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タイトルNap1 and Kap114 co-chaperone H2A-H2B and facilitate targeted histone release in the nucleus.
ジャーナル・号・ページJ Cell Biol, Vol. 224, Issue 1, Year 2025
掲載日2025年1月6日
著者Ho Yee Joyce Fung / Jenny Jiou / Ashley B Niesman / Natalia E Bernardes / Yuh Min Chook /
PubMed 要旨Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast ...Core histones, synthesized and processed in the cytoplasm, must be chaperoned as they are transported into the nucleus for nucleosome assembly. The importin Kap114 transports H2A-H2B into the yeast nucleus, where RanGTP facilitates histone release. Kap114 and H2A-H2B also bind the histone chaperone Nap1, but how Nap1 and Kap114 cooperate in transport and nucleosome assembly remains unclear. Here, biochemical and structural analyses show that Kap114, H2A-H2B, and a Nap1 dimer (Nap12) associate in the absence and presence of RanGTP to form equimolar complexes. A previous study had shown that RanGTP reduces Kap114's ability to chaperone H2A-H2B, but a new cryo-EM structure of the Nap12•H2A-H2B•Kap114•RanGTP complex explains how both Kap114 and Nap12 interact with H2A-H2B, restoring its chaperoning within the assembly while effectively depositing it into nucleosomes. Together, our results suggest that Kap114 and Nap12 provide a sheltered path that facilitates the transfer of H2A-H2B from Kap114 to Nap12, ultimately directing its specific deposition into nucleosomes.
リンクJ Cell Biol / PubMed:39601790 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.88 - 5.62 Å
構造データ

EMDB-44095, PDB-9b23:
Cryo-EM structure of Nap1 core
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44120, PDB-9b31:
Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-Kap114-H2A-H2B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44121: Local refined map for Nap1 region from (Nap1)2-Kap114-H2A-H2B structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 4.84 Å

EMDB-44122: Consensus volume for (Nap1)2-Kap114-H2A-H2B
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.2 Å

EMDB-44136, PDB-9b3f:
Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-44137: Locally refined map for Nap1 and H2A-H2B in (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114 structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 5.62 Å

EMDB-44140: Consensus volume for (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114 structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.54 Å

EMDB-44141, PDB-9b3i:
Cryo-EM structure of yeast (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

EMDB-44150: Local refined map for Nap1 and H2A-H2B region in (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP structure
手法: EM (単粒子) / 解像度: 3.97 Å

EMDB-44151: Consensus volume for (Nap1)2-H2A-H2B-Kap114-RanGTP
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.88 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-GTP:
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / GTP / GTP, エネルギー貯蔵分子*YM

由来
  • saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
キーワードCHAPERONE / Histone / TRANSPORT PROTEIN / Import / Nucleosome Assembly

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見文献

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  • Pubmedのデータを利用しています

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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