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タイトルEvolutionary adaptations of doublet microtubules in trypanosomatid parasites.
ジャーナル・号・ページScience, Vol. 387, Issue 6739, Page eadr5507, Year 2025
掲載日2025年3月14日
著者Matthew H Doran / Qingwei Niu / Jianwei Zeng / Tom Beneke / James Smith / Peter Ren / Sophia Fochler / Adrian Coscia / Johanna L Höög / Shimi Meleppattu / Polina V Lishko / Richard J Wheeler / Eva Gluenz / Rui Zhang / Alan Brown /
PubMed 要旨The movement and pathogenicity of trypanosomatid species, the causative agents of trypanosomiasis and leishmaniasis, are dependent on a flagellum that contains an axoneme of dynein-bound doublet ...The movement and pathogenicity of trypanosomatid species, the causative agents of trypanosomiasis and leishmaniasis, are dependent on a flagellum that contains an axoneme of dynein-bound doublet microtubules (DMTs). In this work, we present cryo-electron microscopy structures of DMTs from two trypanosomatid species, and , at resolutions up to 2.7 angstrom. The structures revealed 27 trypanosomatid-specific microtubule inner proteins, a specialized dynein-docking complex, and the presence of paralogous proteins that enable higher-order periodicities or proximal-distal patterning. Leveraging the genetic tractability of trypanosomatid species, we quantified the location and contribution of each structure-identified protein to swimming behavior. Our study shows that proper B-tubule closure is critical for flagellar motility, exemplifying how integrating structural identification with systematic gene deletion can dissect individual protein contributions to flagellar motility.
リンクScience / PubMed:40080577 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.8 - 3.6 Å
構造データ

EMDB-47607: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule consensus map
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47608: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 1.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47609: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 1.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-47610: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 1.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.0 Å

EMDB-47612: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 2.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47613: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 2.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-47614: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 2.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-47615: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 3.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47616: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 3.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47618: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 3.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47619: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 4.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-47620: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 4.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47622: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 4.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47624: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 5.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47627: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 5.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47630: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 5.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47633: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 6.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-47635: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 6.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.8 Å

EMDB-47636: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 6.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-47638: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 7.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-47639: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 7.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47640: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 8.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47641: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 8.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47642: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 8.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-47643: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 9.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47644: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 9.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47645: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 9.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47646: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 10.1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-47647: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 10.2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-47648: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 10.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-47649: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament ODADC1 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.4 Å

EMDB-47650: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament ODADC2 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.6 Å

EMDB-47651: Leishmania tarentolae 48 nm doublet microtubule protofilament 7.3 focused refinement
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.3 Å

EMDB-47661, PDB-9e78:
48-nm repeat of the Leishmania tarentolae doublet microtubule
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.9 Å

EMDB-47680: Crithidia fasciculata doublet microtubule - ponticulus at position 1 within 48-nm repeat length
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.49 Å

EMDB-47681: Crithidia fasciculata doublet microtubule - ponticulus at position 2 within 48-nm repeat length
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.58 Å

EMDB-47682: Crithidia fasciculata doublet microtubule - ponticulus at position 3 within 48-nm repeat length
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.57 Å

EMDB-47683: Crithidia fasciculata doublet microtubule - ODA-DC
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.27 Å

EMDB-47684: Crithidia fasciculata doublet microtubule (48-nm periodicity)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

EMDB-48302: Crithidia fasciculata doublet microtubule (consensus map, 48-nm periodicity)
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.1 Å

化合物

ChemComp-GDP:
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-MG:
Unknown entry

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-CA:
Unknown entry

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • leishmania tarentolae (真核生物)
  • Crithidia fasciculata (真核生物)
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / flagella / parasite / axoneme / doublet microtubule

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EMDB/PDB/SASBDBのエントリから引用されている文献のデータベースです
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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