合体: RNA polymerase II
    • 複合体: Transcription elongation factor SPT6
    • 複合体: Transcription elongation factor 1 homolog
    • 複合体: PAF complex
      • 複合体: PAF1 complex (PAF1, LEO1, CTR9, CDC73, WDR61)
      • 複合体: RTF1
    • 複合体: TFIIS
    • 複合体: DSIF (SPT4 and SPT5)
    • 複合体: Protein IWS1 homolog
    • 複合体: LEDGF
    • 細胞器官・細胞要素: Nucleosome

+
超分子 #1: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleoso...

超分子名称: RNA polymerase II-DSIF-SPT6-PAF1c-TFIIS-IWS1-ELOF1-LEDGF-nucleosome complex
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 1.7 MDa

+
超分子 #2: RNA polymerase II

超分子名称: RNA polymerase II / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 詳細: 12-subunit porcine RNA polymerase II
由来(天然)生物種: Sus scrofa (ブタ)

+
超分子 #3: Transcription elongation factor SPT6

超分子名称: Transcription elongation factor SPT6 / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #4: Transcription elongation factor 1 homolog

超分子名称: Transcription elongation factor 1 homolog / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #5: PAF complex

超分子名称: PAF complex / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1
詳細: PAF complex containing CTR9, CDC73, PAF1, LEO1, WDR61, RTF1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #6: PAF1 complex (PAF1, LEO1, CTR9, CDC73, WDR61)

超分子名称: PAF1 complex (PAF1, LEO1, CTR9, CDC73, WDR61) / タイプ: complex / ID: 6 / 親要素: 5
詳細: PAF1 complex without RTF1 co-expressed and co-purified
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #7: RTF1

超分子名称: RTF1 / タイプ: complex / ID: 7 / 親要素: 5
詳細: RTF1, part of PAF1 complex but expressed and purified separately
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #8: TFIIS

超分子名称: TFIIS / タイプ: complex / ID: 8 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #9: DSIF (SPT4 and SPT5)

超分子名称: DSIF (SPT4 and SPT5) / タイプ: complex / ID: 9 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #10: Protein IWS1 homolog

超分子名称: Protein IWS1 homolog / タイプ: complex / ID: 10 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #12: LEDGF

超分子名称: LEDGF / タイプ: complex / ID: 12 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

+
超分子 #11: Nucleosome

超分子名称: Nucleosome / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 11 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Xenopus laevis (アフリカツメガエル)

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度名称式
20.0 mM4-(2-hydroxyethyl)-1-piperazineethanesulfonic acid
50.0 mMsodium chlorideNaCl
3.0 mMmagnesium chlorideMgCl2
1.0 mM(tris(2-carboxyethyl)phosphine)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 2 / 実像数: 30316 / 平均露光時間: 4.21 sec. / 平均電子線量: 37.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.8 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.6 µm / 倍率（公称値）: 105000
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 4597368
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.7.0) / 使用した粒子像数: 19562
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2.0)
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る